Na obszarze puszczy (planowany Park Krajobrazowy Puszczy Napiwodzko-Ramuckiej) znajduje się 11 rezerwatów przyrody:

• Rezerwat przyrody Bagno Nadrowskie (52,0 ha),

• Rezerwat przyrody Dęby Napiwodzkie (37,1 ha),

• Rezerwat przyrody Galwica (95,1 ha),

• Rezerwat przyrody Jezioro Kośno (1248,8 ha),

• Rezerwat przyrody Jezioro Orłowo Małe (4,0 ha),

• Rezerwat przyrody Koniuszanka I (20,0 ha),

• Rezerwat przyrody Koniuszanka II (64,5 ha),

• Rezerwat przyrody Las Warmiński (1815,9 ha),

• Rezerwat przyrody Małga (147,1 ha),

• Rezerwat przyrody Sołtysek (10,0 ha),

• Rezerwat przyrody Źródła Rzeki Łyny im. prof. Romana Kobendzy (121,0 ha).

Puszcza jest objęta jest Obszarem Chronionego Krajobrazu, ponadto znajduje się tu użytek ekologiczny: Obiekt Stawowy Tylkowo (192,3 ha). Ze względu, że puszcza jest ostoją ptaków o randze europejskiej została objęta Obszarem Natura 2000