Chemia Bionieorganiczna
• Przedmiotem badań chemii bionieorganicznej są
pierwiastki nieorganiczne występujące w
układach biologicznych oraz wprowadzanych do
tych układów metali jako sondy i leków.
• W układach biologicznych metale występują
zwykle jako naturalne składniki białek.
• Metaloproteiny wykazujące działanie katalityczne
nazywamy metaloenzymami.
• Toksyczne działanie pierwiastków.
• Rola pierwiastków w żywieniu.
• Transport i magazynowanie metali
Biologiczne funkcje wybranych
metali
A M I N O K W A S Y
Aminokwasy są podstawową jednostką strukturalną : peptydów ( do 100 aa ) i białek ( >100 aa ).
Budowa aminokwasów:
- Centralnie ułożony jest Cα
- Kowalencyjnie związane są z węglem α grupa COOH , grupa NH
2
, atom H oraz charakte-
rystyczna dla aminokwasów grupa R stanowiąca łańcuch boczny aminokwasów.
- Tetraedrycznie ułożone 4 różne podstawniki wokół węgla α nadają aminokwasom charakter
związków optycznie czynnych. C α jest węglem chiralnym - daje izomery optyczne L i D.
Białka zbudowane są wyłącznie z L aminokwasów !!
Wyjątek - GLICYNA - bo nie posiada węgla chiralnego
Wyjątek - THREONINA i IZOLEUCYNA - 2 węgle asymetryczne , 2 centra chiralne
C α jest asymetryczny co powoduje, że aminokwasy są optycznie czynne a więc skręcają
płaszczyznę światła spolaryzowanego.
Jest 20 podstawowych aminokwasów budujących białka. Różnią się one między sobą :
- wielkością cząsteczki
- kształtem
- ładunkiem elektrycznym
- zdolnością do tworzenia wiązań wodorowych
- reaktywnością chemiczną
Podział aminokwasów
1
.
W zależności od budowy łańcucha bocznego aminokwasu :
- aa z alifatycznym łańcuchem bocznym : Gly , Ala , Val , Leu , Ile
- aa z łańcuchem bocznym zawierającym grupę hydroksylową : Ser , Thr , Tyr
- aa z łańcuchem bocznym zawierającym atom siarki : Cys , Met
- aa z łańcuchem bocznym zawierającym grupy kwaśne lub ich amidy : Asp , Asn , Gln , Glu
- aa z łańcuchem bocznym zawierającym grupy zasadowe : Arg , Lys , His
- aa z łańcuchem bocznym zawierającym pierścień aromatyczny : His , Tyr , Phe , Trp
- iminokwas : Pro
2.
W zależności od właściwości łańcucha bocznego :
- łańcuch boczny niepolarny ( hydrofobowy ): Ala , Val , Leu , Pro , Ile , Met , Trp , Phe
- łańcuch boczny polarny , aa obojętne : Gly , Ser , Gln , Asn , Thr , Tyr , Cys
- łańcuch boczny polarny , aa kwaśne ( w pH=7 łańcuch boczny ma ładunek ujemny ) :
aa monoaminodikarboksylowe : Asp , Glu
- łańcuch boczny polarny , aa zasadowe ( w pH=7 łańcuch boczny ma ładunek dodatni ) :
aa diaminomonokarboksylowe : His , Lys , Arg
Cystyna
3.
Podział pod względem polarności :
- aa niepolarne ( hydrofobowe - awersja do wody , skłonność do grupowania się
-
bardzo
ważna cecha slużąca stabilizacji struktury bialka zbudowanego z aa o przeważającym
hydrofobowym charakterze
) :
Ala , Val , Leu , Ile , Met , Phe , Trp , Pro
-
aa polarne
:
Gly , Asp , Asn , Glu , Gln , Arg , Lys , His , Cys , Ser , Thr , Tyr
4.
Podział pod względem pochodzenia
:
-
aa egzogenne ( aa NIEZBĘDNE - dostarczane tylko z pokarmem, organizm nie potrafi ich
syntetyzować) :
Arg , His - tylko u dzieci !!
Val , Leu , Ile , Lys , Thr , Met , Phe , Trp
-
aa endogenne ( aa NIENIEZBĘDNE - syntetyzowane przez organizm):
Ala , Gly , Asp , Asn ,
Glu , Gln , Cys , Pro , Ser , Tyr oraz hydroksyprolina i hydroksylizyna
Właściwości chemiczne aminokwasów
1. Zmiana stanu jonizacji aa w zależności od pH
R
C
NH
3
H
COOH
R
C
NH
3
H
COO-
R
C
NH
2
H
COO-
+
+
pH = 1
pH = 7
pH = 11
Forma przeważająca jon obojnaczy forma przeważająca
jon dwubiegunowy
Równoczesna obecność w cząsteczkach aa grup - COOH i - NH
2
sprawia , że aa są
związkami amfoterycznymi , których charakter uzależniony jest od
stężenia jonów H
+
w roztworze. W roztworze wodnym aa tylko w
znikomej ilości ( 0,1% ) występują jako cząsteczki elektrycznie
nienaładowane , w ogromnej większości są jonami. Jony w
zależności od oddziaływania środowiska mogą mieć charakter
kwaśny lub zasadowy.
W środowisku kwaśnym aa przyłącza H
+
stając się kationem, w
polu elektrycznym wędruje do katody i zachowuje się jak kwas
bo grupa - COOH i NH
3
+
mogą oddysocjować proton. W
środowisku zasadowym aa oddysocjowuje H
+
i staje się anionem ,
w polu elektrycznym wędruje do anody i zachowuje się jak zasada
bo grupa
- COO
-
i NH
2
może przyjmować proton.
Należy pamiętać , że w przypadku Asp , Glu , Lys , His , Arg , Tyr , Cys jonizacji ulega również
łańcuch boczny aa.
Jon obojnaczy jest amfoteryczny ponieważ może zarówno przyłączyć proton do grupy - COO
-
jak i go oddysocjować od grupy NH
3
+
.
Cząsteczka takiego jonu obojnaczego zachowuje się tak jak gdyby nie była naładowana , a więc
nie wędruje w polu elektrycznym gdyż sumaryczny ładunek takiej cząsteczki jest równy zero.
2/. pH , w którym cząsteczka aa występuje w postaci jonu obojnaczego ( sumaryczny ładunek
cząsteczki = 0 ) nosi nazwę PUNKTU IZOELEKTRYCZNEGO pI
Każdy aa ma charakterystyczny dla siebie pI np. :
- alanina = 6,02
- lizyna = 9,7
- arginina = 10,8
- kwas asparaginowy = 2,98
W przypadku aa ( tylko aa ) pI jest równy punktowi izojonowemu tj takiemu pH , przy którym
cząsteczka ma jednakową liczbe protonów uwolnionych z grupy - COOH i protonów
związanych z grupą - NH
2
.
3/. Aa mają właściwości buforowe
4/. Reakcje jakim ulegają aa :
a) reakcje polimeryzacji : aa + aa < <- ->> dipeptyd + H
2
O
Wiązanie peptydowe , ( zaznaczono kolorem czerwonym ) jest wiązaniem
kowalencyjnym
b) Tworzenie kompleksów chelatowych z jonami metali ciężkich np. Cu
2+
,
Ni
2+
P E P T Y D Y
- Są związkami złożonymi z 2 lub więcej aa ( do 100 aa ) połączonymi wiązaniami peptydowymi
tworząc łańcuch peptydowy.
- Aa w łańcuchu peptydowym nazywamy resztami aminokwasowymi.
- Wiązanie peptydowe :
d i p e p t y
d
Wiązanie amidowe jest wiązaniem sztywnym. Brak jest rotacji wzdłuż wiązania
peptydowego gdyż
wiązanie to wykazuje częściowo charakter wiązania podwójnego.
Możliwość rotacji wzdłuż wiązania Cα - C
karboksylowy
i N - Cα .
Wiązanie peptydowe jest częściowo spolaryzowane N
δ+
- C
δ-
Atom H rupy -NH- jest zawsze w pozycji trans w stosunku do atomu O
grupy =C=O ( jest to
korzystne energetycznie ).
Nomenklatura peptydów :
- dipeptyd
- tripeptyd
- tetrapeptyd
- oktapeptyd itd..
2 - 10 aa to oligopeptydy
do 100 aa - polipeptydy
> 100 aa - makropeptydy ( białka )
Nomenklatura peptydów polega na podaniu kolejności reszt aa wchodzących w skład peptydu lub
białka ( sekwencji w łańcuchu ) od N końca do C końca.
N - koniec - to ten gdzie występuje reszta aa z wolną grupą -NH
2
- początek łańcucha
C - koniec - to ten gdzie występuje reszta aa z wolną grupą -COOH - koniec łańcucha
Nomenklaturę peptydów tworzy się w ten sposób , że aa , którego grupa -COOH wchodzi w reakcję
z grupą NH
2
kolejnego aa (lub innaczej , którego grupa -COOH tworzy wiązanie peptydowe )
otrzymuje końcówkę -ylo lub -ilo
Przykład:
Gly-Ala
glicyloalani
na
Ala-Leu-Tyr
alanyloleucylotyrozyna
Zasada oznaczania reszt aa trzema
pierwszymi literami pochodzącymi od
nazwy danego aa
!!!
Sekwencja aa w peptydzie lub białku jest zgodna z sekwencją nukleotydów
w DNA kodującym dane białko lub peptyd.
Właściwości peptydów :
- Peptydy mają tylko strukturę I rzędową . Brak struktury II , III czy IV
rzędowej - charakterysty-
cznej dla białek.
- Nie ulegają sedymentacji w czasie ultrawirowania.
- Nie występują w postaci koloidów
- Nie dają efektu Tyndala
- Nie ulegają denaturacji bo brak jest struktury II , III czy IV rzędowej
- Nie wywierają ciśnienia osmotycznego
- Nie ulegają wysalaniu i wsalaniu
- Dializują
- Wędrują w polu elektrycznym dzięki cząstkowemu ładunkowi elektrycznemu
- Z powodu obecności wiązania peptydowego, peptydy pochłaniają światło
nadfioletowe przy
max λ=230 nm a z powodu obecności Tyr i Trp przy λ=280 nm
- Peptydy są związkami amfoterycznymi
- Każdy peptyd ma charakterystyczny dla siebie punkt izoelektryczny
- mają właściwości buforowe w odpowiednim przedziale pH
Reakcje , którym ulegają peptydy - patrz białka !!
B I A Ł K A
-
-
To związki organiczne o dużej masie cząsteczkowej , zbudowane głównie z
To związki organiczne o dużej masie cząsteczkowej , zbudowane głównie z
aa połączonych
aa połączonych
wiązaniami peptydowymi.
wiązaniami peptydowymi.
-
-
Białka zbudowane są z 1 lub kilku łańcuchów peptydowych :
Białka zbudowane są z 1 lub kilku łańcuchów peptydowych :
-
-
1 łańcuch
1 łańcuch
białko monomeryczne ( cytochrom C , mioglobina , rybonukleaza )
białko monomeryczne ( cytochrom C , mioglobina , rybonukleaza )
- kilka łańcuchów
- kilka łańcuchów
białko polimeryczne:
białko polimeryczne:
-
-
homopolimeryczne ( takie same łańcuchy ) np.
homopolimeryczne ( takie same łańcuchy ) np.
heksokinaza ( α
heksokinaza ( α
4
4
)
)
- heteropolimeryczne ( różne łańcuchy ) np. Hb ( α
- heteropolimeryczne ( różne łańcuchy ) np. Hb ( α
2
2
β
β
2
2
)
)
--- Podział białek ---
--- Podział białek ---
1/. Na podstawie kształtu cząsteczki białka (stosunek osiowy - czyli stosunek
1/. Na podstawie kształtu cząsteczki białka (stosunek osiowy - czyli stosunek
długości do szerokości)
długości do szerokości)
-
-
białka globularne
białka globularne
- stosunek osiowy < 10 ( 3 - 4 ), łańcuchy polipeptydowe
- stosunek osiowy < 10 ( 3 - 4 ), łańcuchy polipeptydowe
ściśle pofałdowane i
ściśle pofałdowane i
zwinięte np. insulina , albuminy i globuliny osocza , większość enzymów
zwinięte np. insulina , albuminy i globuliny osocza , większość enzymów
-
-
białka włókienkowe ( fibrylarne )
białka włókienkowe ( fibrylarne )
- stosunek osiowy > 10 , łańcuchy
- stosunek osiowy > 10 , łańcuchy
polipeptydowe zwinięte
polipeptydowe zwinięte
śrubowo lub w helisy , połączone krzyżowo wiązaniami kowalencyjnymi lub
śrubowo lub w helisy , połączone krzyżowo wiązaniami kowalencyjnymi lub
wodorowymi np.
wodorowymi np.
- β-keratyna
- β-keratyna
- α-keratyna
- α-keratyna
- kolagen
- kolagen
2/.
2/.
Klasyfikacja białek na podstawie ich rozpuszczalności
Klasyfikacja białek na podstawie ich rozpuszczalności
-
-
Albuminy - R w H
Albuminy - R w H
2
2
O i roztworach soli
O i roztworach soli
- Globuliny - słabo R w H
- Globuliny - słabo R w H
2
2
O ale dobrze w roztworach soli
O ale dobrze w roztworach soli
- Prolaminy - R w 70 - 80% etanolu. NR w H
- Prolaminy - R w 70 - 80% etanolu. NR w H
2
2
O i etanolu absolutnym. Bogate w Arg
O i etanolu absolutnym. Bogate w Arg
- Histony - R w roztworach soli i kwasów nieorganicznych
- Histony - R w roztworach soli i kwasów nieorganicznych
- Skleroproteiny - NR w H
- Skleroproteiny - NR w H
2
2
O ani w roztworach soli. Bogate w Gly , Ala , Pro
O ani w roztworach soli. Bogate w Gly , Ala , Pro
3/.
3/.
Klasyfikacja białek na podstawie budowy chemicznej
Klasyfikacja białek na podstawie budowy chemicznej
-
-
białka proste ( holoproteiny ) składają się niemal wyłącznie z aa
białka proste ( holoproteiny ) składają się niemal wyłącznie z aa
- białka złożone (heteroproteiny) zawierają integralną część niebiałkową -
- białka złożone (heteroproteiny) zawierają integralną część niebiałkową -
grupę prostetyczną
grupę prostetyczną
-
-
mocniej lub słabiej związaną z częścią białkową np. :
mocniej lub słabiej związaną z częścią białkową np. :
- glikoproteiny - fibronektyna , IgG
- glikoproteiny - fibronektyna , IgG
- fosfoproteiny - ufosforylowana Ser , Thr , Tyr - kazeina , fosforylaza glikogenowa
- fosfoproteiny - ufosforylowana Ser , Thr , Tyr - kazeina , fosforylaza glikogenowa
- lipoproteiny - LDL , HDL
- lipoproteiny - LDL , HDL
- nukleoproteiny - chromosom , rybosom
- nukleoproteiny - chromosom , rybosom
- metaloproteiny - ferrytyna ( Fe
- metaloproteiny - ferrytyna ( Fe
3+
3+
) , transferyna ( Fe
) , transferyna ( Fe
2+
2+
), dehydrogenaza alkoholowa ( Zn
), dehydrogenaza alkoholowa ( Zn
2+
2+
),
),
oksydaza cytochromowa ( Cu i Fe )
oksydaza cytochromowa ( Cu i Fe )
- chromoproteiny ( hem ) - Hb , cytochrom C , katalaza , mioglobina
- chromoproteiny ( hem ) - Hb , cytochrom C , katalaza , mioglobina
- flawoproteiny ( FAD , FMN ) - dehydrogenaza bursztynianowa
- flawoproteiny ( FAD , FMN ) - dehydrogenaza bursztynianowa
4/.
4/.
Podział ze względu na rolę białka w organizmie
Podział ze względu na rolę białka w organizmie
5/.
5/.
Podział ze względu na pochodzenie białka :
Podział ze względu na pochodzenie białka :
roślinne , zwierzęce , bakteryjne , wirusowe
roślinne , zwierzęce , bakteryjne , wirusowe
6/. Podział białek ze względu na wartość odżywczą :
6/. Podział białek ze względu na wartość odżywczą :
-
-
białko pełnowartościowe - zawiera wszystkie aa niezbędne
białko pełnowartościowe - zawiera wszystkie aa niezbędne
- białko niepełnowartościowe - brak przynajmniej jednego aa niezbędnego
- białko niepełnowartościowe - brak przynajmniej jednego aa niezbędnego
W budowie białka wyróżnia się 4 zasadnicze poziomy organizacji łańcucha polipeptydowego:
W budowie białka wyróżnia się 4 zasadnicze poziomy organizacji łańcucha polipeptydowego:
-
-
struktura I rzędowa
struktura I rzędowa
sekwencja aa w łańcuchu polipeptydowym.
sekwencja aa w łańcuchu polipeptydowym.
- struktura II rzędowa
- struktura II rzędowa
przestrzenne ułożenie reszt aa sąsiadujących ze sobą w sekwencji
przestrzenne ułożenie reszt aa sąsiadujących ze sobą w sekwencji
liniowej ( wiązania wodorowe).
liniowej ( wiązania wodorowe).
- struktura III rzędowa
- struktura III rzędowa
określa powiązania przestrzenne i wzajemne ułożenie reszt aa
określa powiązania przestrzenne i wzajemne ułożenie reszt aa
oddalonych od siebie w sekwencji liniowej oraz lokalizację mostków
oddalonych od siebie w sekwencji liniowej oraz lokalizację mostków
disiarczkowych. Określa przestrzenne ułożenie łancucha polipeptydowego.
disiarczkowych. Określa przestrzenne ułożenie łancucha polipeptydowego.
Wiązania wodorowe , jonowe , disiarczkowe , oddziaływania
Wiązania wodorowe , jonowe , disiarczkowe , oddziaływania
hydrofobowe , wiązania van der Walsa , estrowe , O , N – glikozydowe.
hydrofobowe , wiązania van der Walsa , estrowe , O , N – glikozydowe.
- struktura IV rzędowa
- struktura IV rzędowa
w białkach zbudowanych z więcej niż jednego łańcucha
w białkach zbudowanych z więcej niż jednego łańcucha
polipeptydowego. Określa wzajemne ułożenie przestrzenne podjednostek
polipeptydowego. Określa wzajemne ułożenie przestrzenne podjednostek
i rodzaj ich kontaktu ( Hb , kolagen , wirus polio , Rynowirus 14 ).
i rodzaj ich kontaktu ( Hb , kolagen , wirus polio , Rynowirus 14 ).
Rola białek , funkcje :
Rola białek , funkcje :
-
-
enzymatyczna -
enzymatyczna -
prawie wszystkie enzymy są białkami , zwiększają szybkość reakcji o około
prawie wszystkie enzymy są białkami , zwiększają szybkość reakcji o około
1 mln razy . Istnieje kilka tysięcy enzymów, z których każdy katalizuje
1 mln razy . Istnieje kilka tysięcy enzymów, z których każdy katalizuje
swoistą dla siebie reakcję chemiczną np.: trypsyna , pepsyna , rybonukleaza ,
swoistą dla siebie reakcję chemiczną np.: trypsyna , pepsyna , rybonukleaza ,
dehydrogenaza alkoholowa , katalaza , fosfofruktokinaza.
dehydrogenaza alkoholowa , katalaza , fosfofruktokinaza.
-
-
budulcowa :
budulcowa :
α - keratyna - włosy , rogi , paznokcie
α - keratyna - włosy , rogi , paznokcie
kolagen
kolagen
elastyna - białko tkanki łącznej , odpowiedzialnym za zdolność tkanek do
elastyna - białko tkanki łącznej , odpowiedzialnym za zdolność tkanek do
rozciągania i powrotu do uprzedniego kształtu. Nie jest tak
rozciągania i powrotu do uprzedniego kształtu. Nie jest tak
rozpowszechniona jak kolagen , ale występujje w dużych ilościach w
rozpowszechniona jak kolagen , ale występujje w dużych ilościach w
tkankach , które wymagają takich właściwości fizycznych , a więc np.:
tkankach , które wymagają takich właściwości fizycznych , a więc np.:
w płucach , dużych tętnicach i niektórych więzadłach sprężystych
w płucach , dużych tętnicach i niektórych więzadłach sprężystych
białka błonowe - białka strukturalne
białka błonowe - białka strukturalne
-
-
magazynowa :
magazynowa :
ceruloplazmina - białko magazynujące Cu
ceruloplazmina - białko magazynujące Cu
ferrytyna - białko magazynujące Fe
ferrytyna - białko magazynujące Fe
3+
3+
-
-
transportowa :
transportowa :
mioglobina - transport O
mioglobina - transport O
2
2
w mięśniach
w mięśniach
Hb - transport O
Hb - transport O
2
2
we krwi
we krwi
transferyna - transport Fe
transferyna - transport Fe
2+
2+
albumina - transport np. leków
albumina - transport np. leków
-
-
regulacyjna :
regulacyjna :
hormony : peptydowe (omówione wcześniej), białkowe np. GH , PRL
hormony : peptydowe (omówione wcześniej), białkowe np. GH , PRL
białka represorowe - hamują transkrypcję genów
białka represorowe - hamują transkrypcję genów
-
-
ochronna :
ochronna :
immunoglobuliny - układ odpornościowy
immunoglobuliny - układ odpornościowy
trombina , fibrynogen - ochrona przed utratą krwi
trombina , fibrynogen - ochrona przed utratą krwi
-
-
ruch :
ruch :
aktyna , miozyna - mięśnie
aktyna , miozyna - mięśnie
tubulina - białko mikrotubul biorące udział w podziałach komórkowych
tubulina - białko mikrotubul biorące udział w podziałach komórkowych
- rola buforowa :
- rola buforowa :
we krwi - albuminy
we krwi - albuminy
-
-
wytwarzanie i przekazywanie impulsów nerwowych :
wytwarzanie i przekazywanie impulsów nerwowych :
białka receptorowe - rodopsyna ( białko fotoreceptorowe występujące w siatkówce oka ).
białka receptorowe - rodopsyna ( białko fotoreceptorowe występujące w siatkówce oka ).
*** Właściwości białek ***
*** Właściwości białek ***
-
-
mają charakter związków wielkocząsteczkowych, co powoduje , że białka nie dializują , a
mają charakter związków wielkocząsteczkowych, co powoduje , że białka nie dializują , a
roztwory białek wykazują właściwości - cechy koloidów
roztwory białek wykazują właściwości - cechy koloidów
- wywierają ciśnienie koloido - osmotyczne
- wywierają ciśnienie koloido - osmotyczne
- mają zdolność wiązania jonów
- mają zdolność wiązania jonów
- wędrują w polu elektrycznym dzięki ładunkowi elektrycznemu cząsteczki. Szybkość
- wędrują w polu elektrycznym dzięki ładunkowi elektrycznemu cząsteczki. Szybkość
poruszania się w polu elektrycznym zależy od wielkości ładunku elektrycznego , oraz od
poruszania się w polu elektrycznym zależy od wielkości ładunku elektrycznego , oraz od
rozmiarów i kształtu cząsteczki
rozmiarów i kształtu cząsteczki
- większość białek dobrze rozpuszcza się w H
- większość białek dobrze rozpuszcza się w H
2
2
O , niektóre w rozcieńczonych roztworach
O , niektóre w rozcieńczonych roztworach
soli , kwasów i zasad. O rozpuszczalności decyduje przede wszystkim ich zdolność do
soli , kwasów i zasad. O rozpuszczalności decyduje przede wszystkim ich zdolność do
hydratacji , budowa chemiczna , obecność soli w środowisku i pH środowiska
hydratacji , budowa chemiczna , obecność soli w środowisku i pH środowiska
- białka ulegają wysalaniu pod wpływem silnych elektrolitów np. soli Stężenie soli potrzebne
- białka ulegają wysalaniu pod wpływem silnych elektrolitów np. soli Stężenie soli potrzebne
do wysolenia zależy od właściwości białka i pH środowiska. Wysalacze : (NH
do wysolenia zależy od właściwości białka i pH środowiska. Wysalacze : (NH
4
4
)
)
2
2
SO
SO
4
4
, MgSO
, MgSO
4
4
,
,
aceton , etanol ( ale działając krótko ). Wysalanie jest procesem odwracalnym bo nie powoduje
aceton , etanol ( ale działając krótko ). Wysalanie jest procesem odwracalnym bo nie powoduje
denaturacji białka.
denaturacji białka.
-
-
Wsalanie jest procesem odwrotnym do wysalania , którego dokonuje się przez stopniowe
Wsalanie jest procesem odwrotnym do wysalania , którego dokonuje się przez stopniowe
rozcieńczanie roztworu białek.
rozcieńczanie roztworu białek.
- Białka ulegają denaturacji .
- Białka ulegają denaturacji .
Zniszczeniu ulega IV , III , lub II rzędowa struktura białka , I rzędowa struktura pozostaje
Zniszczeniu ulega IV , III , lub II rzędowa struktura białka , I rzędowa struktura pozostaje
niezmieniona - a więc zmianie ulega konformacja łańcucha polipeptydowego. Białko traci
niezmieniona - a więc zmianie ulega konformacja łańcucha polipeptydowego. Białko traci
swoje właściwości. Rozrywane są wiązania wodorowe , jonowe , hydrofobowe , disiarczkowe ,
swoje właściwości. Rozrywane są wiązania wodorowe , jonowe , hydrofobowe , disiarczkowe ,
van der Walsa.
van der Walsa.
DENATURACJĘ POWODUJĄ :
DENATURACJĘ POWODUJĄ :
Czynniki fizyczne : ogrzewanie , wysalanie , ultradźwięki , promieniowanie , wstrząsanie
Czynniki fizyczne : ogrzewanie , wysalanie , ultradźwięki , promieniowanie , wstrząsanie
wodnych roztworów białek w atmosferze powietrza.
wodnych roztworów białek w atmosferze powietrza.
Czynniki chemiczne : kwasy , zasady , jony metali ciężkich , chlorowodorek guanidyny ,
Czynniki chemiczne : kwasy , zasady , jony metali ciężkich , chlorowodorek guanidyny ,
mocznik , detergenty , fenol , chloroform , rozpuszczalniki mieszające się
mocznik , detergenty , fenol , chloroform , rozpuszczalniki mieszające się
wodą ( etanol , aceton )
wodą ( etanol , aceton )
-
-
Skręcają płaszczyznę światła spolaryzowanego w lewo , ponieważ zbudowane są z L-aa.
Skręcają płaszczyznę światła spolaryzowanego w lewo , ponieważ zbudowane są z L-aa.
- Roztwory białek cechuje duży współczynnik załamania światła , który wzrasta liniowo w
- Roztwory białek cechuje duży współczynnik załamania światła , który wzrasta liniowo w
miarę wzrostu stężenia białka w roztworze , co wykorzystuje się do ilościowego oznaczania
miarę wzrostu stężenia białka w roztworze , co wykorzystuje się do ilościowego oznaczania
białka metodą referencyjną
białka metodą referencyjną
- Z powodu obecności wiązań peptydowych białka pochłaniają światło nadfioletowe z max
- Z powodu obecności wiązań peptydowych białka pochłaniają światło nadfioletowe z max
absorbancji przy λ = 230 nm, a z powodu obecności Tyr i Trp przy max λ = 280 nm
absorbancji przy λ = 230 nm, a z powodu obecności Tyr i Trp przy max λ = 280 nm
- Masa cząsteczkowa białek waha się od 10.000 do wielokrotności miliona.
- Masa cząsteczkowa białek waha się od 10.000 do wielokrotności miliona.
- Białka są związkami amfoterycznymi.
- Białka są związkami amfoterycznymi.
- Każde białko ma charakterystyczny dla siebie punkt izoelektryczny pI np.:
- Każde białko ma charakterystyczny dla siebie punkt izoelektryczny pI np.:
- pepsyna 1.0
- pepsyna 1.0
- kazeina 4.7
- kazeina 4.7
- mioglobina 7.0
- mioglobina 7.0
- trypsyna 10. 5
- trypsyna 10. 5
W punkcie izoelektrycznym rozpuszczalność białka jest najmniejsza i najłatwiej jest wtedy
W punkcie izoelektrycznym rozpuszczalność białka jest najmniejsza i najłatwiej jest wtedy
takie białko wytrącić z roztworu bądź wykrystalizować.
takie białko wytrącić z roztworu bądź wykrystalizować.
W punkcie izoelektrycznym białko :
W punkcie izoelektrycznym białko :
- wykazuje najmniejsze ciśnienie osmotyczne
- wykazuje najmniejsze ciśnienie osmotyczne
- ma najmniejszą lepkość
- ma najmniejszą lepkość
- najsłabiej pęcznieje
- najsłabiej pęcznieje
- nie reaguje z anionami ani z kationami
- nie reaguje z anionami ani z kationami
- wykazuje najmniejszą ruchliwość elektroforetyczną
- wykazuje najmniejszą ruchliwość elektroforetyczną
- Białka mają właściwości buforowe w odpowiednim przedziale pH
- Białka mają właściwości buforowe w odpowiednim przedziale pH
Reakcje chemiczne , którym ulegają białka
Reakcje chemiczne , którym ulegają białka
-
Reakcja ninhydrynowa
Reakcja ninhydrynowa -
aa , peptydy , białka , sole amonowe ,
aa , peptydy , białka , sole amonowe ,
aminocukry , amoniak
aminocukry , amoniak
- Reakcja z HNO
- Reakcja z HNO
2
2
- Reakcja biuretowa ( Piotrowskiego ) - peptydy i białka.
- Reakcja biuretowa ( Piotrowskiego ) - peptydy i białka.
Jest to
Jest to
reakcja na wiązania
reakcja na wiązania
peptydowe
peptydowe
. W środowisku alkalicznym 2 wiązania peptydowe tworzą
. W środowisku alkalicznym 2 wiązania peptydowe tworzą
kompleks z jonami
kompleks z jonami
Cu
Cu
2+
2+
dając zabarwienie fioletowo - niebieskie. Reakcji tej ulegają więc
dając zabarwienie fioletowo - niebieskie. Reakcji tej ulegają więc
tylko tripeptydy ,
tylko tripeptydy ,
tetra - , penta - ....peptydy. Dipeptydy powyższej reakcji nie ulegają.
tetra - , penta - ....peptydy. Dipeptydy powyższej reakcji nie ulegają.
Reakcja służy do
Reakcja służy do
oznaczeń ilościowych i jakościowych.
oznaczeń ilościowych i jakościowych.
- Metoda Lowry’ego - do ilościowego oznaczania peptydów i białek.
- Metoda Lowry’ego - do ilościowego oznaczania peptydów i białek.
Metoda wykorzystuje
Metoda wykorzystuje
czułą reakcję wiązań peptydowych i tyrozyny z odczynnikiem
czułą reakcję wiązań peptydowych i tyrozyny z odczynnikiem
wolframowo - molibdenowo -
wolframowo - molibdenowo -
fosforowym ( Folina - Ciocalteu ). Jest to kombinacja reakcji
fosforowym ( Folina - Ciocalteu ). Jest to kombinacja reakcji
biuretowej oraz reakcji
biuretowej oraz reakcji
między resztami tyrozyny a odczynnikiem Folina , w której powstają
między resztami tyrozyny a odczynnikiem Folina , w której powstają
barwne , niebieskie
barwne , niebieskie
produkty. Metoda pozwala na oznaczenie białka w stężeniu 1μg / ml.
produkty. Metoda pozwala na oznaczenie białka w stężeniu 1μg / ml.
Jest zatem ok. 100
Jest zatem ok. 100
razy dokładniejsza i czulsza niż biuretowa.
razy dokładniejsza i czulsza niż biuretowa.
- Metoda oznaczania zawartości białka za pomocą pomiaru
- Metoda oznaczania zawartości białka za pomocą pomiaru
absorbancji w nadfiolecie -
absorbancji w nadfiolecie -
peptydy i białka. Większość białek ze względu na zawartość reszt
peptydy i białka. Większość białek ze względu na zawartość reszt
Tyr i Trp wykazuje
Tyr i Trp wykazuje
max absorbancji przy λ = 280 nm. Związki , które mogą wpływać na
max absorbancji przy λ = 280 nm. Związki , które mogą wpływać na
absorbancję to :
absorbancję to :
kwasy nukleinowe ( wykazujące max absorbancji przy λ = 260 nm )
kwasy nukleinowe ( wykazujące max absorbancji przy λ = 260 nm )
oraz puryny ,
oraz puryny ,
pirymidyny i fenole.
pirymidyny i fenole.
- Metoda Bradforda - peptydy i białka - metoda służy do oznaczeń
- Metoda Bradforda - peptydy i białka - metoda służy do oznaczeń
ilościowych
ilościowych
Z błękitem brylantowym Coomassie’go G-250 w środowisku
Z błękitem brylantowym Coomassie’go G-250 w środowisku
kwaśnym białko wiąże się
kwaśnym białko wiąże się
za pomocą wiązań jonowych i hydrofobowych Arg , w mniejszym
za pomocą wiązań jonowych i hydrofobowych Arg , w mniejszym
stopniu His , Lys , Tyr ,
stopniu His , Lys , Tyr ,
Trp , Phe. W wyniku reakcji powstaje brunatne zabarwienie wprost
Trp , Phe. W wyniku reakcji powstaje brunatne zabarwienie wprost
proporcjonalne do
proporcjonalne do
zawartości białka w roztworze.
zawartości białka w roztworze.
- Metoda Kjeldahla - oznaczanie zawartości azotu białkowego -
- Metoda Kjeldahla - oznaczanie zawartości azotu białkowego -
oznaczanie ilościowe.
oznaczanie ilościowe.
Azot białka oznacza się po rozkładzie białka do NH
Azot białka oznacza się po rozkładzie białka do NH
3
3
. Białko gotuje
. Białko gotuje
się ze stężonym
się ze stężonym
H
H
2
2
SO
SO
4
4
+ katalizator
+ katalizator
następuje zniszczenie białka i powstaje
następuje zniszczenie białka i powstaje
(HN
(HN
4
4
)
)
2
2
SO
SO
4
4
Następnie
Następnie
dodaje się nadmiar alkaliów , które powodują uwolnienie NH
dodaje się nadmiar alkaliów , które powodują uwolnienie NH
3
3
, który
, który
wyłapuje się w
wyłapuje się w
płuczce z H
płuczce z H
2
2
SO
SO
4
4
. Następnie oznaczenie prowadzi się przez
. Następnie oznaczenie prowadzi się przez
miareczkowanie.
miareczkowanie.
- Hydroliza wiązania peptydowego.
- Hydroliza wiązania peptydowego.
A) hydroliza kwaśna
A) hydroliza kwaśna
6 - 12N HCl lub 4 - 7N H
6 - 12N HCl lub 4 - 7N H
2
2
SO
SO
4
4
w temperaturze 110
w temperaturze 110
C przez 24 ,
C przez 24 ,
48 i 72 godziny
48 i 72 godziny
.
.
Używamy 5 - 10 razy więcej kwasu niż białka . Nie wolno używać
Używamy 5 - 10 razy więcej kwasu niż białka . Nie wolno używać
HNO
HNO
3
3
gdyż powoduje
gdyż powoduje
utlenienie bądź nitrowanie pierścieni .
utlenienie bądź nitrowanie pierścieni .
Wady :
Wady :
niszczy : - Trp
niszczy : - Trp
- Powoli aa z grupą -OH : Ser , Thr ( ale mając
- Powoli aa z grupą -OH : Ser , Thr ( ale mając
stężenia tych aa po
stężenia tych aa po
czasie 24 , 48 ,72 h można ekstrapolować
czasie 24 , 48 ,72 h można ekstrapolować
stężenie wyjściowe )
stężenie wyjściowe )
- Gln , Asn w środowisku kwaśnym są nietrwałe
- Gln , Asn w środowisku kwaśnym są nietrwałe
Glu , Asp + NH
Glu , Asp + NH
3
3
Na podstawie uwolnionego NH
Na podstawie uwolnionego NH
3
3
oznaczamy
oznaczamy
sumę Gln + Asn i np.
sumę Gln + Asn i np.
chromatograficznie sumę Asp + Asn oraz Glu +
chromatograficznie sumę Asp + Asn oraz Glu +
Gln
Gln
•
•
Elektroforeza w gradiencie pH - ogniskowanie izoelektryczne
Elektroforeza w gradiencie pH - ogniskowanie izoelektryczne
Białko będzie wędrowalo do momentu osiągnięcia pozycji , w której pH żelu
Białko będzie wędrowalo do momentu osiągnięcia pozycji , w której pH żelu
zrówna się z pH białka .
zrówna się z pH białka .
•
•
HPLC
HPLC
-
-
biorąc pod uwagę wielkość cząsteczki i ładunek elektryczny
biorąc pod uwagę wielkość cząsteczki i ładunek elektryczny
•
•
Rozdzielanie na podstawie rozpuszczalności .
Rozdzielanie na podstawie rozpuszczalności .
Polega na wysalaniu z roztworu wodnego solami obojętnymi np.: (NH
Polega na wysalaniu z roztworu wodnego solami obojętnymi np.: (NH
4
4
)
)
2
2
SO
SO
4
4
lub MgSO
lub MgSO
4
4
Do roztworu białek dodaje się wzrastającą ilość soli każdorazowo odwirowując wytrącone
Do roztworu białek dodaje się wzrastającą ilość soli każdorazowo odwirowując wytrącone
białko. Przez zmianę pH metodę można udoskonalić. Metoda ta stosowana jest tylko do
białko. Przez zmianę pH metodę można udoskonalić. Metoda ta stosowana jest tylko do
oczyszczania wstępnego .
oczyszczania wstępnego .
Po wyizolowaniu białka w czystej postaci wyżej wymienionymi metodami białko należy
Po wyizolowaniu białka w czystej postaci wyżej wymienionymi metodami białko należy
scharakteryzować pod względem chemicznym :
scharakteryzować pod względem chemicznym :
- przez wyznaczenie punktu izoelektrycznego
- przez wyznaczenie punktu izoelektrycznego
- przez wyznaczenie względnej masy cząsteczkowej
- przez wyznaczenie względnej masy cząsteczkowej
- przez analityczne oznaczenie całkowitego stężenia białka
- przez analityczne oznaczenie całkowitego stężenia białka
- charakterystyka immunologiczna
- charakterystyka immunologiczna
Metody wyznaczania względnej masy cząsteczkowej :
Metody wyznaczania względnej masy cząsteczkowej :
•
•
ultrawirowanie przez wyznaczenie stałej sedymentacji Svedberga
ultrawirowanie przez wyznaczenie stałej sedymentacji Svedberga
•
•
na podstawie składu białka ( oznaczamy ilość O , C , N , S
na podstawie składu białka ( oznaczamy ilość O , C , N , S
masa białka )
masa białka )
•
•
na podstawie ciśnienia osmotycznego jakie białko wywiera na błonę półprzepuszczalną
na podstawie ciśnienia osmotycznego jakie białko wywiera na błonę półprzepuszczalną
w ściśle określonym pH i stężeniu białka w roztworze.
w ściśle określonym pH i stężeniu białka w roztworze.
•
•
na podstawie efektu Tyndala ( rozpraszania światła )
na podstawie efektu Tyndala ( rozpraszania światła )
•
•
chromatografia na sitach molekularnych
chromatografia na sitach molekularnych
•
•
Elektroforeza żelowa SDS
Elektroforeza żelowa SDS
•
•
Metoda wirowania w różnych gradientach stężeń
Metoda wirowania w różnych gradientach stężeń
60 - 20% roztwór sacharozy
60 - 20% roztwór sacharozy
6M roztwór chlorku cezu sam tworzy gradient
6M roztwór chlorku cezu sam tworzy gradient
Są to metody porównawcze naszego białka z białkiem stanowiącym wzorzec standardowy.
Są to metody porównawcze naszego białka z białkiem stanowiącym wzorzec standardowy.
Określenie struktury I rzędowej białka
Określenie struktury I rzędowej białka
1. Jeśli białko jest heteropolimeryczne tzn zawiera wiecej niż jeden łańcuch polipeptydowy
1. Jeśli białko jest heteropolimeryczne tzn zawiera wiecej niż jeden łańcuch polipeptydowy
to łańcuchy należy rozdzielić i oczyścić .
to łańcuchy należy rozdzielić i oczyścić .
Rozrywanie wiązań :
Rozrywanie wiązań :
- wodorowe - 8M mocznik
- wodorowe - 8M mocznik
6M chlorowodorek guanidyny
6M chlorowodorek guanidyny
- diS - utlenianie kwasem nadmrówkowym do SO
- diS - utlenianie kwasem nadmrówkowym do SO
3
3
2-
2-
- redukcja za pomocą β - merkaptoetanolu do -SH a następnie należy
- redukcja za pomocą β - merkaptoetanolu do -SH a następnie należy
podziałać kwasem jodooctowym lub akrylonitrylem aby zablokować
podziałać kwasem jodooctowym lub akrylonitrylem aby zablokować
grupę -SH i zapobiec powstawaniu nowych wiązań diS
grupę -SH i zapobiec powstawaniu nowych wiązań diS
- hydrofobowe - detergenty
- hydrofobowe - detergenty
- jonowe - kwasy , zasady
- jonowe - kwasy , zasady
Rozdział i oczyszczanie - podobnie jak białka
Rozdział i oczyszczanie - podobnie jak białka
Enzymy jako
katalizatory
Enzymy są katalizatorami, które zwiększają
szybkość reakcji chemicznej, same nie ulegając
zmianie. W nieobecności enzymu reakcja może
zachodzić niezwykle wolno, natomiast w jego
obecności szybkość reakcji znacznie wzrasta, nawet
do 107 razy. Reakcje katalizowane przez enzymy
zazwyczaj przebiegają we względnie łagodnych
warunkach (temperatura poniżej 100°C, ciśnienie
atmosferyczne i obojętne pH) - w porównaniu z
warunkami odpowiednich niekatalizowanych reakcji
chemicznych. Enzymy są wysoce specyficzne
względem substratów, na które działają, i produktów,
które tworzą. Poza tym aktywność enzymatyczna
może być regulowana, zmieniając się w zależności
od stężenia substratów lub innych cząsteczek. Prawie
wszystkie
enzymy
są
białkami,
chociaż
zidentyfikowano też kilka rodzajów cząsteczek RNA
aktywnych katalitycznie.
Energia
aktywacji i stan przejściowy
•
Zmiany energii zachodzące w przebiegu reakcji
biochemicznej przedstawiono na rysunku. Dla wszystkich
reakcji istnieje bariera energetyczna, którą należy
pokonać, aby umożliwić przebieg reakcji. Jest to ilość
energii potrzebna do przeprowadzenia cząsteczek
substratu w stan przejściowy, który jest niestabilną
formą chemiczną, prowadzącą od substratów do
produktów. Stan przejściowy ma największą energię
swobodną ze wszystkich związków w drodze reakcji.
Energia aktywacji (∆G*) równa jest różnicy w energii
swobodnej między stanem przejściowym a substratem.
Enzym
działa
w
drodze
stabilizowania
stanu
przejściowego reakcji chemicznej i zmniejsza ∆G*.
Enzym nie zmienia poziomu energii zarówno substratu,
jak i produktu. Tak więc enzym zwiększa szybkość
przebiegu reakcji, ale nie wpływa na ogólną zmianę
energii w tej reakcji.
Zmiana energii
swobodnej
• Zmiana energii swobodnej (Gibbsa) decyduje, czy reakcja
będzie energetycznie korzystna, czy niekorzystna. Na
rysunku przedstawiono przykład, w którym sumaryczna
zmiana energii reakcji czyni ją energetycznie korzystną (tzn.
produkty mają niższy poziom energii niż substraty, a ∆G ma
wartość ujemną). Należy zaznaczyć, że ∆G jest pojęciem
innym niż ∆G*. Wartość ∆G reakcji jest niezależna od drogi
reakcji i nie dostarcza żadnej informacji o szybkości reakcji,
ponieważ o szybkości reakcji decyduje ∆G*. Ujemna wartość
∆ G wskazuje, że reakcja jest termodynamicznie korzystna
we wskazanym kierunku (tj. ma dużą szansę przebiegu
spontanicznego), natomiast dodatnia wartość ∆G wskazuje,
że reakcja jest termodynamicznie niekorzystna i wymaga
nakładu energii, aby zajść we wskazanym kierunku. W
układach biochemicznych ten nakład energii uzyskuje się
często przez sprzężenie reakcji energetycznie
niekorzystnej z reakcją energetycznie korzystną (reakcje
sprzężone).
Zmiany energii zachodzące
podczas przebiegu reakcji
biochemicznej
Często jest korzystne odwoływanie się do
wartości
∆
G aktualnej dla standardowego
zestawu warunków, jakimi są jednakowe
stężenia (1,0 M) zarówno substratów, jak
i produktów reakcji oraz przebieg reakcji
w stałym pH 7,0. W tych warunkach
wartość stwierdzana dla
∆
G jest nieco
odmienna niż w innych warunkach i jest
określana jako
∆
G°. Przykładem reakcji
energetycznie
korzystnej,
o
dużej
ujemnej wartości ∆G° i często używanej
do napędzania reakcji energetycznie
niekorzystnych
jest
hydroliza
ATP,
tworząca ADP i wolny Pi:
Równowaga reakcji
Reakcja chemiczna istnieje zazwyczaj w stanie
równowagi
dynamicznej,
w
której
mimo
ustawicznego przekształcania nowych cząsteczek
substratu i tworzenia nowych cząsteczek produktu,
proporcja substratu do produktu pozostaje stała.
Rozważmy następującą reakcję: gdzie szybkość
reakcji w kierunku wprost (od A do B) wynosi 10
-4
na
sekundę (s
-1
), a szybkość reakcji w kierunku
odwrotnym wynosi 10
-6
s
-1
. W równowadze stosunek
stężeń substratu i produktu stanowi wartość stałą,
znaną jako stała równowagi (K).
Stałą równowagi dla danej reakcji definiuje się jako:
gdzie prostokątne nawiasy oznaczają
stężenie. Stała równowagi jest
określona przez stosunek szybkości
reakcji w kierunku wprost A do B do
szybkości reakcji w kierunku
odwrotnym B do A
Tak więc dla tej reakcji w stanie równowagi
istnieje 100 razy więcej produktu B niż
substratu A, niezależnie od tego, czy enzym jest
obecny, czy nie. Dzieje się tak dlatego, że
enzymy nie zmieniają położenia równowagi
reakcji, ale przyspieszają szybkość reakcji w
obu kierunkach w tym samym stopniu. Innymi
słowy, enzymy przyspieszają osiągnięcie
stanu równowagi, ale nie przesuwają jego
położenia.
W
przypadku
pokazanej
tu
hipotetycznej reakcji, w nieobecności enzymu
reakcja może potrzebować więcej niż godzinę
do osiągnięcia stanu równowagi, natomiast w
obecności
enzymu
może
osiągnąć
stan
równowagi w czasie krótszym niż 1 sekunda.
Miejsce aktywne
• Miejsce aktywne enzymu jest regionem, który wiąże substrat
i przemienia go w produkt. Zazwyczaj jest to względnie
niewielka część całej cząsteczki enzymu i stanowi określoną
trójwymiarową
przestrzeń,
utworzoną
przez
reszty
aminokwasów, które w liniowym łańcuchu polipeptydowym
mogą leżeć daleko od siebie. Miejsce aktywne jest często
szczeliną lub zagłębieniem w cząsteczce enzymu, które tworzy
środowisko w znacznym stopniu niepolarne, co ułatwia wiązanie
substratu. Substrat(y) jest wiązany w miejscu aktywnym przez
liczne słabe siły (oddziaływania elektrostatyczne, wiązania
wodorowe, siły van der Waalsa, oddziaływania hydrofobowe), a
w
pewnych
przypadkach
przez
odwracalne
wiązania
kowalencyjne. Po związaniu cząsteczki substratu i utworzeniu
kompleksu enzym-substrat, katalitycznie czynne reszty w
obrębie aktywnego miejsca enzymu działają na cząsteczkę
substratu tak, aby przekształcić go początkowo w stan
przejściowy, a następnie w produkt, który zostaje uwolniony do
roztworu. Potem enzym, już wolny, może związać kolejną
cząsteczkę substratu i rozpocząć nowy cykl katalityczny.
• Zaproponowano dwa modele wyjaśniające, jak enzym może
wiązać swój substrat. W modelu zamka i klucza,
zaproponowanym przez Emila Fischera w 1894 roku, kształt
substratu i aktywnego miejsca enzymu miałyby pasować do
siebie jak klucz do zamka. Oba kształty są uważane za sztywne i
utrwalone oraz pasujące do siebie idealnie po odpowiednim
zestawieniu. W modelu indukowanego dopasowania,
zaproponowanym w 1958 roku przez Daniela E. Koshlanda,
związanie substratu indukuje zmianę konformacyjną w
aktywnym miejscu enzymu. Poza tym enzym może zniekształcić
substrat wymuszając w nim konformację podobną do stanu
przejściowego. Na przykład, związanie glukozy z heksokinazą
indukuje taką konformacyjną zmianę w strukturze enzymu, że
jego miejsce aktywne przyjmuje kształt komplementarny do
substratu (glukozy) tylko po jego związaniu z enzymem. Różne
enzymy wykazują cechy charakterystyczne dla obu modeli, a
więc pewną komplementarność i pewne zmiany konformacji.
Specyficzność
substratowa
• Właściwości
i
ułożenie
przestrzenne
reszt
aminokwasów tworzących aktywne miejsce enzymu
determinują rodzaj cząsteczki, która może zostać
związana i stać się substratem dla tego enzymu. O
specyficzności
substratowej
często
decydują
zmiany stosunkowo niewielkiej liczby aminokwasów w
miejscu aktywnym. Widać to wyraźnie w trzech
enzymach trawiennych: trypsynie, chymotrypsynie i
elastazie. Te trzy enzymy należą do rodziny enzymów
o nazwie proteazy serynowe — „serynowe",
ponieważ mają w miejscu aktywnym resztę seryny,
której udział w katalizie jest krytyczny, a „proteazy",
ponieważ katalizują hydrolizę wiązań peptydowych w
białku. Te trzy enzymy rozszczepiają wiązania
peptydowe
w
białkowych
substratach
po
karboksylowej stronie pewnych reszt aminokwasów.
Trypsyna rozszczepia (tnie) po karboksylowej stronie
dodatnio naładowanych reszt Lys lub Arg, chymotrypsyna
— po karboksylowej stronie dużych reszt aminokwasów
aromatycznych i hydrofobowych, a elastaza — po
karboksylowej stronie reszt o krótkich, nie naładowanych
łańcuchach bocznych. Różna specyficzność tych enzymów
jest narzucona przez charakter grup aminokwasów w
miejscach
wiązania
substratu,
komplementarnych
względem substratu, na który działają. Tak więc trypsyna
ma w swym miejscu wiązania substratu ujemnie
naładowaną resztę Asp, która oddziałuje z dodatnimi
ładunkami na bocznych łańcuchach Lys i Arg substratu.
Chymotrypsyna ma w miejscu wiązania substratu reszty
aminokwasów o krótkich łańcuchach bocznych, takie jak
Gly i Ser, co umożliwia wejście do tych miejsc dużych
łańcuchów bocznych substratu. Natomiast elastaza ma
względnie duże, nie naładowane boczne łańcuchy
aminokwasów Val i Thr, wystające do miejsca wiązania
substratu, co pozwala na wejście do tego miejsca wyłącznie
krótkich łańcuchów bocznych Gly i Ala substratu.
Klasyfikacja enzymów
• Wiele enzymów ma nazwy utworzone przez dodanie końcówki
,,-aza" do nazwy substratu. Tak więc ureaza jest enzymem
katalizującym hydrolizę mocznika (ang. urea), a fruktozo-l,6-
bisfosfataza hydrolizuje fruktozo-1,6-bisfosforan. Jednakże pewne
enzymy, np. trypsyna i chymotrypsyna, mają nazwy nie odnoszące
się do ich substratów (nazwy zwyczajowe). Są też enzymy, które
mają po kilka różnych nazw. W celu ujednolicenią nazw enzymów
opracowano
system
nazewnictwa
enzymów,
uzgodniony
międzynarodowo (Enzyme Commission — EC). System ten dziel
wszystkie enzymy na sześć głównych klas, opartych na typie
prowadzonej
reakcji.
Następnie
każdy
enzym
zostaje
zidentyfikowany prze czteroliczbowy numer. Tak więc trypsyna ma
numer (EC) 3.4.21.4, przy czym pierwsza liczba (3) oznacza, że
jest ona hydrolazą, druga liczba oznacza, że jest proteazą, która
hydrolizuje wiązania peptydowe, trzeci liczba (21) oznacza, że
enzym jest proteazą serynową, mającą w miejsc aktywnym
krytyczną resztę seryny, a czwarta liczba (4) wskazuje, że to
czwarty enzym historycznie przypisany do tej klasy. Dla porównani
chymotrypsyna ma numer EC 3.4.21.1, a elastaza 3.4.21.36.
Koenzymy i grupy
prostetyczne
• Wiele enzymów wymaga do swego specyficznego działania
obecności małych jednostek niebiałkowych o nazwie
kofaktory. Kofaktorami może być jeden lub więcej jonów
nieorganicznych, np. Zn
2+
lub Fe
2+
, albo złożona
cząsteczka organiczna o nazwie koenzym. Taki metal lub
koenzym, który jest kowalencyjnie związany z enzymem,
nazwa
się
grupą
prostetyczną
(np.
hem
w
hemoglobinie). Całość katalitycznie aktywnego enzymu
wraz z jego koenzymem lub jonem metalu określa się jako
holoenzym. Sama białkowa część enzymu bez jego
kofaktora jest nazywana apoenzymem. Pewne koenzymy,
takie jak NAD
+
, są wiązane i uwalniane przez enzym w
czasie jego cyklu katalitycznego i dlatego działają one
właściwie jako kosubstraty. Wiele koenzymów jest
pochodnymi prekursorów — witamin, które są często
istotnym
składnikiem
pożywienia,
a
których
niedostateczny dopływ wywołuje choroby z niedoboru.
Dinukleotyd
nikotynoamidoadeninowy
(NAD
+
)
oraz
fosforan
dinukleotydu
nikotynoamidoadeninowego
(NADP
+
)
są
koenzymami mającymi wspólną strukturę opartą
na adeninie, dwóch cząsteczkach rybozy (cukru)
powiązanych
grupami
fosforanowymi
i
pierścieniu nikotynoamidowym. NADP
+
różni się
od
NAD
+
dodatkową
grupą
fosforanową
przyłączoną do jednej z cząsteczek rybozy. Oba
te koenzymy pełnią jedną z podstawowych
funkcji, jaką jest przenoszenie elektronów i
udział w reakcjach oksydoredukcyjnych.
NAD
+
jest częściej używany w reakcjach
katabolicznych (rozkładu), natomiast NADP
+
jest używany w reakcjach anabolicznych
(biosyntezy). Reaktywną częścią obu cząsteczek
jest pierścień nikotynoamidowy, który może
występować w formie albo zredukowanej, albo
utlenionej, a w ten sposób działać w reakcji
enzymatycznej
jako
akceptor
lub
donor
elektronów:
Dinukleotyd
flawinoadeninowy
(FAD)
oraz
mononukleotyd
flawinowy
(FMN)
również
są
przenośnikami elektronów i mają podobną strukturę
chemiczną. Oba te koenzymy zawierają jednostkę
mononukleotydu flawinowego,
która
ma
miejsce
reaktywne. FAD ma dodat kową grupę cukrową i zasadę
adeninową, powiększające jego strukturę. FAD oraz FMN
reagują z dwoma protonami oraz z dwoma elektronami,
oscylując między stanem utlenionym i zredukowanym: