8009766940

mutagen prawdopodobnie także karcynogen i teratogen! Dzięki właściwościom fluorescencyjnym EtBr możliwa jest wizualizacja DNA w świetle UV (300 nm). Innym odczynnikiem stosowanym do wizualizacji DNA jest np. SYBR Green, którego czułość jest 25x większa niż EtBr.

Z reguły nakładając próbkę DNA na żel agarozowy mieszamy ją uprzednio z tzw. barwnikiem do nakładania na żel, lub krótko barwnikiem (ang loading dye). Przyczyn jego użycia jest kilka:

-    próbka DNA, która ma kolor jest wygodna w nakładaniu (łatwość wizualizacji),

-    glicerol (lub sacharoza, ficoll 400) będący składnikiem tego barwnika zwiększa gęstość próbki i zapewnia, że znajdzie się ona na dnie dołka,

-    negatywnie naładowany barwnik migruje przez żel w tym samym kierunku co DNA i stąd ułatwia śledzenie postępu rozdziału elektroforetycznego (Tabela 4).

Najpopularniejsze barwniki:

-    błękit bromofenolowy (ang. bromophenol blue)

-    cyjanian ksylenu (ang. xylene cyanol)

-    orange G

Różnią się kolorem, tempem migracji w danym żelu (stężenie agarozy, rodzaj buforu).

Tabela 4. Przykładowe „tempo” migracji w żelu z buforem lxTAE.

Stężenie agarozy %	Aylene cyanol	Bromophenol blue
0,3	24800	2900
0,5	11000	1650
0,75	10200	1000
1	6100	500
1,25	3560	370
1,5	2800	300
1,75	1800	200
2	1300	70

Literatura:

Arber W. Genetic variation: molecular mechanisms and impact on inicrobial evolution. FEMS Microbiol Rev. 2000. 24:1-7

Aiber W, Dussoix D. Host specificity of DNA produced by Escherichia coli. 1. Host controlled modification of bacteriophage lambda. J Mol Biol. 1962. 5:18-36

Bertani G. Weigle JJ. Host controlled variation inbacterial viruses. J Bacteriol. 1953. 65:113-21

Ishikawa. K.. Fukuda. E.. Kobayashi. I. Conflicts targeting epigenetic Systems and their resolution by celi death:

novcl conccpts for methyl-specific and other restriction Systems. 2010. DNA Res. 17: 325-342

Jeltsch A. Maintenance of species identity and controlling speciation of bacteria: a new function for

restriction/modification systems? Gene. 2003. 317:3-6

Luria SE. Humań ML. A nonhereditary. host-induced variation of bactcrial viruses. J Bacteriol. 1952. 64:557-69 Kobayashi I.Behavior of restriction-modification Systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution. Nucleic AcidsRes. 2001. 29:3742-56

Orłowski, J., Bujnicki, J.M. Structural and evolutionaiy classification of Type II restriction enzymes based on theoretical and expcrimental analyses. 2008. Nucleic Acids Res. 36: 3552-3569

Roberts RJ et. al. A nomenclature for restriction enzymes. DNA methyltransferases. homing endonucleases and their genes. Nucleic Acids Res. 2003. 31:1805-12

10