Lekoopornośc związana jest z pojawieniem się drobnoustrojów o innych cechach biochemicznych. Pojawiają się szczepy o odmiennych cechach fenotypowych. Lekoopornośc jest to utrata wrażliwości drobnoustroju na leki. Pojawiają się szczepy o nietypowych cechach fenotypowych. Drobnoustroje zapomniane lub nowe pojawiają się.

Mechanizmy lekooporności
1)Pompy komórkowe usuwają leki do środowiska zewnętrznego

2) Obniżenie aktywności enzymów przeprowadzających leki

3) Forma aktywna leku przechodzi w formę nieaktywną

4) Wytworzenie enzymu alternatywnego

5) Podniesienie stężenia metabolitów

6) Selekcja szczepów opornych

7) Tolerancja obecności antybiotyków

Geny oporności zlokalizowane są w ruchomym elemencie genetycznym, czyli w plazmidach i transpozonach.

Genomika – dziedzina biologii molekularnej i biologii teoretycznej, zajmująca się analizą genomu, pokrewna genetyce i bioinformatyce. Niezbędnym narzędziem jest sekwencjonowanie genomu. Umożliwia ona:

- mechanizmy patogenności

- drogi ewolucji

-rozwój biotechnologii

Poznanie genów wirulencji selekcja i wybór jako cel działania nowej generacji leków bądź składników nowych szczepionek.

Analiza pełnej informacji genetycznej warunkiem badań nad proteomem i integromem.

Genomika funkcjonalna – analiza genu pozwalająca na określenie procentu materiału genetycznego danego drobnoustroju zaangażowanego w konkretne procesy metaboliczne lub funkcje komórki.

Haemophilus influenzie – pierwszy zsekwencjonowany genom.

Co prawda sekwencjonowanie nie oznacza jeszcze określenia funkcji genu, ale jest cenną wskazówką, która pozwala racjonalnie planowac eksperymenty.

DNA Chipy – mik rozbiory fragmentów cząsteczek DNA unieruchomione na małych kawałkach plastiku.

Nowe metody w poszukiwaniu genów bakterii patogennych
IVET – In Vitro Expression Technnology

STM - Signature Tagged Mutagenesis

Horyzontalny transfer genów – inaczej lateralny transfer genów, przekazywanie materiału genetycznego z jednego organizmu do innego w wyniku koniugacji, transdukcji, bądź transformacji (transfekcji w wykładach, transformacja – poj. z książki)

Transdukcja – proces w którym przeniesienie materiału genetycznego od dawcy do biorcy zachodzi z udziałem bakteriofagów

Koniugacja – proces w którym w wyniku bezpośredniego kontaktu jedna komórka prokaryotyczna przekazuje innej materiał genetyczny, to je główna droga horyzontalnego transferu genów.

Transformacja (transfekcja) – przenoszenie materiału genetycznego występującego w środowisku w postaci wolnego DNA (pochodzącego z komórki dawcy) do komórki biorcy

W ewolucji genomów bakteryjnych wyróżniamy 3 główne siły napędowe

1)nagromadzenie mutacji punktowych

2) horyzontalny transfer genów

3) rearanżacja genomu

Wyspy patogenności – geny kodujące białka wazne w patogenezie. Wg książki to je wyspa genomowa, kodująca czynniki wirulencji uczestniczące w patogenezie.

PAI – pathogeneticity Island

Bloki genów przeniesione z komórek nawet niespokrewnionych (horyzontalny transfer genów), integracja do chromosomu, upodobnienie do genomu natywnego.

Amelioration

Wiele metod oceny wysp patogenności. Analiza składu nukleotydowego, używalności kodonów, itp.

Dowód na nabycie drogą horyzontalnego transferu genów.

Cechy wysp patogenności

1. Wielkośc – duże fragmenty DNA (+30kb)

2. Zawartośc genetyczna

3. Różne determinanty patogenności

4. Rozprzestrzenianie – obecne w szczepach patogennych, nieobecne w inszych

5. Skład nukleotydowy (?)

6. Odmienna zawartośc par GC

7. Niestabilnośc

8. Obecność sekwencji nukleotydów pierwotnej ruchliwości

9. Miejsce integracji w chromosomie – w rejonie genów t-RNA (nabycie transdukcją) lub przy sekwencjach LS