1. Jakie elementy sekwencji DNA są niezbędne do utworzenia chromosomu eukariota? 

Dna łącznikowe ???

2. Wzor komplementarnej pary zasad cytozyna-guanina 

3. Co to są transpozony i retrotranspozony. Wyjaśnić na przykładzie Elementu L i Sekwencji Alu.

1. Transpozon: segment DNA, który może się przemieszczać w chromosomie z jednego miejsca na drugie lub z jednego chromosomu na drugi w obrębie tej samej komórki. Ważne źródło zmienności genetycznej u większości organizmów.

2. Retrotranspozon: rodzaj transpozonu, tylko, że najpierw ulega transkrypcji na RNA, który następnie jest ponownie przetwarzany przez odwrotną transkryptazę do DNA wprowadzanej do genomu w innym miejscu.

Element L1:

• stanowi ok.. 15% całego genomu

• Większość kopii jest nieruchoma, ale część utrzymała zdolność do przemieszczania się

• Może wywoływać choroby, np. hemofilię, przez włączenie się do genu kodującego czynnik VIII odpowiedzialny za krzepliwość krwi

• Ulega tranpozycji w ten sposób, że najpierw jest przepisywany na RNA przez polimerazy RNA a następnie na pdst powstałego RNA, tworzona jest kopia DNA w czym uczestniczny transkryptaza

• Odwrotna transkrypaza jest kodowana przez element L1

Sekwencja Alu:

• Stanowi ok. 11% genomu

• Tylko niektóre jej sekwencje mogą być przepisywane na RNA

• Elementy Alu nie kodują odwrotnej transkryptazy

• Ich przemieszczenie zależy od enzymów już występujących w komórce

4. Jak przebiega podstawowa naprawa DNA?

1. Wycięcie uszkodzonego rejonu

2. Polimeraza DNA tworzy nowy odcinek uszkodzonej nici, wykorzystując nić prawidłową jako matrycę

3. Ligaza DNA łączy przerwę w naprawianej nici

5. W jaki sposób zachodzi selekcja kodonu startowego w procesie transkrypcji u bakterii?

• Cząsteczka polimerazy RNA po napotkaniu DNA asocjuje z nim

• Ruchem ślizgowym przesuwa się wzdłuż helisy DNA aż do odcinka zwanego miejscem promotorowym, z którym tworzy sillny kompleks

• Za rozpoznanie promotorowych sekwencji dna odpowiada podjednostka sigma

• Po silnym związaniu się polimerazy z promotorem i zsyntezowaniu przez nią krótkiego odcinka RNA, podjednostka sigma ulega uwolnieniu, co umożliwia przesuwanie się polimerazie od miejsca promotorowego dalej wzdłuż transkrybowanego odcinka DNA i wydłużenie łańcucha RNA aż do sygnału terminacji

• Po dotarciu do sygnału germinacji polimeraza RNA zostaje uwolniona, ponownie łączy się z wolną jednostną sigma i poszukuje nowego promotora

6. Czym różni się inicjacja transkrypcji u prokariota i eukariota?

• Bakterie dysponują jednym typem polimerazy RNA, komórki eukariotyczne mają ich trzy

• Polimeraza bakteryjna może inicjować transkrypcję bez pomocy dodatkowych białek, a transkrypcja u eukariontów wymaga ogólnych czynników transkrypcyjnych

• Białka regulatorowe genów (u eukariontów) mogą wpływać na inicjację transkrypcji nawet wtedy, gdy są związane z DNA leżącym w odległości kilku tysięcy par nukleotydów od promotora. Pozwala to na kontrolowanie promotora niemal nieograniczonej sekwencji regulatorowych. U bakterii promotor jest kontrolowany zazwyczaj przez jedną sekwencję regulatorową.

• Transkrypcja u eukariontów musi uwzględnić nawinięcie DNA na nukleosomy i bardziej zwarte formy struktury chromatyny.

7. Różnice między polimeraza DNA a RNA

• Polimeraza RNA katalizuje łączenie rybo nukleotydów, a nie deoksyrybonukleotydów

• Nie wymaga startera do zainicjowania nowych łańcuchów RNA

• Częściej popełnia błędy niż polimeraza DNA (DNA: 1 na 10^7 nukleotydów, RNA: 1 na 10^4 nukleotydów)

8. Reakcje etapow glikolizy w ktorych jest potrzebne ATP + odpowiednie enzymy

• Glukoza -------------- glukozo – 6 – fosforan (enzym heksokinaza)

• Fruktozo – 6 – fosforan --------- fruktozo – 1,6 – bifosforan (fosfofruktokinaza)

9. Wzór reakcji katalizowanej przez dehydrogenazę izocytrynianową.

10. Zysk netto jednego obrotu cyklu kwasu izocytrynianowego

8 nadh 2 fadh2 i 2 gtp ???

1. A-T narysować i uwzględnić wiązania wodorowe
2. Wymienić i omówić stopnie upakowania chromatyny
3. Białka, które pomagają widełkom replikacyjnym
4. Naryzuj deaminacja cytozyny
5. Kap i poliadenylacja. omówić i po co są
6. aminoacylo-tRNA schemat (nie pamiętam o co chodziło dokładnie
7. Omów działanie operonu lac
8. Reakcje glikolizy, w którym wydzelane jest ATP, napisać wzory oraz podać enzymy, które te reakcje katalizują
9. Reakcja cyklu Krebsa w którym enzymem jest byrsztynylo-CoA
10. Jaki jest wynik netto glikolizy