Henryk Sienkiewicz jako pisarz historyczny był kontynuatorem tradycji, której początek dał angielski pisarz romantyczny, Walter Scott (powieści jego cechuje wyrazista, fikcyjna akcja przedstawiona na tle historycznym). Sienkiewicz dbał o realia historyczne, bardzo wysoko cenił dokument, jako podstawę fabuły. W Trylogii stapia elementy baśni i przygody z rzetelnie zarysowanym tłem historycznym. Działające w powieściach postaci należą zarówno do świata legendy i eposu, jak i do realnego świata historii. Swój obraz XVII - wiecznej przeszłoości Sienkiewicz tworzył z pietyzmem, gromadząc materiały, gruntownie poznając źródła z epoki oraz sądy historyków mu współczesnych. Kontynuując tradycje istniejących już powieści historycznych stosował w swych utworach dokumentarną zasadę wierności poznawczej oraz ideę "krzepienia serc".
W Potopie pisarz najsilniej uwypukla motyw walki z najeźdzcą. Zarysowuje też sytuację najdramatczniejszą: prawie cała Rzeczypospolita poddaje się władzy wroga. Sienkiewicz ukazuje dwa bieguny historii narodowej: bezwzględny upadek i powszechny zryw powstańczy, którego sygnałem staje się obrona Częstochowy.
Dla modelu Sienkiewiczowskiej powieści historycznej charakterystyczne jest przeplatanie się historii i fikcji, na losy państwa wpływają tu czyny fikcyjnych bohaterów. W sferze historycznej swej powieści Sienkiewicz umieścił najazd szwedzki. Materiał czerpał ze starannie opracowanych źródeł i dokumentów historycznych, ale poddał go swoiste selekcji. Na pierwszy plan wysunął te epizody, które stanowiły zwycięstwo militarne lub przynajmniej moralne, np. oblężenie i obrona Częstochowy, przy czym pisarz znacznie wyolbrzymił znaczenie tego wydarzenia.
Świat przedstawiony w Potopie określa batalistyka: bitwy, oblężenia, podchody wojsk, potyczki, klęski i zwycięstwa. Odtwarzając realny przebieg zdarzeń historycznych, w ich ukształtowaniu Sienkiewicz korzystał ze wzorów Iliady Homera, Jerozolimy wyzwolonej Tassa, Wojny Chocimskiej Potockiego oraz Pamiętników Paska.
W swej powieści autor przedstawił obraz sarmackiego świata szlacheckiego z jego obyczajami i światopoglądem. Bohaterowie Sienkiewicza są czynni, zdecydowani, w swym postępowaniu najczęściej kierują się emocjami. Często w ich postępkach i wypowiedziach ujawniają się ceny sprzeczne, skłócone ze sobą. Pozytywni bohaterowie Potopu (Kmicic, Wołodyjowski, Skrzetuski), charakteryzują się siła i sprawnością fizyczną, uświetnia ich poza tym heroizm moralny, wierność wobec obowiązku i honoru, zwycięstwo nad samym sobą, miłość ojczyzny. Bohaterowie negatywni w powieści Sienkiewicza często są również indywidualnościami, nieraz budzą u czytelnika współczucie.
Jedną z najciekawszych postaci w powieści jest Zagłoba. Dzięki swym fortelom przyrównany zostaje do Ulissesa, wciąż wplątuje się w przeróżne przygody, słuchamy, jak opowiada najbardziej nieprawdopodobne historie o swej odwadze i wielkich czynach. Ale jest Zagłoba również żarliwym patriotą, oddanym przyjacielem, a jego spryt i pomysłowość często ratują rycerzy z ciężkich opresji.
Postaci fikcyjne w Potopie odgrywają równie istotną rolę, jak bohaterowie historyczni. Na ostateczne losy bitew wpływają tu przede wszystkim Kmicic, Wołodyjowski oraz Zagoba - Wołodyjowski swym zmysłem organizatorskim i żołnierskim doświadczeniem, Kmicic odwagą i brawurą. Zagłoba zaś fortelami.
Głównym bohaterem powieści jest Andrzej Kmicic, którego poznajemy jako awanturnika dowodzącego grupą podobnych mu zabijaków. Choć początkowo sprzeniewierza się on królowi, nieświadomie dopuszczając się zdrady, gdy poznaje swój błąd, przeobraża się wewnętrznie. Pod zmienionym nazwiskiem, jako Babinicz, walczy ze Szwedami, staje się obrońcą klasztoru częstochowskiego, ratuje życie Janowi Kazimierzowi.
Jak w pozostałych częściach Trylogii, również w Potopie ważną rolę odgrywa wątek miłosny. Zakochany w Oleńce Kmicic najpierw próbuje porwać ukochaną wbrew jej woli, następnie, zrozumiawszy swoje błędy, postanawia zasłużyć na jej miłość służbą dla ojczyzny i króla. Chociaż poznajemy Kmicica jako zabijakę, awanturnika, jego postać od początku wzbudza sympatię. Mimo złych postępków - porwania Oleńki, zdrady ojczyzny (zresztą nieświadomej) - zwraca uwagę swą odwagą, uczciwością, szlachetnością. Jego dalsze czyny całkowicie przekreśliły zło, które czynił. Takie poprowadzenie perypetii bohatera, wpisane w jego los miłości kobiety zbliża Trylogię do walterskotowskiego typu powieści historycznej.
Z postaci historycznych Sienkiewicz wyróżnił kilkanaście i umieścił je w antagonistycznych obozach: Janusz i Bogusław Radziwiłłowie i Stefan Czarniecki, król Jan Kazimierz i król Szwedzki Karol Gustaw, przeor Augustyn Kordecki i gen.Miller.
W Potopie reprezentowane są wszystkie stany wchodzące w skład ówczesnej Rzeczypospolitej: król wraz z dworem złożonym z dostojników duchownych i świeckich; społeczność klasztoru jasnogórskiego; wielkie rody magnackie; szlachta od posesjonatów (ród Billewiczów) do chudopachołków (Kiemlicze); mieszczanie (Jacek Brzuchański); chłopi (Michałko). Są tu również przedstawiciele zawodowego wojska: szlachta-rycerze (Kmicic, Skrzetuski, Wołodyjowski).
Na cechy Potopu jako powieści historycznej składają się przed wszystkim dynamiczna konstrukcja czasoprzestrzennna, zmienność zdarzeń, plastyczność opisów, połączenie fikcyjnych zdarzeń z wątkami historycznymi. Wszystko to przyczynia się do jej popularności, czego dowodem jest nieustające zainteresowanie czytelnicze tą książką.