Spektrometrów mas używa się w szerokim zakresie badao, od powstania chemii jonów w fazie
gazowej do sprawdzania autentyczności dzieł sztuki. Spektrometry mas mogą byd zastosowane do
pomiaru wieku skał i szkieletów, identyfikacji zakazanych farmaceutyków zażywanych przez
sportowców lub podawanych koniom wyścigowym, do badao chemicznej topografii nowych
materiałów , ilościowego oznaczania śladowych składników w półprzewodnikach , do pomiaru mas
białek, jak również do szukania składników życia na innych planetach. Tak różnorodny zestaw
zastosowao wymaga wielu różnych typów spektrometrów mas oraz ciągłego rozwijania coraz to
nowszych konstrukcji. Niektóre spektrometry mas łatwo mieszczą się w bagażniku samochodowym,
podczas gdy inne zajmują cały pokój. Spektrometr mas najczęściej stosuje się w chemii i biochemii.
-----------------------------------------------
Zasada spektrometrii mas w analizie substancji organicznych w pierwszym etapie polega na
wytworzeniu jonów tej substancji, np. przez bombardowanie (jonizację) elektronami.
Tak utworzony jon molekularny ulega następnie fragmentacji na rodniki i kationy. Te dwie kategorie
jonów mają różne właściwości chemiczne. Każdy z pierwiastkowych jonów fragmentacyjnych może
ulegad dalszemu frakcjonowaniu.
W tej sposób otrzymane jony są następnie rozdzielane w zależności od ich masy i podlegają detekcji
proporcjonalnie do ich liczby. Otrzymane w ten sposób widmo masowe cząsteczki może byd
przedstawione w postaci tabeli lub grafu.
Jony dostarczają informacji o naturze i strukturze cząsteczki, z której powstały w wyniku rozpadu. W
widmie czystej substancji jon molekularny, o ile jest obecny, będzie ostatni. Odpowiada on więc
masie cząsteczkowej substancji.
Spektrometr mas w ogólnym zarysie składa się z następujących zespołów: układu wprowadzania
substancji do analizatora (może to byd np. chromatograf gazowy ), z
ródła jonów (do
przeprowadzenia substancji w jony ) jednego lub kilku analizatorów do rozdzielenia tak utworzonych
jonów, detektora do ich  zliczania i wreszcie systemu przetwarzania tak otrzymanych danych,
dostarczającego widmo masowe w wybranej formie.