TWÓJ BIOTECHNOLOG https://www.facebook.com/twoj.biotechnolog

1) Jeden z etapów doświadczenia, którego celem jest nokaut mysiego genu, prowadzi do selekcji komórek macierzystych, które są:

a) oporne na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

b) wrażliwe na działanie antybiotyku G418 i oporne na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

c) oporne na działanie antybiotyku G418 i wrażliwe na działanie związku chemicznego noszącego nazwę gancyklowir

d) homozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi

e) heterozygotyczne względem genu poddawanemu nokautowi

2) Rysunek wektora (Shuttle Victor)- co jest charakterystyczne tylko dla drożdży?

a)ORI

b)amp (r)

c)URA3

d)ARS

e) polilinker

3) Jaka może być maksymalna długość insertu, który można wklonować do kosmidu?

a) 8kb

b) 40kb

c) 150kb

d) 23 kb

e) 20 kb

f)

4) Rysunek prążków po trawieniu EcoRV i elektroforezie w żelu agarozowym w obecności bromku etydyny:

a) krótsze fragmenty wędrują wolniej

b) dłuższe fragmenty wędrują szybciej

c) fragment DNA miał w sumie 58,502kb

d) bromek etydyny przyłącza się kowalencyjnie do cząsteczek DNA

e) jest 5 miejsc restrykcyjnych, które mogą być trawione przez EcoRV

5) Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji?

a) nokaut genu

b) nokaut genu z systemem rekombinacji LOP-Cre

c) interferencja RNA

d) nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego

e) nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego

6) Co jest wykorzystywane w kluczowym etapie w technice RACE?

a) oligo (T)- nie ( poprawne : oligo dT)

b)odwrotna transkryptaza

c) DTP -nie, ale dNTP tak

d) fragment Klenowa polimerazy DNA I (nie bo polimeraza Taq)

e) sekwencja komplementarna do odcinka startera

7) Cechy charakterystyczne dla ligazy:

a) syntetyzuje DNA na matrycy RNA

b) potrzebuje ATP lub NAD+ - a dlaczego to nie jest prawdą ? ja bym obstawiała przy B. tylko ATP - w zależnośc od organizmu, tego lub tego, więc prawda

c) z taką samą efektywnością łączy końce lepkie, jak i tępe (lepkie lepiej!!)

d) tworzy wiązanie pomiędzy grupa 5’-OH a 3’-fosforanową

e) żadna z powyższych

8) Jakie czynniki są użyteczne w technice Sangera?

a) dNTP

b) 2’3’- dideoksynukleotydy wszystkich 4 nukleotydów

c) 2’3’- dideoksynukleotyd jednego z 4 nukleotydów

d) trifosforany nukleozydów chodzi o dNTP? nie ! a wtedy nie byłonby deoksynukleozydów?bylo by

e) 2’,5’- dideoksy analogi

f)

9) Haploidalny szczep Neurospora jest transgeniczna pod względem genu lucyferazy. Nie występuje w szczepie dzikim. Został transgeniczny szczep skrzyżowany ze szczepem typu dzikiego a powstałe askospory poddano analizie . Zakładając, że PCR przeprowadzono w sposób optymalny można przepuszczać, że udział askospor, dla których zidentyfikowano specyficzny produkt wynosi:

a) 0%

b) 25%

c) 50 %

d) 75%

e) 100 %

10) Mamy opisany eksperyment restrykcji jakiegoś faga. Najpierw 14ul DNA w probówce. Do tego dodajemy kolejno: 2ul buforu i 2 ul roztworu z enzymem. Skoro optymalne stężenie NaCl dla enzymu to 100mM to jakie było wyjściowe stężenie tej soli dodawanym buforze?

a) 200mM

b) 1000mM

c) 50mM

d) 500mM

e) trudno powiedzieć bo za mało informacji

11) Enzym restrykcyjny ClaI rozpoznaje sekwencje AT- CGAT i trawi wiązanie fosfodiestrowe pomiędzy resztami T i C. Enzym restrykcyjny TaqI rozpoznaje sekwencje T- CGA:

a) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w części komplementarne

b) fragmenty powstałe po trawieniu enzymami są w całości komplementarne

c) ClaI i TaqI są izoschizomerami

d) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione ClaI

e) dowolne fragmenty powstałe po trawieniu ClaI i TaqI mogą być ligowane i następnie trawione TaqI

12) Wektor plazmidowy poddano linearyzacji enzymem EcoRI został użyty do ligacji z DNA powstałym w wyniku hybrydyzacji dwóch syntetycznych oligonukleotydów. Syntetyczny dsDNA został tak zaprojektowany, że posiada końce identyczne z końcami wektora EcoRI. Mieszaninę poligacyjną poddano transformacji komórki bakteryjne i wylano je na podłoże zawierające odpowiedni dla wektora antybiotyk. Które ze stwierdzeń jest nieprawdziwe?

a) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające wektor pozbawiony insertu

b) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające rekombinowany wektor z wbudowanym jednym fragmentem

c) wśród powstałych klonów można było zaobserwować klony zawierające wektor z wbudowanymi kilkoma fragmentami

d) ligacji jednego fragmentu i cząsteczki wektora towarzyszy powstanie czterech wiązań fosfodiestrowych

e) ligacji jednego fragmentu i cząsteczki wektora towarzyszy powstanie dwóch wiązań fosfodiestrowych

A TU CZASAMI NIE BĘDZIE TYLKO ODP. E? Jeżeli syntetyczne oligonukleotydy na 5’ końcu mają P, to przecież wtedy będą tworzone 4 wiązania fosfodiestrowe. Dlatego ja bym powiedziała, że poprawna jest d, czyli zaznaczyłabym e (bo pytanie o nieprawdziwe stwierdzenie) ale wektor wczesniej poddano linearyzacji! więc tylko w jednym miejscu wektor łączy się się z oligonukleotydami, więc są 2 wiązania.. jeżeli byłaby kolista cząsteczke, to wtedy byłyby 4 wiązania (wektor--oligonukleotydy--wektor).

Dlaczego odpowiedź C jest prawiadłowa ? Przecież identyfikacja rekombinatów polega na tym, że nie wyrastają one na podłożu z antybiotykiem, bo mają insert inaktywujący gen warunkujący odporność na ten antybiotyk. Dlatego odp A wydaje się prawidłowa.

13) Przy pomocy techniki primer extension można mapować 5’ koniec transkryptu. W tym celu można też posłużyć się techniką wykorzystującą nukleazę S1. Która z podanych informacji jest nieprawdziwa dla pierwszej z wymienionych technik?

a) denaturacja DNA i elektroforeza

b) hybrydyzacja

c) wariant tej techniki można wykorzystać do mapowania 3’końca

d) użycie rekombinowanego enzymu odwrotnej transkryptazy

e)

14) Do czego można użyć techniki PCR?

a) bezpośredniego powielenia fragmentu RNA, jeżeli znamy sekwencje sąsiadujące z tym fragmentem (str. 161, reverse transcriptase PCR)

b) przygotowania sondy DNA do przeszukania biblioteki cDNA (str. 154)

c) bezpośredniej izolacji (powielenia) fragmentu genu prokariotycznego

d) przygotowania, która posłuży analizy polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych (RFLP)

e) Przeprowadzenia wszystkich eksperymentów, wymienionych w punktach A), B), C) i D)

Ja już zgłupiałam. Jeśli chodzi o pkt a. to my nie powielamy chyba RNA, tylko je w pierwszym kroku ‘konwertujemy’ w cDNA - tak

15) Było podane 5 enzymów restrykcyjnych. Wskazać, które mogą być użyte, żeby otrzymać lepkie końce? str 53 gene cloning jest tabelka

a) EcoRI ja bym dała to :D

b) Bg/II

c) PstII

d) jakiś enzym trawiący sekwencję CCC-GGG i dający końce tępe

e) HindIII

16) Co jest nieprawdziwe dla faga lambda?

a) do wektora jego pochodnej można wklonować insert o długości 53kb - nieprawda

b) po jego replikacji w komórce gospodarza powoduje lizę komórki -prawda

c) pochodne faga lambda mogą służyć do klonowania cDNA i DNA genomowego

d) większość pochodnych faga lambda jest pozbawiona insertu odpowiedzialnego za lizę komórki gospodarza PRAWDA

e) pochodne faga lambda mają inserty, które umożliwiają mu wbudowywanie się do komórki - nieprawda

17) Rysunek wektora pGEM i wskazać cechy prawdziwe :

a) jest kosmidem

b) ma gen markerowy do ekspresji genu w organizmie drożdżowym

c) może być użyty do otrzymywania ssDNA

d) może być użyty do badania aktywności promotorów eukariotycznych w komórkach prokariotycznych

e) do otrzymania dsRNA ????????? transkrypcja in vitro nie sluzy do otrzymania ssRNA-mRNA

18) Po PCR otrzymujemy fragment zawierający AAA na 3’ końcu. Czego należy użyć, aby w 1 etapie otrzymać DNA o końcach tępych i wbudować do wektora, którego końce zaopatrzone są w sekwencję złożoną z TTT?

a) terminalna transferaza

b) dTTP

c) odwrotna transkryptaza

d) polimeraza Taq

e) polimeraza Vent nie wiem skad to wzięte...:(

f) dideoksy TTP

19) Czym możemy znakować 5’ koniec produktu otrzymanego po PCR?

a) [α 32P]dATP

b) [γ 32P]ATP ?? tak

c) dGTP znakowany w pozycji α

d) [γ 32P]dATP

e) [α 32P]ATP

20) Po trawieniu nukleazą S1 i enzymem Bal31 otrzymujemy jakiś fragment. Wskazać jaka musi być sekwencja – sekwencja jako taka nie jest istotna, trzeba wiedzieć tylko, że fragment wyjściowy przed trawieniem nukleazą S1 posiada końce lepkie, natomiast po trawieniu nukleazą S1 otrzymamy produkt z końcami lepkimi (pomyłka ??????). Natomiast użycie enzymu Bal31 nie zmieni charakteru tego produktu, bo enzym ten zdolny jest do odtrawiania końcowych nukleotydów na obu końcach w dwuniciowym DNA, jest to endonukleaza o pozornych właściwościach egzonukleazy.

Odp: fragment z końcami tępymi

21) Pojedyncza mieszanina reakcyjna stosowana w thermal cycle sequencing musi zawierać:

a) dNTP

b) trifosforany rybonukleozydów

c) 2’,3’-dideokswyanalogi czterech nukleotydów

d) 2’,3’-dideoksyanalog jednego z czterech nukleotydów

e) fragment Klenowa ??? o tym nic nie ma w artykule, natomiast piszą że potrzebna jest polimeraza Taq albo Vent (termostabilna)

http://www.springerlink.com/content/h524431u77025t71/#section=87365&page=1&locus=23 ja mam w notatkach z wykładu, że fragment Klenowa ma zbyt małą procesywność i że używa się sekwenazy (modyfikowanego enzymu)

22) Ktore z podanych niżej związków mogą być wykorzystane do znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu kinazy polinukleotydowej:

A) dATP, znakowany 32P w pozycji γ (gama)

B) ATP , znakowany w pozycji α (alfa)

C) dGTP , znakowany w pozycji α lub γ (alfa lub gama- obojętnie)

D) [γ(gama)-32P]-ATP

E) [α(alfa)-32P]-dATP

23) Pożywka M9 :

a)Zawiera składniki tylko nieorganiczne

b)Zawiera składniki tylko organiczne

c)Ściśle zdefiniowana

d)Po dodaniu glukozy otrzymamy pożywkę LB

e)Zawiera ampicylinę

24) W celu otrzymania preparatu DNA plazmidowego z kom. bakteryjnej dodano NaOH w takiej ilości, iż wartość pH wynosila ok. 12,35. Które z opisow sa prawdziwe:

A) w tych warunkach caly ds. DNA jaki znajdował się w komórce uległ dysocjacji do pojedynczej nici

B)w tych warunkach dysocjacji do pojedynczych nici uległy fragmenty DNA które sa w formie superzwiniętej

C) w tych warunkach wszystkie koliste czasteczki uległy dysocjacji

D) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany denaturowany DNA plazmidowy może być latwo oddzielony od DNA

E) po zakwaszeniu do pH ok. 7,0 tak przygotowany zdenaturowany DNA chromosomu bakteryjnego może być latwo oddzielany od plazmidowego

25) Przy pomocy nukleazy S1 mozna znakowac koniec 5' trankskryptu. Przy pomocy tego samego enzymu mozna zmapowac tez 3' koniec po wprowadzeniu odpowiednmich zmian do naszych działan. Ktore z ponizszych czynnosci ma miejsce TYLKO podczas mapowania 3' konca :

A) znakowanie DNA przy wykorzystaniu gama -32P -ATP

B) znakowanie DNA przy wykorzystaniu alfa -32P -dATP

C) denaturacja DNA i elektroforeza

D) reakcja przy udziale rekombinowanego enzymu uzywanego przez retrowirusy do syntezy

DNA na bazie RNA

E) reakcja przy udziale polimerazy DNA I

26) Pewien student zamierzał otrzymac bibliotekę z mutacjami kasetowymi w obrebie centrum aktywnego enzymu XYZ. No i madrala zrobił jakoś tak:

Gen XYZ dał do wektora pUC18, wstawił go tak, że nie zaburzał ramki odczytu LacZ', czyli gdy dało sie do odpowiedniej komórki (takiej, w której daje sie prowadzić selekcję biało-niebieską) powstaje aktywna B-galaktozydaza. wyciął kasetę, którą chciał zmienić, oddzielił przez elektroforezę od reszty wektora, wziął wektor bez kasety i kinazą polinukleotydową usunął reszty fosforanowe z 5' końców - żeby nie doszło do samoligacji wektora, po czym dodał syntetyczne oligonukleotydy. Mniej wiecej to brzmialo cos jak to chociaz oczywiście nic pewnego .

A) rekombinanty beda niebieskie

B) rekombinanty nie beda niebieskie

C) te co sie same zligowaly (nierembionanty) nie beda niebieskie

D) te co sie same zligowaly stanowia jedynie 1,2 % w porownaniu do eksperymentu

kontrolnego gdzie nie było defosforylacji

E) w komorkach nie bedzie aktywnosci enzymu XYZ

27) Mamy gen w pojedynczej kopii. Chcac go wykryc uzyto sondy o odpowiednio do niego (tego genu) komplementarnej sekwencji. Byla to metoda fluorescecyjna FISH a eksperyment przeprowadzono na chromosomach w trakcie profazy. Co zaobserwowano:

A) 2 sygnaly fluorescencyjne blisko siebie

B) 2 sygnaly fluorescencyjne

C) 2 pary sygnalow fluor.

D) 4 sygnaly blisko siebie

E) 4 pary sygnałów

28) Cztery klony BAC fragmentow ludzkiego genomowego DNA (A, B, C, D) zbadano na obecnosc sekwencji STS (5 sekwencji oznaczonych 1-5). Ich obecnosc w poszczegolnych genach przedstawia tabelka poniżej, przy czym + oznacza obecnosc STS w danym klonie:

STS

__________________________________

DNA 1 2 3 4 5

__________________________________

A + + +

B + +

C + +

D + +

Powyzsze wyniki wskazuja na to iz klony te skladaja sie na nastepujaca sekwencje:

A) A-B-C-D

B) D-C-B-A

C) A-B-D-E; klon C nie "pasuje" do pozostalych

D) D-A-C-B

E) D-A-B-C

29) Po przeprowadzeniu sekwencjonowania DNA wedlug metody dideoksy Sangera (korzysta sie z analogow 2',3'-dideoksy trifosforanow nukleotydów) otrzymano przedstawiony nizej autoradiogram :

ddATP ddCTP ddGTP ddTTP

_____ 3’

_____

______

______

_____5’

Która sekwencja będzie odpowiadała sekwencji nici matrycowej (czyli badanej):

A) 3’TACGT5’

B) 5’TGCAT3’

C) 3’ACGTT5

D) 5’ATGCA3’

E) 5’TTGCA3’

F) zadna z powyzszych sekwecnji nie jest prawidlowa

30) Kazdy rodzic ma dwa allele genu X. Moze on miec postac dziką - dominujaca(A) –zdrową albo zmutowaną - recesywną(a)- wywołuje chorobe ( anemie sierpowatą). W przypadku zmutowanej wersji gen nie jest przecinany przez enzym restrykcyjny np. EcoRI bo nie ma miejsca rozpoznawanego przez ten enzym i otrzymujemy jeden tylko fragment o dł. 1,3 kb. Jesli tniemy gen dziki to otrzymujemy 2 fragmenty : 1,1kb i 0,2 kb. Jakie fragmenty bedziemy widziec u rodzicow ktorych PRZYSZLE DZIECKO MA 25% PRAWDOPODOBIENSTWO NA ZACHOROWANIE NA TĄ CHOROBE

Prawidlowe: czyli dziecko musi byc homozygota recesywna 'aa'. zeby tak sie stalo to rodzice sa heterozygotami A/a.

A) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.1 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

B) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3 kb i 0.2 kb u obojga rodzicow

C) mozna zaobserwowac obecnosc fragmentow 1.3kb u jednego z rodzicow i 1,1kb oraz 0.2

kb u drugiego z rodzicow

D) ...tez zle nie chce mi sie pisac (cos w stylu C)

E) u obojga rodzicow wszystkie trzy fragmenty :1,3kb .. 1,1kb... 0.2kb

31) Plazmid X ma gen markerowy AmpR czyli na ampicyline opornosc. Bierzemy jakiś inny plazmid co ma geny oporności na ampicylinę, chloramfenikol, erytromycynę, itp, itd. Tniemy go i kolekcję otrzymanych fragmentów wklonowujemy w nasz plazmid X, ten przenosimy do komórek i szukamy rekombinantów które dostały gen ooprności na chloramfenikol - jakich podłóż możemy użyć:

A) z ampicyliną

B) z chloramfenikolem i ampicyliną

C) z chloramcenikolem

d) erytromycyna i ampicylina

E) erytro i chloramfenikol

32) Wyobraź sobie ze dysponujesz klonem (tzn. sekwencją) jakiegos genu, który, mozesz przypuszczac na podstawie analiz genetycznych, jest zlokalizowany w odleglosci nie wiekszej niz 200kb od genu odpowiedzialnego za powstawanie jakies choroby.

Sposrod podanych ponizej czynności prosze wybrac TYLKO NIEKTORE skladajace sie w odpowiedniej sekwencji na eksperyment (technike) ktory pozwoli na odczytanie sekwencji w tym obszarze 200kb.

A) czesciowe trawienie DNA enzymem BamHI w celu otrzymania zachodzących na siebie

(względem sekwencji) fragmentow o dl ok. 20 kb

B) całkowite (wyczerpujące) trawienie DNA enzymem EcoRI

C) izolacja ludzkiego genomowego DNA

D) izolacja genomowego DNA z E.coli

E) Northern-blotting sondą otrzymana przy wykorzystaniu genu A

F) powtarzanie czynności opisanych w poprzednich dwóch etapach do momentu otrzymania odpowiedniej ilości klonow

G) otrzymanie biblioteki w fagu lambda

H) przeszukiwanie biblioteki przy pomocy sondy przygotowanej w oparciu o sekwencje genu A w etapie pierwszym, potem izolacja klonu hybrydowanego z sonda

I) subklonowanie fragmentu z konca nowoizolowanego klonu w celu otrzymania nowej

sondy do ponownego przeszukiwania biblioteki i identyfikacji nowego klonu

hybrydyzowanego z sond

Proszę wybrać, który z poniższych zapisów, nastepujacych po sobie czynnosci skladających sie na scharakteryzowany powyżej eksperyment, jest prawidłowy :

A) A-B-C-D-E-G

B) C-A-G-H-I-F

C) C-H-I-F-A

D) A-C-G-H-I-F

E) żadna

33) Podane nizej enzymy restrykcyjne trawia DNA w specyficznych miejscach (jak ponizej) :

BamHI NheI Xbal EcoRI

5’-GGATCC-3’ 5’-GCTAGC-3’ 5’-TCTAGA-3’ 5’-GAATTC-3’

3’-CCTAGG-5’ 3’-CGATCG-5’ 3’-AGATCT-5’ 3’-CTTAAG-3’

Wszystkie one hydrolizuja wiazanie fosfodiestrowe pomiedzy pierwszym a drugim nukleotydem (liczac od 5' konca każdej linii – czyli lepkie konce robią),przy czym produkty ....(tu niestety brak tresci ale to raczej malo istotneJ)

Sposrod podanych ponizej zdan prosze wybrac prawdziwe:

A) EcoRI i BamHI to izoschizmoery

B) fragmenty poddane restrykcji przez NheI i Xbal mogą byc smialo ze soba zligowane

C)....np.NheI i Xbal są izoschizomerami (jakos w tym stylu było)

D)....np fragmenty poddane restrykcji przez EcoRi i BamHI mogą byc smialo ze soba zlgowane (to samo co CJ)

E) NheI i Xbal są kaudomerami

34) W trakcie elektroforezy w żelu agarozowym, w nieobecności bromku etydyny:

A) czasteczka dsDNA porusza sie w kierunku elektrody ujemnej

B) czasteczkki dsDNA sa obdarzone ladunkiem dodatnim

C) liniowe czasteczki dsDNA poruszaja sie tym szybciej im sa krotsze

D) superzwiniete czasteczki dsDNA poruszaja sie wolniej niz odpowiednie im

zlinearyzowane

E) fragmenty dsDNA o dlugosci 1006bp i 1007bp moga byc rozdzielone w celu

preparatywnym

35) Dwie probki kompetentnych komorek E.coli poddano transformacji wektorem zawierajacym gen AmpR (opornosc na ampicyline). I potem mamy dwie różne sytuacje:

1. dodano do nich niewielka ilosc pozywki plynnej i po ok. 2 min umieszczono na pozywce zawierajaca ampicyline.

2. dodano ta sama ilosci pozywki plynnej i po 30 min inkubacji umieszczono na pozywce z ampicylina.

Jakie zanotowano obserwacje:

A) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 300 kolonii

B) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 30 kolonii

C) szalka pierwsza 30 kolonii i szalka druga 400 kolonii

D) szalka pierwsza 0 kolonii i szalka druga 300 kolonii

E) szalka pierwsza 300 kolonii i szalka druga 0 kolonii

36) Fragmenty (ramiona - w sumie 30kb) WEKTORA ZASTĘPCZEGO poddawano ligacji z fragmentami DNA majacymi prawidlowe konce lepkie odpowiednie do ramion wektora. Jaki maksymalny rozmiar mogl mieć wsczepiany w ten wektor odcinek:

A)8kb

B)40kb

C)100kb

D)20kb

E)22kb

37) Doświadczenie ktorego celem jest nokaut genu mysiego XYZ. Komórki macierzyste, do których wprowadzany jest gen rekombinowany:

A) zawierają 1 allel zmutoych zaszla rekombinacja

niehomologiczna

D) sa oporne na dzialanie nwany i 1 typ dzikiego genu XYZ

B) zawierają oba allele typu dzikiego

C) poddawane są selekcji, ktorej celem jest wybrac te w ktoreomycyny

E) zawieraja gen Tk

38) Kulisty DNA poddano linearyzacji enzymem dajacym konce lepkie. Nastepnie potraktowano go nukleza S1 i po zahamowaniu aktywnosci tejze nukleazy uzyto terminalej transferazy przy obecnosci dNTP. Najprawdopodobniej końce powstalego fragmentu DNA beda mialy charakter taki jak te pokazane w punkcie :

A) 5’AGCAATGGC3’

3’AGCTTCGT5’

B) 5’AGCAATGG3’

3’ACC5’

C) 5’AGCAATGG3’

3’TCGTTACC5’

D) 5’ACTAGCAA3’

3’TCGTTACC5’

E)zadne z powyzszych - nie wiadomo jaka poczatkowa sekwencja byla

39) Jakiś rysunek 6-ciu prążków po trawieniu EcoRV i elektroforezie w żelu agarozowym w obecności bromku etydyny :

a) krótszy fragmenty wędrują wolniej

b) dłuższe fragmenty wędrują szybciej

c) fragment DNA miał w smie 58,502 kb

d) bromek etydyny przyłącza się kowalencyjnie do cząsteczek DNA / on interkaluje

e) jest 5 miejsc restrykcyjnych , które mogą być trawione przez EcoRV

40) Jaka technika może być użyta do inaktywacji genu bez uszkodzenia jego sekwencji ?

a) nokaut genu / uszkadza

b) nokaut genu z systemem rekombinacji Cre-Lox /uszkadza

c)interferencja RNa

d)nadeksperesja produktu allelu dominującego negatywnego

e)nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego

41) Wektor ( ampR, ori, CAT):

a) jest kosmidem

b) można prowadzic transkrypcje in vitro za pomocą enzymów fagowych

c) ma gen markerowy ( amp R)

d) można pozyskiwać jego większe ilośći hodujące w bakterii ( ori) a to też nie powinno być?

e) pozwala na badanie aktywności promotorów prokariotycznych w komórkach eukariot38.

d) i e) są też chyba poprawne?

42) Charaktyrystyka wektora pBluescript II KS ( +/-)

a) może być użyty do transkrypcji in vitro przy użyciu polimeraz fagowych

b) zawiera gen markerowy

c) jest fagemidem

d)może być używany do wklonowania inertów ss DNA

e) może być użyty do badania promotorów prokariotycznych w komórkach eukariotycznych

43) Załóżmy , ze w plazmidzie , który jest kolistą cząsteczką , na którą składa się 3200 pz występują sekwencja rozpoznawane prze EcoRI położone w odległości : 400, 700, 1400 i 2600 pz od arbitralne położonego punktu zerowego . Po całkowitym trawieniu wymienionym enzymem – powstaną produkty :

a) 400, 800, 1000 ( x2)

b)400,1200,1600

c) 300,700,2200

d)700,400,1400,2600

e) 300,700,1000,1200

44) Szczególnie użytecznymi cechami wektora używanego do klonowania są :

a) duża ilość kopii i wystepowanie w nim genu markerowego ( nadającego ceche odporności na działanie antybiotyku)

b) wirulentność i lizygeniczność

c) zdolność do integracji w chromosomie komórki gospodarza w następnie indukcja cyklu litycznego

d) zdolność do autonomicznej replikacji i posiadanie sekwencji wielokrotnego klonowania

e) posiadanie promotora T7 i genu markerowego ( pozwalającego na otrzymanie pojedynczej nici DNA wklonowanego fragmentu)

45) Wektor będący pochodną faga lambda poddano trawieniu enzymem EcoRI a następnie powstałe produkty rozdzielono elektroforetycznie. Otrzymane w ten sposób ramiona wektora poddano ligacji z fragmentami DNA o końcach EcoRI i długości ok. 20 kb. Po ligacji upakowno fagi in vitro i infekowano nimi bakterie. Analizie poddano DNA wszystkich powstałych łycinek i zidentyfikowano takie , które zawierały:

a) DNA wektory , które uległy replikacji

b) DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty DNA o długośći ok. 20 kb

c)DNA rekombinowanego wektora zawierającego fragmenty o długośći 40 kb

d) DNA całego genomu faga ʎ

e) nie zaobserwowano żadnych łysinek , gdyż fragmenty były za długie

46) W analizie Southern fragment sekwencji genu aktyny z drożdży został użyty jako sonda do analizy fragmentów powstałych w wyniku trawienia EcoRI DNA genomowego z D.stramonium. NA auroradiogramie zaobserwowano jako jedno radioaktywne pasmo odpowiadające fragmentowi Dna o długości 4kb. Oznacza to ze:

a) gen aktyny D. stramonium ma dł 4kb

b) gen aktyny D. stramonium jest takiej samej wielkości jak gen drożdży

c) gen aktyny D. stramonium jest najprawdopodobniej obecny w preparacie poddanym do analizy

d)gen aktyny D. stramonium jest obecny w 4 kopiach w genomie

e) gen aktyny D. stramonium posiada identyczna sekwencje jak gen drożdży

47) Spośród podanych temperatur wybrać, która z największych powodzeniam da wydajne otrzymanie produktów PCR przeprowadzając dla startera 5’ GGTAATCGGTTAGGCTCC3’

a)56 C

b) 72 C

c) 59 C

d) 55 C

e) żadna

48) Który z podanych wektorów jest najmniej przydatny do sekwencjowania genomu ssaczego ?

a) YAC

b)BAC

c)wektor bedący pochodną faga 1

d) wektor plazmidowy

49) Kolista cząsteczka Dna posiada n-miejsc restrykcyjnych EcoRI. Ile fragmentów DNA powstanie po całkowitym jej strawieniu?

a) n-1

b) n

c) n+1 (dla liniowego n+1, dla kolistego n)

d) 2n-1

e) zależy od liczby powtórzeń

50) Wektor plazmidowy zawiera gen markerowy odpowiadający za odporność na erytromycynę (EryR) i gen markerowy odpowiedzialny za oporność na ampicylinę.Gen AmpR został przecięty enzymem restrykcyjnym a powstały w ten sposób plazmid połączono z fragmentem 1000pz o końcach komplementarnych do wektora.Które z poniższych fenotypów maja komórki transformowane:

a) niewrażliwe na ampicylinę & niewrażliwe na erytromycynę

b) niewrażliwe na ampicylinę & wrażliwe na erytromycynę

c) wrażliwe na ampicylinę & wrażliwe na erytromycynę

d) wrażliwe na ampicylinę & niewrażliwe na erytromycynę

e) nie wiadomo

51) Klon może być użyty jako substrat do radioaktywnego znakowania fragmentu DNA przy wykorzystaniu fragmentu Klenowa polimerazy I DNA:

a)dATP znakowany P32 w pozycji gamma

b)ATP znakowany w pozycji alfa

c) dGTP znakowany w pozycji alfa

d)[g-P32] -ATP

e)[a-P32]-dATP

52) Nukleaza SI:

a) może być użyta do lokalizacji sekwencji intronowych

b) może degradować DNA i RNA i powstają produkty posiadające sekwencje P-5’

c) DNA:DNA, RNA:RNA i DNA:RNA są odporne na działanie tego enzymu

b) jest egzonukleazą

e)używana do odtrawiania fragmentów kw.nukleinowych ,które maja forme pojedynczej nici50.

53) Spośród podanych poniżej proszę wybrać zawierające najwłaściwsze uzułepłneinia dla następującego trawienie „dd NTP , używany do sekwencjonowania DNA metodą sangera charakteryzuje się ty, że nie posiada on … przy wyęglach …i…”

a) OH 2’3’

b) metyl 2’3’

c) karboksyl 5’3’

d) OH 2’5’

e) żaden z powyższych

54) Zakładajac ze polimeraza Taq nie traci aktywności ani nie ulega rozkładowi substraty PCR można powiedzieć ze docelowa sekwncja DNA jest powielana po n-cyklach:

a) n2 razy

b) 2n razy

c) n razy

d) n2n razy

e) 2n-2 razy

55) z sondą; jaka nalezy dobrać temterature

a)taka sama

b) wyższą

c) niższa

d) 98 C

e)

56) rys. YAC3

a) można otrzymać na pożywce z Trp

b) coś o cięciu przez enzymy restrykcyjne

c) aukstroficzny

d)

e)

57) Real time PCR

a) można kontrolować ilość produktu

b) sonda łączy się kowalencyjnie do produktu

c) połączenie niekowalencyjne (raczej wodorowe)- dobrze niekowalencyjne

d)

e)

58) wyciszenie genu przy pomocy wirusa ( VACS czy jakoś tak )

a) przez rearanżacje i delecje

b) przez degradacje transkryptu

c)

d)

e)

59) pirosekwencjonowanie

60) temperatura dla wydajnego PCR

a) większa u D.M

b) mniejsza u D.M.

c) taka sama jak u D.M

e) nie można obliczyć

61) Który z poniższych można użyć do znakowania izotopem P32

a) a- dATP

b) a- ATP

c) a-GTP

d) gamma- dGTP

e) gamma - ATP

62) Wyciszenie genu, które prowadzi do zmiany sekwencji: (nie jestem pewna czy tak brzmiało to pyt;p)

a) nokaut

b) nadmierna ekspresja genu dominującego

c) nadmierna ekspresja genu recesywnego

d)

e)

63) Które z podanych poniżej enzymów będą dawały produkty, które można poddać, bez dodatkowych zabiegów, radioaktywnemu znakowaniu przy pomocy [a 32P] – dATP i fragmentu Klenowa? W nawiasach podano sekwencje, dla uproszczenia tylko jednej z nici, rozpoznawanej przez odpowiednie enzymy, gwiazdka oznacza położenie trawionego wiązania fosfodiestrowego. a) EcoRI (GA*ATTC) b) PstI (CTGCA*G) c) SmaI (CCC*GGG) d) HpaII (C*CGG) e) BglII ( A*GATCT) 64) Która z podanych poniżej metod, używanych do funkcjonalnej inaktywacji genu, powodują zmianę jego sekwencji: a) nokaut genu b) interferencja RNA (ang.: RNAi, RNA interference) c) nadekspresja produktu allelu dominującego negatywnego d) nadekspresja produktu allelu recesywnego negatywnego e) metoda wykorzystująca system rekombinacyjny LoxP-Cre 65) Które z podanych poniżej związków jest odpowiednim substratem do radioaktywnego oznakowania cDNA o końcach tępych, który zostanie wykorzystany do eksperymentu footprintingu: a) dATP znakowany 32P w pozycji g b) ATP znakowany w pozycji a c) dGTP znakowany w pozycji a d) [g 32P] - ATP e) [a 32P] - dATP 66) Przedstawiony poniżej wektor może być używany zarówno w komórkach bakteryjnych jak i drożdżowych. Elementami, które są specyficzne dla komórek drożdżowych są: a) ori b) amp’ c) URA3 d) ARS e) polilinker 67) Dla elektroforezy nie jest prawdą: a) superzwinięte cząsteczki DNA wędrują szybciej niż liniowe b) cząsteczki DNA obdarzone ładunkiem ujemnym wędrują do elektrody dodatniej c) mieszanina fragmentów Dna jest rozdzielana tym efektywniej im krótsze są fragmenty d) małe cząsteczki Dna wedruja najczescoej szybciej niż wieksze [przy załozeniu ze stosunek ładunku do masy jest bardzo podobny dla różnych DNA e) cząsteczki o długości 302 i 303 pz mogą być rozdzielane 68) Który z podanych czynników istotny dla jednej z metod pozwalających na otrzymanie cDNA jest głównym winowajcą odpowiedzialnym za brak cDNA inf reprezentującej 5’ koniec transkryptu: a) 5’AGCAATGG3’ 3’TCGT5’ b) 5’AGCAATGG3’ 3’ACC5’ c) 5’AGCAATGG3’ 3’TCGTTACC5’ d) 5’AGGAA3’ 3’TCGTTACC5’ f) nie wiadomo