PLAZMIDY – autonomiczne, pozachromosomowe

elementy genetyczne (u bakt.i archeonów, cz.euk).

Są odrębne od chromosomu gospodarza;

nie są bezwzględnie potrzebne do życia kom,

ale zwiększają zasób inf.genet.gospodarza.

- większość prokariotycznych PLA stanowią

2niciowe koliste cząstki DNA (cccDNA);

super helisa po usunięciu(UJEMNA) lub

+superskręcenia przed zamknięciem koła.

RELAXACJA po nacięciu 1 nici (ocDNA).

PLA liniowe tylko z B.terminalnymi TP przy 5’

(ochrona przed atakiem 5’egzonukleaz).

Mogą powstać spinki do włosów.

+końcowe odwrócone powtórzenia TIR.

1. Wielkość (1-2000 kpz); mapa restrykcyjna

(unikatowy opis do pracy przy PLA);

licz.kopii (liczba cząsteczek plazmidu przypadająca

na 1 ekwiwalent chromosomu w kom.);

zakres gospodarzy(Funkcjonalność: NHR-wąski

zakres gospodarza)(BHR-szeroki); zdolność do

transferu koniugacyjnego; kodowane cechy

fenotypowe(odporn.bakt. na antybiotyki,

chemioterapeutyki, sole met.cięż., zdolność

bakt.do katabolicznej degrad.zw.toxycz.)

A/ Cząsteczki liniowe DNA migrują w żelu

z V odwrotnie proporcj. do Log10 z ich M cząstecz.

B/ Im ^STĘŻ agarozy w żelu tym wolniej

migruje DNA (zależność liniowa).

C/ Bromek etydyny: spowalnia migrację cccDNA

wraz ze wzrostem C% do momentu krytycznego,

po czym przyśpiesza (ponowne skręcanie się

w superhelisy ale w drugą str)

D/ Najlepiej natężenie <5 V/Em

E/ Buf: TAE Tri-octanowy; TBE-Tris-Boranowy;

TPE – Tris-Fosforanowy; Alkaliczny (NaOH+EDTA)

F/ Buf do studzienek (wzrost ciężkości próbek

i umiejscow. w studzienkach; zabarwienie-śledzenie)