Replikacja, naprawa i rekombinacja DNA u eukariontów 2009

background image

Replikacja, naprawa i

rekombinacja DNA u

eukariontów

background image

Zasada replikacji DNA

background image

Replikacja DNA jest elementem cyklu komórkowego

background image

U eukariontów DNA występuje w kompleksie

zwanym chromatyną

background image

Replikacja u eukariontów

• Inicjacja, elongacja, terminacja
• Problem końców chromosomów
• Jądro - organelle

background image

Inicjacja

(replikacja zaczyna się jednocześnie w wielu

miejscach)

background image

ORI (Origins of replication)

• ARS (Autonomously Replicating Sequence) u drożdży
- Specyficzna sekwencja 200 pz jest minimalną sekwencja

wymaganą do inicjacji replikacji chromosomowego DNA.


U ssaków inicjacja (ORI) obejmuje sekwencję 10 000 pz
U roślin sekwencje ORI nie są zidentyfikowane
W chromosomach istnieje wiele potencjalnych ORI, ale nie

wszystkie funkcjonują w każdej komórce

Fragment DNA replikowany z jednego ORI nosi nazwę replikonu (

u roślin długość replikonu to przeciętnie 50-70 kb)

Nie wszystkie ORI startują w tym samym momencie, jednak

porządek ich uruchamiania jest w komórkach ściśle
kontrolowany i zależy od stanu kondensacji chromatyny w
danym miejscu.

background image

Kontrola inicjacji

• Licencjonowanie (kontrola pozytywna) –

zapewnia, że

chromosomy będą się replikować tylko wtedy, gdy w sposób
prawidłowy przejdą przez mitozę i znajda się w komórce
potomnej

.

• Aby nastąpiła inicjacja, do ORI musi się przyłączyć

Kompleks Rozpoznający Origin (ORC – Origin Recognition
Complex) i dodatkowe białka (czynniki licencjonujące Cdc-6
i Cdt-1) umożliwiające ścisłe pokrycie sąsiadującego DNA
białkami MCM (Minichromosome Maintenance). Tylko DNA
pokryty białkami MCM może być replikowany. Białka MCM
są usuwane przez przesuwające się widełki replikacyjne.

background image

Licencjonowanie w ORI

background image

Negatywna kontrola inicjacji - Geminina

• Geminina – białko występujące w komórkach w

fazie G2

• Przeciwdziała przyłączaniu się białek MCM do

świeżo zreplikowanego DNA (zablokowanie
czynnika Cdt-1)

• Jest degradowana po zakończeniu mitozy
• Gemininy nie wykryto w drożdżach i roślinach!

background image

Kontrola inicjacji w cyklu komórkowym

background image

Elongacja

• Kompleks wielo enzymatyczny zawierający polimerazę DNA

katalizuje przyłączanie deoksyrybonukleotydów do 3’ końca
DNA lub RNA przyłączonego do nici matrycowej DNA.

• Synteza DNA idzie w kierunku

5’ – 3

’, a matryca jest

odczytywana w kierunku

3’-5’.

• Polimeraza DNA może dodawać nukleotydy tylko do już

istniejącego fragmentu kwasu nukleinowego (primera).

• Polimeraza DNA jest nie aktywna w nieobecności primera z

wolną grupą 3’ OH, związanego poprzez wiązania wodorowe
z matrycą.

• Primery są syntetyzowane przez specyficzną polimerazę

rybonukleotydową zwaną DNA primazą. Inicjuje ona syntezę
primera rozpoczynając od rybonukleotydu purynowego.

background image

Przyłączanie deoksyrybonukleotydów przez polimerazę DNA

background image

Elongacja - cd

• Ze względu na asymetrię widełek replikacyjnych

*(kierunki!) synteza DNA jest w połowie nieciągła. Na nici
wiodącej (jeden primer) dodawanie nukleotydów odbywa
się w sposób ciągły. Na nici opóźnionej synteza odbywa się
w formie krótkich fragmentów Okazaki, z których każdy
wymaga swojego primera.

• Wytworzenie ciągłej cząsteczki na matrycy nici opóźnionej

wymaga systemu naprawy DNA zawierającego specyficzną
rybonukleazę – RNazę H, który usuwa primery RNA i
zastępuje je fragmentami DNA. Inny enzym – ligaza DNA
łączy koniec 3’ nowego fragmentu DNA z 5’ końcem
fragmentu DNA poniżej.

background image

Elongacja - widełki replikacyjne

background image

Elongacja - cd

• W jądrze eukariontów występują trzy główne polimerazy

DNA – α, δ i ε.

• α – głównie funkcja primazy
• δ i ε – synteza DNA na nici prowadzącej i opóźnionej.
• Helikaza DNA (występuje w kompleksie z pol δ i ε ) rozplata

dwuniciowy DNA u nasady widełek.

• Topoizomerazy DNA usuwają napięcia torsyjne powstające

w wyniku rozplatania (są przyłączone przed widełkami).

background image

Elongacja - cd

background image

Wierność replikacji

• Wysoka wierność replikacji (śr. 1 błąd na 10

9

zreplikowanych pz).

• Polimerazy DNA są enzymami z funkcją autokorety

(proofreading), które usuwają własne błędy podczas
replikacji.

• Kluczowe dla autokorekty są ich aktywności 3’-5’

egzonukleazy, dzięki którym usuwają źle sparowane
nukleotydy od 3’ końca nowo zsyntetyzowanego fragmentu
DNA. Specjalny system naprawy uzupełnia następnie
brakujące fragmenty nici.

background image

Niektórych błędów nie da się skorygować

background image

Terminacja replikacji

• Terminacja następuje w miejscach, w których

spotykają się nowo syntetyzowane nici DNA
powstałe z dwóch sąsiadujących miejsc ORI.

background image

Aktywność telomerazowa -replikacja końców

chromosomów (telomerów)

background image

Punkty kontrolne (checkpoints) w cyklu komórkowym

background image

Chromosomy politeniczne (Drosophila – 10 rund replikacji bez

rozdzielania cząsteczek = 2048 cząsteczek ułożonych obok siebie)

background image

Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR)

background image

Produkty PCR (polimeraza Taq)

background image

Przyczyny uszkodzeń DNA i ich efekty

• Tlen, wolne rodniki
• UV
• Związki alkilujące
• Spontaniczna deaminacja (C

do U)

• Przerwanie łańcucha
• Modyfikacje chemiczne zasad
• włączanie niesparowanych

zasad w trakcie replikacji

background image

Uszkodzenia DNA - przykłady

background image

Systemy naprawy DNA

• Wycięcie nukleotydów
• (dimery pirymidyn, aberracje

struktury)

• Naprawa błędnie sparowanych

nukleotydów (mylnie sparowane
zasady)

• Naprawa przez wycięcie zasad

(nietypowe – hipoksantyna,
uracyl-, zalkilowane zasady)

• Naprawa bezpośrednia

(metyloguanina, dimery
pirymidyn)

• System helikazy XPA

(Xerdoerma pigmentosum)

• Homologi bakteryjnych białek

typu Mut

• Glikozylaza DNA, polimeraza δ

• Guanino-6-metylotransferaza

background image

Rekombinacja DNA

• Gra ważną rolę w podziale mejotycznym komórek

(zapewnia zróżnicowanie genetyczne gamet) i, na dłuższą
metę - w ewolucji (rearanżacje sekwencji DNA umożliwiają
nowe kombinacje sekwencji, które mogą generować nowe
rodzaje RNA i białek, wpływając na fenotyp).

• Mechanizmy rekombinacji są powiązane ściśle z

mechanizmami replikacji i naprawy

background image

Rekombinacja w podziałach mejotycznych

background image

Rodzaje rekombinacji

• Rekombinacja homologiczna występuje pomiędzy długimi

sekwencjami, które zawierają rejony w dużym stopniu do siebie

podobne (np. rekombionacja mejotyczna). Wymaga białek typu

RecA; katalizują one reakcję przeniesienia nici, która umożliwia

jednoniciowemu fragmentowi wniknięcie w strukturę

dwuniciową w rejonie homologii (powstaje przejściowa

struktura trójniciowa).

• Rekombinacja miejscowo specyficzna (np. rearanżacja genów

immunoglobulin) występuje w specyficznych loci, nie wymaga

długich rejonów homologii ani białek typu RecA. Wymaga

białka rekombinazy (integrazy) i krótkich sekwencji

palindroomowych w DNA donorowym i akceptorowym.

• Rekombinacja nieuprawniona może zachodzić w obecności

krótkich rejonów homologicznych (udział polimerazy RNA), a

także przy braku jakiejkolwiek homologii (np. integracja do

genomów roślin) (udział gyrazy, tj. topoizomerazy II).

background image

Struktura Hollidaya – etap pośredni w rekombinacji

homologicznej


Document Outline


Wyszukiwarka

Podobne podstrony:
Replikacja, naprawa i rekombinacja DNA u eukariontów 2009
10 Replikacja, naprawa i rekombinacja DNA
Ożyhar, Biologia molekularna,Replikacja naprawa i rekombinacjaDNA
Wykład 12 Replikacja i naprawa DNA
Ściąga Naprawa DNa, Operony, Koniugacja, Rekombinacja
Replikacja DNA i choroby związane
3 ogolny schemat replikacji i onkogeza DNA wirusowa
Materiał genetyczny, mutacje, systemy naprawy DNA, test Amesa
Izolacja DNA z komórek prokariotycznych i eukariotycznych
3 Systemy naprawcze w DNA
09 Replikacja DNA u?kterii
Uszkodzenia i naprawa DNA obieralny prof E Pastwa
nowotwory,DNA,RNA,replikacja
biologia, Replikacja DNA, Zjawisko transkrypcji to zjawisko powstawania rodzajów RNA ( t, m, r, )
Materiał genetyczny, mutacje, systemy naprawy DNA,
biologia, NAPRAWA DNA, Mechanizmy naprawy oksydacyjnych uszkodzeń DNA
Replikacja DNA

więcej podobnych podstron