13 Wykład XIII Zmienność DNA pozajądrowego

background image

Wykład XIII

DNA pozajądrowy

ctDNA (cytoplazmatyczny =

pozajądrowy)

• mtDNA (mitochondrialny)
• cpDNA = chlDNA (chloroplastowy)

background image
background image

CECHY mtDNA

• mała cząsteczka, od 16-20 tys.pz
• charakter haploidalny
• kolisty, czysty (bez histonów)
• Zasadniczo brak intronów (u niższych

eukariotów są), DNA repetytywnego,

pseudogenów i elementów ruchomych

• brak zmetylowanych zasad

background image

• region kontrolny (pętla D, D loop)

zawiera operon do replikacji i
transkrypcji

• układ genów swoisty dla dużych

grup systematycznych (owady,
nicienie, kręgowce)

• dziedziczy się po matce
• nie podlega rekombinacji
• szybkie tempo gromadzenia
mutacji

background image

mtDNA dziedziczony jest

tylko po matce (?)

background image

mtDNA wyłamuje się z reguły uniwersalności

kodu genetycznego

AGA i AGG = stop (w jądrowym Arg)
AUA = Met (w jądrowym Leu)
AUA i AUU = kodon inicjujący (AUG w

jądrowym)

geny mitochondrialne nie mają wspólnej

przeszłości z genami jądrowymi – konsekwencja

endosymbiotycznego pochodzenia

background image

Pętla D składa się z 1 274 pz i zawiera

operon do replikacji łańcucha H i

transkrypcji łańcucha L i H

Replikacja mtDNA u ssaków zachodzi w

sposób asynchroniczny:

- każda z dwu nici (H bogata w puryny i L

bogata w pirymidyny) miejsce inicjacji

(ori) ma w innym regionie - najpierw

replikuje się nić H

(wewnętrzna)
- gdy zreplikuje się około 70%
nici H - rozpoczyna się synteza
nici L.

background image

Replikacja nici H

przebiega zgodnie z ruchem

wskazówek zegara, a nici L

odwrotnie.

background image

mtDNA koduje:
- 22 rodzaje tRNA
- 2 rodzaje rRNA
- 13 białek łańcucha oddechowego:
cytochrom b
3 podjednostki oksydazy
cytochromowej
2 podjednostki syntazy ATP
7 podjednostek
dehydrogenazy

background image
background image
background image



















Polimorfizm mtDNA u
człowieka

• Znana jest kompletna sekwencja

ludzkiego mtDNA (od 16 558 do
16 576 pz)

• Wykryto

657

miejsc

polimorficznych (w tym 141 w
regionie kontrolnym – pętla D).

background image

• Na

podstawie

badań

sekwencji

wykryto

w

polskiej

populacji

2

europejskie typy mtDNA i jeden

kaukazki.

• Liczba wykrywanych typów mtDNA

jest zależna od 2 czynników:

- liczby badanych miejsc restrykcyjnych
-stopnia zmienności mtDNA w obrębie

populacji

background image

Przyczyny częstych mutacji w

mtDNA

• mniejsza wydajność systemu naprawczego
• większa częstość replikacji
• zwiększenie tolerancji na substytucje w

terminalnym nukleotydzie kodonu

• nie chroni go struktura chromatynowa
• mutaganami są wolne rodniki
powstające jako uboczny
produkt oddychania

background image

Efekt mutacji mtDNA w fenotypie
zależy od:
- procentu zmutowanych cząsteczek u

danej osoby

- do jakiej tkanki trafią większa liczba

cząsteczek zmutowanych

• Efekt mutacji częściej pojawia się u

osób starszych

• Najszybciej mutuje region kontrolny

czyli pętla D

background image

• Najszybciej mutuje region kontrolny

czyli pętla D

• W pętli D wyróżnia się obszary

(segmenty) o dużej zmienności =
sekwencje Andersona.

• Zmienność w obrębie tych sekwencji

pomiędzy osobnikami
niespokrewnionymi wynosi 3%.

• Region ten jest wykorzystywany do

identyfikacji osobników np. ze śladów
biologicznych oraz do ustalania
pokrewieństwa

background image

Przykłady chorób

mitochondrialnego DNA

• Choroba Parkinsona
• CPEO (chroniczny postępujący paraliż

mięśni oka)

• Cukrzyca
• Dystonia
• Zespół Lebera (neuropatia
oczna) – mutacja w genie
12SrRNA, zwykle 100%
cząst. mtDNA jest zmutowanych

background image

Zmiany w mt DNA mogą być także

wywoływane przez mutację w genach

jądrowych - kodujących białka

strukturalne mitochondriów lub białka

związane z regulacją ich funkcji.

• W chorobach wynikających ze zmian w

mtDNA dziedziczonych w sposób

matczyny stwierdza się różnorodność

objawów wśród tej samej rodziny,

• gdyż w komórce najczęściej koegzystują

ze sobą DNA niosące patogenną mutację

i DNA niezmutowane i jest to tzw.

heteroplazmia.

background image

CECHY cpDNA

• występuje w chloroplastach i innych

plastydach

• podobny do bakteryjnego
• Wielkość od 140 do 200 kpz (zależy od gat.)
• kolisty
• „czysty” (nie tworzy
kompleksów z histonami)
• brak zmetylowanych zasad
• rybosomy 70S

background image

cpDNA koduje:
- rRNA (16S, 5S, 4,5S, 23S)
- tRNA (dla 32 tRNA u Marchantia polymorpha)
- syntetazy aminoacylo-tRNA
- polimerazy RNA, DNA oraz białka niezbędne do

replikacji DNA i ekspresji genów

- białka rybosomalne
- białka bezpośrednio
związane z fotosyntezą
(białka wiążące chlorofil,
białka cytochromu b,f itp.)
Większość (2/3) białek
Chloroplastowych
Jest kodowana w DNA
jądrowym.

background image
background image

Pochodzenie mtDNA i cpDNA

Teoria endosymbiozy
Mitochondria i chloroplasty powstały na

drodze endosymbiozy, w którą weszły

bakterie wolnożyjące na bardzo wczesnym

etapie ewolucji z progenotami czyli

przodkami komórek Eucaryota.

Teoria ta opiera się na większym
podobieństwie budowy
i ekspresji genów tych organelli
do bakterii niż do eukariotów

background image

Na te Święta co nadchodzą,

Życzę ciepła i miłości.

Niech Cię ludzie nie zawodzą,

I niech uśmiech w sercu gości...

background image

SYSTEMY NAPRAWCZE DNA

Zmiany w składzie lub w strukturze DNA
(powstają na skutek mutacji, błędów w
replikacji i rekombinacji) są naprawiane
przez SPECJALNY SYSTEM ENZYMÓW
NAPRAWCZYCH

Procesy reperacyjne DNA zachodzą w czasie:

- przedreplikacyjnym
- podczas replikacji
- w okresie postreplikacyjnym

background image

Reperacja uszkodzeń DNA

wywołanych mutagenami

chemicznymi:

- zasady azotowe po dezaminacji mogą

samorzutnie oddysocjować

- mogą być wycinane endonukleazami
- uzupełnienie przez polimerazę DNA
- pęknięcia zespalane przez ligazy
Reperacja uszkodzeń DNA

wywołanych mutagenami fizycznymi

- UV-dimery (fotodimery) są usuwane

przez fotoliazę

- przez UVr-endonukleazy

background image

Uvr-endonukleazy, kompleks enzymów, z których
jeden (uvrA) koduje biało rozpoznające uszkodzony
nukl. (dimer pirymidynowy)

• uvrB i uvrC wycinają w
• odległości 7pz na końcu 5’ i
• w odl. 5pz na koncu 3’,
• Ten odcinek 12pz jest usuwany
• przez helikazę kod.
• przez gen uvrD,
• Teraz polimeraza DNA i ligaza

background image

Naprawa pęknięć jednoniciowych
-

powstają np. w wyniku działania promieni

jonizujących

- działanie ligazy DNA

Naprawa pęknięć dwuniciowych

- powstają w wyniku działania pr.

jonizujących, mutagenów chemicznych lub
podczas rearanżacji genomowych (np.
receptorów limfocytów T i B)

- zaangażowane są 4 grupy genów, których

produkty są związane z łączeniem końców
niehomologicznych NHEG (non-
homologious end-joining)

background image

Naprawa uszkodzeń DNA w czasie

replikacji u E. coli – polimeraza
DNA III

- usuwa mylnie włączone zasady
- częstość błędnie włączanych nukleotydów

wynosi 10

-9

- właściwości korekcyjne – podjednostka E

wycina w kierunku 3’ do 5’

- gen mut A łatwo mutuje (mutacja

mutatorowa)

Znane są też mutacje antymutatorowe

obniżające częstość mutacji spontanicznych

background image

System naprawy SOS (Save Our

Souls) DNA u E.coli

- geny represorowe genów SOS–

lexA, lambda, recA

- geny kontrolujące podziały – umu
- geny kontrolujące enzymy

naprawcze – uvr

- geny kontrolujące rekombinację -

rec

background image

System naprawy SOS

(Save Our Souls) DNA u

E.coli

• Jest to odpowiedź na uszkodzenie

DNA.

• Najczęstszym komórkowym

sygnałem aktywującym odpowiedź
SOS jest obecność jednoniciowego
DNA

background image

SOS

• System SOS regulują dwa kluczowe

białka:

LexA

i

RecA

.

• LexA jest represorem transkrypcji,

przyłączającym się do sekwencji

operatorowych (zazwyczaj

określanych jako kaseta SOS, ang.

SOS box).

• LexA reguluje proces transkrypcji

około 48 genów, w tym lexA i recA

background image

Podczas inicjacji procesu

białko RecA przyłącza ssDNA

• prowadząc do powstania kompleksów RecA–

ssDNA.

• RecA–ssDNA aktywuje autoproteazową

aktywność LexA, czego skutkiem jest rozpad
LexA i jego degradacja.

• Brak represora powoduje transkrypcję

genów SOS i dalsze przekazywanie sygnału
w komórce, zahamowanie podziału komórki
i wzrost syntezy białek odpowiedzialnych za
śmierć komórki.

background image

• Gdy uszkodzenie DNA jest

naprawione bądź pominięte przy
użyciu polimeraz lub rekombinacji,
ilość jednoniciowego DNA w
komórce ulega zmniejszeniu –

• maleje wiązanie LexA do kaset SOS
• i zostaje przywrócona prawidłowa

ekspresja genów.

background image

NER

Naprawa przez wycięcie

nukleotydu (ang. nucleotide
excision repair
, NER) – mechanizm
naprawy DNA w komórkach mający
na celu usuwanie uszkodzeń DNA
spowodowanych czynnikami
chemicznymi lub fizycznymi, takimi
jak promieniowanie UV.

background image

W mechanizmie NER u

człowieka uczestniczą

następujące białka:

XPA

• XPC

• TFIIH: XPB, XPD (

helikazy

)

• RPA (HSSP)

• XPG, ERCC1/XPF (egzonukleazy)

polimeraza DNA

δ lub ε

ligaza

.

background image

Mechanizm NER usuwa duże uszkodzenia

DNA zniekształcające strukturę

podwójnej helisy

• I-szy etap: uszkodzenie jest rozpoznawane

przez białko XPA

• II etap; powstaje kompleks XPC, XPB, XPD
• III etap: endonukleaza XPG, XPF wycina

fragment ok.. 30pz

• IV etap: polimeraza DNA δ albo polimeraza ε

zastępuje wycięty odcinek

• Proces syntezy naprawczej kończy reakcja

ligazy, łączącej końce wstawki z resztą nici
DNA.

background image

O ważnej roli mechanizmu NER u

człowieka świadczą choroby genetyczne

spowodowane mutacjami w genach

kodujących białka biorące w nim udział

• Do tej grupy schorzeń należą:

xeroderma pigmentosum

, siedem

postaci spowodowane mutacjami w

genach kodujących XPA-XPG

zespół Cockayne’a

, dwie postaci (A i B)

spowodowane mutacjami w genie

kodującym endonukleazę ERCC

trichotiodystrofia

(TTD), spowodowana

mutacjami w genach kodujących XPB,

XPD albo inną podjednostkę TFIIH.

background image

Naprawa rekombinacyjna

• Naprawa rekombinacyjna potrzebuje

wymaga identycznej lub prawie
identycznej sekwencji genomu, która może
być użyta jako matrycajdo naprawy
uszkodzenia

• Ta metoda pozwala na naprawę

uszkodzonego chromosomu przy udziale
siostrzanej

chromatydy

bądź

chromosomu homologicznego

jako wzoru.

background image

Jak chromosom Y naprawia

uszkodzenia?

chromosom X zawiera 165 Mbpz

i 1438 genów, w chromosomie Y
jest tylko 51Mbpz i 45 genów

Sądzi się, że to skutek braku

mechanizmu reperacji.

Od całkowitej zagłady chronią

go palindromy – jest ich 6 mln

background image

Reperacja uszkodzonych genów w

chromosomie Y zachodzi tylko

dzięki istnieniu palindromowych

kopii genów ulokowanych w

poszczególnych odgałęzieniach

chromosomu.

Proces pomiędzy chromosomami

homologicznymi - dwa chromosomy

między sobą wymieniają materiał

genetyczny wszystkich 22 par,

chromosom Y 'robi to sam ze sobą'!

I tylko dlatego zanik genów w

chromosomie męskim przebiega z

szybkością około 4,6 genu na milion lat.

background image
background image
background image
background image

Document Outline


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
13 Wykład XIII Zmienność DNA pozajądrowego
14 Wykład XIV Cz II Zmienność DNA pozajądrowego
14 Wykład XIV Cz II Zmienność DNA pozajądrowego
13 wykład dla prawa egzaminid 14552
13 wykład egzamin c did 14551
Biochemia 13 wykład nr
13 wykładów z geometrii wykreślnej
Biochemia 13 wykład nr 5
13. Wykład z językoznawstwa ogólnego - 3.02.2015, Językoznawstwo ogólne
Wykład XIII Zadania brzegowe 2D, Wykład XIII
Wyklad XIII � 05.01.2010 (Fizjologia) , Wykład - 05
Podstawy zachowań społecznych Bronk 13 wykład
3 01 13 wykład org i tech
Biochemia 13 wykład nr 8
13 wykład aminokwasyIIid 14508 ppt
SWPS Wykłady, Wykład XIII Schwartzera

więcej podobnych podstron