zespół niestabilności chromosomowej

Dziedziczna predyspozycja do nowotworów związana z mutacją w obrębie genów kodujących białka, biorące udział w procesach naprawy DNA.

-para z 2 poronieniami w wywiadzie. u matki kobiety tez wystepowaly poronienia-porad i dalsza diagnostyke
-ciezarna 42 lata i 14 tydz ciazy.zaproponuj diagnostyke
-kariotyp 46,XY ale fenotyp kobiety-jak to mozliwe tzn podloza genetyczne + jak to zdiagnozowac
-chlopiec z uposledzeniem umyslowym, FISH-mut w SNRPN, ojciec tez nosiciel tej mutacji-jakie jest prawdopodobienstwo wyst tej choroby u kolejnego potomstwa
-western blot

metoda stosowana w biologii molekularnej, służąca do wykrywania określonych białek. Rozdziela białka za pomocą elektroforezy w żelu. Później białka są przenoszone na membranę. Obecność odpowiednich białek jest sprawdzana przez przyłączenie przeciwciał związanych ze znacznikiem (metoda bezpośrednia) lub dwóch rodzajów przeciwciał - nieznakowanego, przeciwko wykrywanemu białku (przeciwciała pierwszorzędowe) oraz znakowanego, przeciwko danemu izotypowi immunoglobulin (przeciwciała drugorzędowe; metoda pośrednia).

-fenyloketonuria-podloze molekularne i diagnostyka

Mutacja w obrębie genu PAH- kodującego hydroksylazęfenyloalaninową zlokalizowanego na ramieniu długim chromosomu 12 (12q23.2)

Diagnostyka:

Ilościowe oznaczenie fenyloalaniny i tyrozyny w surowicy krwi
Ilościowe oznaczenie aktywności aktywności reduktazy dwuhydropterydynowej???
Ilościowe oznaczenie biopteryny i neopteryny w moczu???

FISH?

-teoria knudsona

hipoteza dwóch uderzeń. Do rozwoju nowotworu potrzebna jest mutacja w obu kopiach (allelach) genów odpowiedzialnych za regulację tempa podziałów komórkowych występujących w genomie danej komórki.

-jakie sa ograniczenia do przeprowadzenia przesiewowych bad biochemicznych

Wiek matki powyżej 42 lat
ciąża mnoga
procedury wspomaganego rozrodu
wyjściowo średnie lub wysokie ryzyko aneuploidii???

aberacje liczbowe lub strukturalne u rodziców??

-czy mozna zdiagnozowac Downa przy pomocy testu potrojnego?zaleznosc wiek/czulosc/swoistość

Nie, jedynie określić ryzyko wystąpienia
Z wiekiem rośnie czułość, maleje swoistość
-mut translokacjna u dziecka - co dalej robisz
-dziecko z z. Downa, rodzice-matka 40 lat ojciec -42. okresl prawdopodobienstwo ur kolejnego dziecka z tym zespolem
-46,XX mężczyzna.podloze genetyczne + diagnostyka
-49,XXXXX- ile cialek Barra
-dziecko z obrzekiem karku i atrezja dwunastnicy-jakie tech diagnostyki prenatalnej beda najoodpowiedniejsze
-analiza posrednia/bezposrednia

Analiza bezpośrednia- oparta na poszukiwaniu konkretnej mutacji, pozwala na weryfikację diagnozy, wymaga znajomości przynajmnniej genu odpowiedzialnego za wystąpienie choroby

Analiza pośrednia- bada się sposób dziedziczenia w rodzinie markera genetycznego sprzężonego z chorobą. Nie weryfikuje rozpoznania- jest ono jego założeniem a priori, wymaga badania całej rodziny, obciążony blędem wynikającym z rekombinacji DNA.

-choroby metaboliczne rec sprzeż z chr X + jak sie dziedzicza

zespół Lesha-Nyhana
choroba Huntera
choroby dziedziczone recesywnie, sprzężone z chromosomem X-

wszystkie córki chorego mężczyzny będą nosicielkai choroby, wszyscy synowie zdrowi.
połowa synów kobiety nosicielki będzie chora, połowa córek będzie nosicielkami.
-sekwencje powtarzajace sie i na czym polega ich diagnostyka

sekwencje powtarzające się tandemowo
DNA satelitarny
DNA minisatelitarny
DNA mikrosatelitarny
powtórzenia rozproszone w genomie
elementy LTR
sekwencje LINE
sekwencje SINE
transpozony DNA

w diagnostyce wykorzystywane głównie sekwencje mini- i mikrosatelitarne, wykorzystywane do analizy dziedziczenia chorób w rodzinie, ustalaniu pokrewieństwa, zygotyczności bliźniąt, ustalaniu ojcostwa, w kryminalistyce

RFLP, SSLP

-kod genetyczny zdegenerowany

niektóre aminokwasy są zakodowane przez więcej niż jedną trójkę nukleotydów, inaczej mówiąc kilka różnych kodonów koduje ten sam aminokwas.

-mut translokacyjne

mutacja polegająca na przemieszczeniu fragmentu chromosomu w inne miejsce tego samego lub innego chromosomu.

* Translokacja wzajemna: dwa chromosomy wymieniają między sobą odcinki.

* Translokacja robertsonowska: łącza się całe lub prawie całe ramiona długie chromosomów akrocentrycznych. Miejscem połączenia jest rejon centromeru. Dochodzi do utraty ramion krótkich.

* W translokacjach zrównoważonych nie zmienia się ilość materiału genetycznego,.

* W translokacji niezrównoważonej zmienia się ilość materiału genetycznego w komórce

1.rodzaje sekwencji w genomie, co to jest allel, gen, replikacja, translacja, transkrypcja, rodzaje mutacji,
2.wykorzystanie techniki M-FISH z podaniem konkretnych przykładów,

Diagnostyka translokacji chromosomowych (niepowodzenia rozrodu zrównoważona translokacja (3,11)), , chromosomów markerowych(genotyp 47,XY,+mar, cechy dysmorfii i opóźnienia rozwoju, DA/DAPI (-)), określanie punktów złamań chromosomowych
3.dlaczego przy wykryciu chromosomu markerowego pochodzącego z ch X lub Y jest konieczne określenie z którego dokładnie (dysgerminoma i gonadoblastoma)
4.jakie jest prawdopodobieństwo wystąpienia choroby u kolejnego potomstwa rodziców dziecka u którego wykryto mutację w obrębie genu PWACR,
5.testy przesiewowe w diagnostyce obecności otwartej wady układu nerwowego + metody oznaczania

Oznaczanie poziomu alfafetoproteiny w surowicy matki (II trymestr)i porównanie z normami populacyjnymi
USG (zwiększenie odległości między wyrostkami poprzecznymi kręgów, objaw cytryny, objaw banana, objaw żabich oczu, objaw myszki mickey)

6. mukowiscydoza - defekt molekularny i diagnostyka

Mutacja w genie CFTR 7q31.3
najczęstsze delF508
del2,3- analiza wielkości produktu PCR
mutacja 3849 analiza fragmentów restrykcyjnych

INNO-LIPA CF2

Oznaczanie poziomu jonów sodu i chlorków w pocie
7. pseudomozaikowośc i mozaikowość
8. technika mikromacierzy i na czym polega jej wyższość nad innymi technikami
Niewielkie płytki, na które naniesiono kilka tysięcy sond, z których każda jest specyficzna tylko dla jednego genu. Badane DNA zostaje wyznakowane fluorescencyjnie i naniesione na płytkę, dochodzi do hybrydyzacji. Płytka jest oglądana w mikroskopie fluorescencyjnym, lokalizowane są miejsca hybrydyzacji.
Pozwala na analizę praktycznie całego genomu w jednym eksperymencie- szybsza i precyzyjniejsza diagnostyka chorób.
9. w którym hbd wykonuje się inwazyjne metody diagnostyki prenatalnej

Biopsja kosmówki 11-14 hbd
Amniopunkcja (15) 16- 18 (20) hbd

10. mutacje w jakich genach występują w nowotworzeniu podać konkretne przykłady.
protoonkogeny
C-ERB B1 rak sutka, płuca glejaki
C-ERB B2 rak sutka
C-HA-RAS rak pęcherza
C-KI-RAS rak płuca, trzustki, jelita grubego
BCL-2 chłoniaki
geny supresorowe
BRCA1 rak sutka, jajnika
BRCA2 rak sutka
TP53 nowotwory mózgu, płuca, krtani, pęcherza moczowego
RB1 białkówczak? mięsaki
geny mutatorowe
1. Niepełna penetracja mutacji - co to, podać przykład i namalować przykładowy rodowód.

BRCA1, choroba Hirschsprunga, syndaktylia
2. Metody służące do oceny ekspresji genów, opisać jedną.
Northern blot
Western blot?
metoda protekcji nukleazą
hybrydyzacja dot/slot blot
RT-PCR- reverse transcriptase Real Time PCR

3. Jaki materiał pobieramy w diagnostyce prenatalnej i postnatalnej.

Prenatalna kom trofoblast lub płynu owodniowego
wolne komórki płodowe w surowicy matki
wolne DNA płodowe w surowicy matki

Postnatalna dowolne komórki jądrzaste, zwykle limfocyty krwi obwodowej, Ew fibroblasty
4. Porównać RLFP i SSCM.
5. Markery biochemiczne otwartych wad OUN z płynu owodniowego, metody badania.
AFP- metoda immunoelektroforezy rakietowej wg Laurell’a
oznaczanie aktywności acetylocholin esterazy metoda Fast-red, dodatkowo w celu rozróżnienia AChE od ChE stosuje się inhibitory- etopropazynę- inh ChE, BW- inh AChE, eseryna inh obu
ilościowa metoda oznaczania aktywności AChE- metoda Ellman’a (spektrofotometrycznie)
6. Opisać RT-PCR
rt-PCR – reverse transcriptase PCR

RT-PCR Real Time PCR – PCR w czasie rzeczywistym

Na matrycy RNA przy pomocy odwrotnej transkryptazy syntezowana jest komplementarna nić DNA (cDNA)
W technice tej mierzony jest przyrost produktów w czasie trwania reakcji poprzez pomiar fluorescencji znaczników (np.SYBR Green). Wyznacznikiem początkowej ilości matrycy jest liczba cykli CT, po której kinetyka reakcji wchodzi w fazę logarytmicznego wzrostu.

7. Jak zbadać czystość próbki DNA.
1. Sekwencje powtórzone w genomie - rodzaje oraz ich zastosowanie
kliniczne.
2. Podejścia metodyczne w diagnostyce chorób genetycznych - rodzaje i
zastosowanie.
3. Mutacje missesns, nonsens i zmiany ramki odczytu - opisać i ich
efekty.
4. Choroby metaboliczne sprzężona z chromosomem X, - przykłady, opis
sposobu dziedziczenia.
5. Kod zdegenerowany.
6. Chipy - rodzaje i zastosowanie.
* mikromacierze oligonukleotydowe -na płytce naniesione są krótkie, na ogół 25-70 nukleotydowe sekwencje sond,
* mikromacierze cDNA - sondy znacznie dłuższe, zazwyczaj odpowiadające pełnym sekwencjom mRNA (co w praktyce oznacza zazwyczaj kompletną sekwencje wariantu genu, lub sekwencję EST).
zastosowanie:
szybsza i precyzyjniejsza diagnostyka wielu chorób
lepsze poznanie ich etiologii i mechanizmu molekularnego
trafny dobór odpowiedniej terapii
Przykłady:
przewidywanie oporności na chemioterapeutyki
poszukiwanie markerów predykcyjnych w raku piersi
klasyfikacja białaczek oparta na markerach molekularnych

7. Inwersje chromosomowe - kiedy, jak i jakie znaczenie kliniczne.

Odwrócenie fragmentu chromatyny między dwoma punktami złamań w chromosomie
punkty złamań w 1 ramieniu- paracentryczna
w 2 ramionach (obejmuje centromer)- pericentryczna
obecność inwersji zakłóca łączenie się w pary chromosomów homologicznych podczas mejozy. Usposabia do powstawania po podziale chromosomów delecji, duplikacji,dicentrycznych, centrycznych- tworzenia nieprawidłowych gamet


8. Polimorfizm cytogenetyczny i jego zastosowanie kliniczne.
różnice w długościach sekwencji heterochromatyny?

9. Kariotyp 46, XX, 9ph. W badaniu molekularnym stwierdzono mutację
genu MECP2 na chromosomie X. Jaki będzie fenotyp?
10. Wskazania do wykonania kariotypu.
MCA
MR
Zaburzenia różnicowania płci
niepowodzenia rozrodu
choroby rozrostowe krwi
anemia Fanconi’ego
1) ery biochemiczne uszkodzeń OUN. Jak je sie bada?
2) Opisz metodę mikromacierzy. Jaka jest jej zaleta nad innymi wadami.
3) Mutacje w jakich genach prowadzą najcześćniej do nowotworoów? Podaj przykłady
4) Sekwencje genomu. Gen, allel,
kod genetyczny (zasada, reguła, według której informacja genetyczna, zawarta w sekwencji nukleotydów kwasu nukleinowego (DNA lub RNA), w komórkach wszystkich organizmów może ulegać "tłumaczeniu" na kolejność (sekwencję) aminokwasów w ich białkach), transkrypcja (proces syntezy RNA na matrycy DNA),
translacja(proces syntezy łańcucha polipeptydowego białek na matrycy mRNA),

Replikacja(powielanie materiału genetycznego),
rodzeje mutacji
genowe, punktowe?
transkrypcyjne (promotora)
translacyjne (missens, nonsens, ramki odczytu)
w obszarach regulacyjnych genów (mutacje RNA- miejsc cięcia, w miejscach donorowych lub akceptorowych)
mutacje dynamiczne
5) Podłoże molekularne mukowiscydozy. Jak ją diagnozujemy?
Dwa podejścia metodyczne w cytogenetyce


mutacje punktowe- związane ze zmianą pojedynczego nukleotydu
delecje, insercje, tranzycie, transwersje
kod zdegenerowany, co to jest


Badania przesiewowe mutacji
SSCP (badanie sekwencji jednoniciowego DNA), HE (analiza heterodupleksów), CMC (chemiczne rozszczepienie niesparowań hetero dupleksów), DGGE (denaturująca wysokosprawna chromatografia cieczowa), DHPLC (elektroforeza w żelach z dodatkiem czynnika denaturującego)

Chipy DNA, rodzaje, różnice, kiedy stosoujemy który

Co to jest NT, w którym tyg się mierzy NT, o czym świadczy
NT- przezierność karkowa, obraz ultrasonograficzny odpowiadający podskórnemu nagromadzeniu się płynu w okolicy karkowej płodu w I trymestrze ciąży
11,0-13,6 hbd; zwiększona NT- objaw aberacji chromosomowych, licznych nieprawidłowości rozwojowych u płodu, zespołów genetycznych

I prawo Mendla (czystości gamet) z pary alleli do komórek rozrodczych (gamet) przechodzi tylko 1 allel, a prawdopodobieństwa połączenia się różnych gamet w procesie zapłodnienia są równe
II prawo Mendla ( niezależnej segregacji) Geny leżące w różnych grupach sprzężeń przechodzą do komórek rozrodczych niezależnie.

dr Helszer
-metody bezposredniej analizy DNA i opisać jedną z nich
RFLP, PCR, ASO, FISH?, techniki hybrydyzacji, SSCP, DGGE, DHPLC, sekwencjonowanie

-wymień 2 główne podejścia metodologidzne poradnictwa genetycznego i
opisz

-rodzaje mutacji
-diagnostyka i podłoże molekularne Fenyloketonurii
-co to są mikromacierze i dlaczego są takie fajne ;)

dr Constantinue
-etiopatogeneza zespołu Downa
aberacje liczbowe
(90%) 47,XX (XY), +21 (wiek matki, ponad 90% non dysjunkcja w I podziale mejotycznym)
(5%) kariotyp mozaikowy 46, XX (XY)/ 47, XX (XY), +21
abberacje strukturalne
(4%) translokacje robertsonowskie najczęstsze der(13q;21q); der(14q;21q); der(21q;21q)
duplikacje 21q22 (region krytyczny)

-chłopiec XX jakim cudem
-kobieta w 20hbd z dzieckiem z zespołem downa w wywiadzie z
poprzedniej ciąży jakie badania i dlaczego
-wykrywanie dystrofii mięśniowej DMD i BMD

• poszukiwanie delecji i duplikacji w genie dystrofiny u chorych chłopców w celu weryfikacji diagnozy klinicznej (met. Hybrydyzacji wg.Southerna z zastosowaniem sond cDNA

• poszukiwanie delecji w genie dystrofiny metodą PCR multipleks z zastosowaniem 25 par starterów

• ustalenie nosicielstwa uszkodzonego genu dystrofiny poprzez śledzenie dziedziczenia się sekwencji polimorficznych

• diagnostyka prenatalna w rodzinach dotkniętych DMD/BMD
  ustalenie płci płotu met PCRamel, u płodów płci męskiej poszukiwanie wykrytej wcześniej u chorych członków rodziny mutacji lub śledzenie dziedziczenia się zmutowanego allelu

substraty reakcji PCR i opisac je,

chor metaboliczne
dziedziczone recesywnie wymienic i opisac dziedziczenie recesywne,

fenyloketonuria, alkaptonuria, zespół Lesha-Nyhana (sprzęż z X!!!), galaktozemia, mukopolisacharydoza typu I (choroba Hurler), mukopolisacharydoza typu II (choroba Huntera) sprzęż z X!!!, mukowiscydoza

omowic sekwencje powtarzajace sie i do czego sie je wykorzystuje,
mutacje missens nonsens i ramki omowic, strategie diagnostyczne -to od
pani H.; pani C. :kiedy wykrywamy translokacje i jakie są,
test potrójny i co oznacza wynik fałszywie dodatni i ujemny i czy czynniki
wplywajace na zmiane stez markerow biochem testu moga wplywac na
powstanie wynikow fałsz dodat i ujemnych,
i 3 pyt kliniczne nie
pamietam dobrze 1 dotyczylo dziewczynki z 46XY jakie badania i czym to
spowodowane moze byc,
2zesp Downa kariotypy i
2 PW tez czym sie wykrywa

PWS/ AS diagnostyka
FISH
Southern hybrydyzacja
analiza wzoru metyzacji
analiza mikrosatelitarna

Pośrednia analiza DNA
RFLP, badanie polimorfizmu mikrosatelitów, analiza metylacji