Początek II wojny światowej spowodował wprowadzenie przez Prezydenta Rzeczypospolitej stanu wojennego. Dekretem 1 września 1939 roku określone zostały uprawnienia Naczelnego Wodza, którym mianowany został generalny inspektor sił zbrojnych. Utworzono także urząd ministra - Głównego Komisarza Cywilnego, który przejął kompetencje władz naczelnych w zakresie administracji rządowej. Na szczeblu terytorialnym dowództw wojskowych powołano komisarzy cywilnych. Jednocześnie z wprowadzeniem stanu wojennego Rada Ministrów uzyskała prawo do zawieszenia konstytucyjnych swobód obywatelskich i korzystania z uprawnień wynikających z ustawy o stanie wojennym. 2.11.1939 roku prezydent rozwiązał sejm i senat, a 9 grudnia 1939 roku powołał Radcę Narodową . Rada Narodowa została rozwiązana 21 marca 1945 roku. Główną rolę wśród organów na emigracji odgrywała Rada Ministrów.
administracja na ziemiach polskich pod okupacją
1. Okupacja niemiecka.
Niemcy tereny podbite w wyniku działań militarnych traktowały jako swoją własność. Na obszarach zależnych od III Rzeszy władzę początkowo sprawował Naczelny Dowódca Wojsk Lądowych Wehrmachtu. Później tworzono władze cywilne, którym oddawano nadzór nad zdobytym obszarem.
Terytorium II Rzeczypospolitej zostało podzielone na ziemie wcielone do III Rzeszy i na Generalne Gubernatorstwo. Górny Śląsk wraz z Zagłębiem Dąbrowskim i Zaolziem, Wielkopolska, Pomorze oraz część Kujaw i Mazowsze znalazły się w granicach Rzeszy. Natomiast z pozostałych ziem utworzono Generalne Gubernatorstwo. Władzę w nim objął podległy w swoich działaniach i decyzjach tylko Hitlerowi - Hans Frank. GG podzielono na cztery dystrykty: warszawski, krakowski, lubelski, radomski.
Kiedy w czerwcu 1941 r. Hitler rozpoczął wojnę ze swoim dotychczasowym sojusznikiem Związkiem Radzieckim, pod niemiecką okupacją znalazł się teren całej przedwojennej Polski. Białostocczyzna została włączona do III Rzeszy, natomiast wschodnia Małopolska do GG, tworząc dystrykt galicyjski.
Celem polityki władz okupacyjnych było zniszczenie wszystkiego co polskie. Zlikwidowano więc polską administrację, zakazano istnienia partii politycznych, organizacji o charakterze społecznym i kulturalno-oświatowym. Ludność zmuszono do wpisania się na Niemiecka Listę Narodową Polaków z terenów przyłączonych do Rzeszy wysiedlano do Generalnego Gubernatorstwa, albo wywożono do obozów pracy w głąb III Rzeszy. Na miejsce wysiedleńców przybywali niemieccy koloniści. Generalne gubernatorstwo miało stać się w zamierzeniu władz niemieckiego swoistego rodzaju kolonią taniej siły roboczej. Narzędziem polityki germanizacyjnej były szkoły. Zakazano nauki języka polskiego, historii i geografii. Niszczono podręczniki do tych przedmiotów.
Rozbudowie uległ aparat tajnej policji i wojska. Jego strukturę tworzyły: policja bezpieczeństwa, policja porządkowa, straż graniczna i formacje policji pomocniczych: drogowej, kolejowej, leśnej, fabrycznej, wodnej i pocztowej. We wszystkich akcjach wymierzonych w polskich partyzantów albo w walce z oddziałami Polskiego Państwa Podziemnego brały udział obok wymienionych powyżej formacji także oddziały SS i Wehrmachtu.
Na początku lat czterdziestych Niemcy rozpoczęli realizację tzw. Generalnego Planu Wschodniego przewidującego całkowitą germanizację ziem polskich i deportację dotychczasowych mieszkańców na Syberię. W latach 1942 - 1943 na terenach Zamojszczyzny przeprowadzono akcję osiedlania Niemców, po wcześniejszym usunięciu Polaków. Niemcy przywłaszczyli sobie własność państwa polskiego i instytucji publicznych, także wielka własność prywatna na terenach okupowanych została poddana nadzorowi niemieckiemu.
Niemcy rabowali dobra kultury polskiej wywożąc je w głąb własnego kraju. Wielu Polaków próbowało walczyć z okupantem. Rozwijały się działania dywersyjne i sabotażowe, rodził się polski ruch oporu. Wszystkie te działania odbywały się w ścisłej konspiracji. Ale zdarzali się także Polacy, którzy za cenę własnego życia albo poprawy warunków w jakich żyli decydowali się na współpracę z wrogiem, czyli kolaborację.
2. Okupacja radziecka.
Zlikwidowano polską administrację na terenach włączonych do ZSRR. 22 października przeprowadzone zostały wybory do Zgromadzeń Ludowych Białorusi Zachodniej i Zachodniej Ukrainy. A na początku listopada (1-2 XI 1939 r.) Rada Najwyższa ZSRR wydała dokument wcielający już formalnie ziemie zdobyte do państwa radzieckiego. Przeprowadzono spis ludności ( II - IV 1940 r.), a później wydano nowe dowody osobiste, bez których nie można było się poruszać (tzw. paszporytyzacja).
Najgorszy los spotkał polskich oficerów, wziętych do niewoli w czasie działań militarnych we wrześniu 1939 r. Zostali oni w roku następnym potajemnie wywiezieni i straceni w Kozielsku, Ostaszkowie i Starobielsku.. Działaczy politycznych, funkcjonariuszy policji, urzędników, właścicieli ziemskich, intelektualistów i wielu innych skazano na łagry. Rodziny osób aresztowanych także podzieliły los swoich bliskich., bowiem zostały deportowane w głąb Związku Radzieckiego.
W czerwcu 1941 r. wybucha wojna pomiędzy III Rzeszą a ZSRR. Władze radzieckie uciekając przez Niemcami na wschód, zamordowały tysiące więźniów polskich, osadzonych w sowieckich więzieniach. Tereny okupowane dotychczas przez Związek Radziecki zostały zajęte przez drugiego, niemieckiego okupanta.
W październiku 1939 r. przeprowadzono wybory, w wyniku których wybrano delegatów do zgromadzeń narodowych Zachodniej Ukrainy i Zachodniej Białorusi. Zgromadzenia te zwróciły się z prośbą do Rady Najwyższej w Moskwie o włączenie do ZSRR terenów Polski, zajętych przez wojska radzieckie. Moskiewska Rada Najwyższa włączyła część terytoriów do Białoruskiej, część do Ukraińskiej Republiki Rad. Mieszkańcom tych ziem nadano obywatelstwo radzieckie. Zlikwidowano polską administrację państwową i samorządową, język polski zastąpiono białoruskim, ukraińskim i rosyjskim. Treści nauczania i publikacje były zgodne z propagandą stalinowską.
Odmiennie potoczyły się losy Wileńszczyzny, która na mocy porozumienia litewsko-radzieckiego z 1939 r. została wcielona do Litwy. W 1940 r. znalazła się pod władzą radziecką, gdy ZSRR zajęła państwa bałtyckie.
Aresztowania
Masowe aresztowania na ziemiach polskich zajętych przez Armię Czerwoną objęły ok. 200 tys. oficerów i żołnierzy polskich nie zmobilizowanych we wrześniu, w tym: policjantów, żołnierzy Korpusu Ochrony Pogranicza, a także urzędników państwowych, wybitnych działaczy politycznych, ziemiaństwo, środowiska twórcze, osoby podejrzane o postawę antyradziecką. Część aresztowanych rozstrzelano, pozostałych wywieziono do łagrów.
W 1941 r. od 150 do 200 tys. mężczyzn zostało przymusowo wcielonych do Armii Czerwonej, a ok. 140 tys. osób zmuszono do pracy w przemyśle i kopalniach.
W październiku 1939 r. NKWD przystąpiło do spisu „wrogów ludu”. Spis ten obejmował wszystkich Polaków, którzy przed wojną pełnili funkcje państwowe, społeczne, należeli do jakiejkolwiek partii lub organizacji (nawet PCK). Wszyscy mieli być wywiezieni do łagrów lub osiedleni na Syberii (w czterech etapach). Pierwsza wielka deportacja odbyła się 9 II 1940 r. i objęła ok. 240 tys. osób. Wywożono całe rodziny: starców, kobiety, a nawet małe dzieci. Pozostawione mienie przejęły miejscowe komitety komunistyczne. 13 IV 1940 r. łącznie wywieziono ok. 320 tys. osób: kobiet i dzieci, zamożniejszych właścicieli ziemskich, służby dworskie oraz ludność z obszarów nadgranicznych (do Kazachstanu). Deportacja z lipca-sierpnia 1940 r. objęła 240 tys. osób, przede wszystkim uchodźców wojennych z zachodnich i centralnych ziem polskich. W czerwcu 1941 r. wywieziono łącznie 300 tys. osób: resztę uchodźców, wykwalifikowanych robotników i rzemieślników, kolejarzy, inteligencję zawodową i zamożniejszych gospodarzy. Na 26 VI 1941 r. planowano wielki wywóz ludności z Litwy. Przeszkodził temu wybuch wojny z Niemcami.
Około 20 oficerów polskich, m.in. zwolenników współpracy z ZSRR (ppłk. Zygmunt Berling), przewieziono pod Moskwę, gdzie opracowywali plan zorganizowania polskiej dywizji wchodzącej w skład Armii Czerwonej.