Egzamin pytania opracowane(1)

(i kofaktor), zawierający reszty aminokwasowe biorące bezpośredni udział w tworzeniu i
zrywaniu wiązao (wiele słabych oddziaływao) – tworzenie stanu przejściowego.

3 cele dla których wyznaczamy K

b. Matematyczny opis kinetyki enzymu

c. Ilościowy pomiar aktywności enzymów

d. Wskaźnik istnienia mechanizmów regulujących

e. Oszacowanie stężenia substratu w komórce

f. Porównywanie enzymów z różnych tkanek/organizmów/etapów rozwoju

g. Sprawdzenie czy ligand reguluje aktywnośd enzymu

h. Opracowywanie warunków do pomiaru V

max

i. Porównywanie powinowactwa enzymu do różnych substratów

j. Wybranie najlepszego substratu dla enzymu: najlepszy – ma największy stosunek V

max

(stała szybkości reakcji)

Co to jest stała substratowa?

k. Stała dysocjacji kompleksu ES do E+S. K

Jest równa K

jeśli stała dysocjacji ES do

produktu jest znacznie mniejsza od stałej dysocjacji ES do E + S.

Co to jest stan przejściowy reakcji chem.?

l. Stan o najwyższej energii swobodnej.

m. Najrzadziej występujący stan związków reagujących w czasie reakcji.

n. S -> X -> P

Co obrazuje wykres Arrheniusa?

Co hamuje reakcje enzymatyczną?

q. Inhibitory

r. Niewłaściwe:

i. pH

ii. siła jonowa

iii. temperatura

iv. stężenie soli

W jakim celu prowadzi sie dializę?

Co to jest aktywność specyficzna i jak sie zmienia w miarę
oczyszczania?

s. Właściwa?: rośnie. Aktywnośd enzymu odniesiona do masy enzymu (białka) w preparacie, np.

umole wytworzonego produktu/min/mg białka

Co to jest kataliza kwasowo-zasadowa?

u. Zachodzi w niej transfer protonów wymagający udziału grup zasadowych i kwasowych

v. Uniwersalna: Rolę donora lub akceptora protonu (kwasu lub zasady Bronsteda – Lowrego)

pełni cząsteczka inna niż woda (np. His w chymotrypsynie)

w. Specyficzna: H

i OH

jako grupy kwasowo-zasadowe

Czemu inhibitor niekompetencyjny zmniejsza V

max

x. Zmniejsza stężenie funkcjonalnego enzymu – bardziej rozcieoczony roztwór enzymu

Co to znaczy ze inhibitor jest ciasno wiążący?

aa.

Co to jest I

C50

i kiedy to wyznaczamy?

bb.

cc.

Na czym polega fluorescencja?

dd. Fluorescencja – jeden z rodzajów

luminescencji

– zjawiska emitowania

światła

przez

wzbudzony atom lub cząsteczkę.

Zjawisko

uznaje się za fluorescencję, gdy po zaniku czynnika

pobudzającego następuje szybki zanik emisji w czasie około 10

−8

s. Gdy czas zaniku jest

znacznie dłuższy, to zjawisko jest uznawane za

fosforescencję

ee.

co trzeba zrobić żeby pomiar V

był odpowiedni

ff.

gg.

hh.

ii.

jj.

jaka metoda oddziaływania enzym-substrat najlepiej
obrazuje katalizę

kk. Indukowane dopasowanie?

Co to jest K

i w jakich jednostkach się ją podaje?

ll. Jest to takie stężenie substratu dla którego V=V

max

Jakimi wiązaniami wiąże się substrat z enzymem w centrum
aktywnym?

mm.

Interakcje elektrostatyczne

nn. Wiązania wodorowe

oo. Siły van der Walsa

pp. Oddziaływania hydrofobowe

Co to jest międzynarodowa jednostka enzymu?

qq. Taka ilośd enzymu która katalizuje utworzenie 1 umola produktu w czasie 1 min w

określonych warunkach

Co to jest kataliza nukleofilowa?

rr.

Dlaczego K

rośnie w przypadku inhibicji kompetycyjnej?

ss.

tt.

Jakie próby kontrolne wykonać , aby dobrze oznaczyć
aktywność enzymu?

uu.

vv.

ww.

xx.

Na czym opiera się chromatografia powinowactwa?

yy. Jest to metoda, w której wykorzystuje się wysoce specyficzne, wzajemne powinowactwo

dwóch substancji. Jedna z nich, chemicznie związana z nierozpuszczalnym nośnikiem i zwana
ligandem, swoiście wiąże drugą substancję, izolując ją z mieszaniny innych związków
znajdujących się w roztworze. Substancje pozbawione powinowactwa do ligandu, przechodzą
przez złoże niezatrzymane. Przy oczyszczaniu enzymów ligandem może byd analog substratu,
inhibitor, kofaktor, przeciwciało; przy oczyszczaniu glikoprotein – lektyny; przy oczyszczaniu
kwasów nukleinowych – histony, komplementarne sekwencje zasad.

Na czym polega/ co to jest elektroradiografia?

zz.

Do czego służy wykres L-B?

aaa.

Do wyznaczenia V

max

i K

bbb.

Co wpływa na aktywność enzymu?

ccc.

Jak postępować aby białka nie adsorbowały się na
powierzchni naczyń laboratoryjnych?

ddd.

Dodad dużo białek inertnych w stężeniu dużo większym niż enzym, np. albumina,

żelatyna.

Co to jest inhibitor wolno wiążący?

eee.

Co to jest energia aktywacji reakcji chemicznej?

fff. Różnica energii swobodnej pomiędzy stanem stanem przejściowym a substratem.

Jakie parametry katalityczne pozwalają na wybranie
dobrego/złego substratu dla enzymu?

ggg.

??ma największy stosunek V

max

=k (stała szybkości reakcji

Dlaczego protony mogą wpływać na aktywność enzymu w
reakcji?

hhh.

?? zmiana pH – ale to raczej H

iii. W katalizie kwasowo zasadowej?

jak działa enzym

jjj. ułatwiają tworzenie stanu przejściowego

kkk.

obniżają energię swobodną aktywacji

lll. zapewniają nowy przebieg reakcji w którym stan przejściowy ma mniejszą energię

swobodną i stąd może byd szybciej tworzony.

mmm.

nie wpływa na spontanicznośd reakcji i jej równowagę

co to ping-pong

nnn.

coś o inhibicji zwrotnej chyba

ooo.

wydaje mi się że było pytanie o stanie przejściowym, ale nie co to jest, tylko w czym to
pomaga czy coś

Co to koenzym:

ppp.

Rodzaj kofaktora - Małe cząsteczki organiczne, np. koenzym A, pochodne

witamin

jakie reakcje katalizują transferazy i chyba izomerazy i podąć przykłady

qqq.

rrr.

kataliza elektrofilowa chyba była ale ręki sobie nie utnę

sss.

ttt.

Jaka reakcja enzymatyczna jest wspólna dla procesu produkcji piwa,

wina i zakwasu chlebowego?

uuu.

Hydroliza wielocukrów??

Dlaczego aktywnośd enzymu mierzymy w zbuforowanym środowisku?

vvv.

Odp. Na górze

Dlaczego Hb płodowa ma większe powinowactwo do tlenu, niż Hb człowieka

dorosłego?

www.

Bo 2,3 –BPG wiąże się słabiej i w mniejszym stopniu zmniejsza powinowactwo

do tlenu.

xxx.

Dzięki Hb płodowa może przejąd tlen od Hb matki.

Dlaczego w chromatografii oddziaływao hydrofobowych używamy soli

wysoko stężonych?

yyy.

Rodzaj i stężenie soli bardzo silnie wpływają na oddziaływanie białko-ligand

w chromatografii hydrofobowej. Ze wzrostem stężenia soli wzrasta ilość białka
wiązanego z hydrofobowymi ligandami. Początkowo wzrost ten jest liniowy, ale
powyżej pewnego stężenia ilość białka wiązanego przez ligandy wzrasta
wykładniczo. Wykładniczy wzrost ilości wiązanego białka obserwuje się przy
stężeniu soli, w którym zachodzi wysalanie tego białka. Białko wytrąca się wówczas
na kolumnie chromatograficznej. Efekt ten, pomimo obserwowanego wzrostu ilości
wiązania białka, ma ujemny wpływ na selektywność rozdziału chromatograficznego i
należy go unikać. Poza stężeniem soli również jej rodzaj ma duże znaczenie dla
wydajności i selektywności wiązania oraz elucji białek. Wszystkie typy soli
rozpuszczalne w wodzie zostały uszeregowane ze względu na zdolność wysalania
białek (seria Hofmeistera). Nie wszystkie sole mają jednak podobne znaczenie w
praktyce chromatograficznej. Najważniejsze z nich, uszeregowane według
intensywności efektu wysalania, podane są poniżej (1):
Na

>(NH

)

>Na

HPO

>NaCl>KCl>LiCl>NaBr>KBr Jak widać,

siarczany sodu, potasu i amonu mają najsilniejszy efekt wysalania białek i one też
powodują największe ilościowo wiązanie białek do hydrofobowych ligandów. Nieco
słabsze są fosforan i chlorek sodu, które jednak pozwalają uzyskać zdecydowanie
lepszą selektywność wiązania i elucji białek. Większość białek związanych z
hydrofobowym ligandem daje się stosunkowo łatwo odmyć stosując jako eluent tę
samą sól, ale w niższym stężeniu.