MIKROBIOLOGIA
Choroby układu moczowo płciowego:
Mocz
Wyskrobiny i wymaz z szyjki macicy
Aspiraty z ropni
Nasienie
Choroby układu pokarmowego:
Kał
Wymaz z odbytu
Mocz
Żółć
Treść żołądka
Bioptaty
Choroby układu oddechowego:
Plwocina
Wykrztusiny i aspiraty z krtani
Wymazy np. z błon śluzowych przegrody nosa
Punktaty opłucnej
Choroby skóry:
Wymazy lub zeskrobiny z ran
Wycinki tkanek
Punktaty ropy
Choroby nosa, gardła, oczu, uszu:
Wymazy z worka spojówkowego
Wymazy z ucha i nosogardzieli
Aspiraty tkankowe
Wymazy i aspiraty z krtani
Choroby zakaźne:
Krew
Mocz
Ropnie
Płyn mózgowo-rdzeniowy
Każdy pacjent przed pobraniem musi zostać zapoznany z zasadami pobierania moczu.
Mocz z nocy
Mocz po 4-6 godzinach od ostatniego opróżnienia
5 ml lub 20-50 ml lub 50-200 ml przez trzy kolejne dni
Umyć ręce wodą i mydłem
Dokładnie umyć okolice krocza i zewnętrzne narządy moczowo-płciowe z użyciem wody i mydła
Nie używać środków dezynfekcyjnych
Nie wycierać ręcznikiem nawet sterylnym
U mężczyzn należy dodatkowo odciągnąć napletek i umyć żołądź prącia
Mocz należy pobrać do jałowego pojemnika z tzw. Środkowego strumienia.
Pojemnik należy dokładnie zamknąć nie dotykając jego środka.
Mocz w ciągu 1,5 godziny dostarczyć do oddziału mikrobiologii.
Nie można pobrać moczu ze środkowego strumienia
U chorych z zaburzeniami psychicznymi
Umyć okolice krocza mydłem i jałową wodą
Wprowadzić cewnik
Do jałowego naczynia pobrać drugą porcję moczu – około 5-10 ml
Usunąć dotychczas używany cewnik, przeprowadzić toaletę okolicy krocza, zewnętrzne narządy płciowe zdezynfekować przeznaczonym do tego celu preparatem (3% kwas borny, octanisept), w warunkach aseptycznych wprowadzić nowy cewnik do pęcherza moczowego.
- po upływie 30-40 minut przystąpić do pobierania moczu
- drugą porcję moczu pobrać do jałowego pojemnika – 5 ml
- połączyć cewnik z workiem na mocz
- mocz do badania trzeba przetransportować jak najszybciej
- próbkę można transportować w temperaturze +4oC ale nie dłużej niż 2 godziny
- w godzinach od 19:30 do 7:30 mocz należy pobrać na podłoże transportowe.
W warunkach szpitalnych powinien być oddany do wyjałowionego basenu lub pieluchy.
W warunkach domowych powinien być oddany do dokładnie umytego i wygotowanego naczynia.
Ze świeżo oddanego kału do pojemnika oddać grudkę wielkości ziarnka grochu ze śluzem i krwią (jeżeli występuje).
Jeżeli występuje biegunka próbki powinny być pobierane we wczesnym okresie zakażenia.
Kał nie może być zanieczyszczony moczem.
W przypadku badań w kierunku Clostridium difficile materiał pobrać dodatkowo na wymazówkę z podłożem transportowym.
Przy badaniach w kierunku rota- i adenowirusów kał pobierać w zależności od konsystencji 1-2 ml lub 2 g do jałowego pojemnika.
Dopuszczalny w przypadku nosicielstwa paciorkowców kałowych z mechanizmami odporności (VRE)
Wprowadzić wymazówkę do odbytu poza zwieracz zewnętrzny.
Wmazówka powinna być jałowa i zwilżona solą fizjologiczną.
Wielokrotnie obracając pobrać materiał (sprawdzić czy widoczna jest właściwa ilość materiału).
Materiał umieszczony w jałowym pojemniku powinien być w ciągu 2-3 godzin dostarczony do zakładu mikrobiologii.
Transportować nie dłużej niż 6 godzin od pobrania
Jeżeli badania nie można zrobić natychmiast kał może być przechowywany do 72 godzin w temperaturze 2-8oC
Dłuższe przedszymywanie wymaga zamrożenia.
Jeżeli materiał będzie badany w ciągu 1-2 godzin transportować w temperaturze pokojowej.
Jeżeli czas transportu przekroczy 2 godziny trzeba zastosować próbówkę z podłożem transportowym.
Pacjent powinien być na czczo
Należy przepłukać jamę ustną przegotowaną wodą
Unieruchomić język szpatułką
Wymaz pobrać z miejsc zmienionych zapalnie oraz czopów ropnych, nie dotykając języka podniebiennego, błony śluzowej, śliny, policzka
W przypadku braku możliwości natychmiastowego transportu należy zastosować wymazówkę z podłożem transportowym.
Należy oczyścić skórę ucha 70% roztworem etanolu
Osuszyć
Pobrać treść zmian wymazówką zwilżoną jałową solą
Nie dotykać ściany przewodu słuchowego
pobrać na wymazówkę z podłożem transportowym
Przechowywać w temperaturze pokojowej.
Materiał pobiera się w celu oceny nosicielstwa
Materiał należy pobrać z błon śluzowych kanałów nosowych wymazówką zwilżoną solą fizjologiczną.
Rano
Na czczo
W objętości przynajmniej 1-3 ml
Po wypłukaniu jamy ustnej
Po zdjęciu protezy jeżeli jest
W przypadku trudności stosujemy środki wykrztuśne 1-2 dni przed
Jałowego pojemnika z szerokim otworem
Pojemnik musi być opisany imieniem i nazwiskiem a także nazwa kliniki.
Pojemnik należy zamknąć nie dotykając jego brzegów.
Pobrany materiał natychmiast przesłać do badania
Transportować w temperaturze pokojowej
Plwocina powinna być badana w ciągu 1 godziny od pobrania.
Pobieramy na wymazówkę bez podłoża transportowego
Przed pobraniem wymazówkę należy zwilżyć ją jałowym roztworem soli fizjologicznych.
Pobrać na wymazówkę bez podłoża transportowego.
W godzinach 19:30-7:30 pobrać na wymazówkę z podłożem transportowym
Materiał należy przesłać w strzykawce
Strzykawka musi być zabezpieczona igłą + jałowy korek lub pojemnik.
W godzinach 19:30-7:30 jest możliwe wprowadzenie materiału do podłoża do posiewu krwi.
Pobieramy z żyły, zawsze z nowego wykłucia
Butelkę ogrzać do ciepłoty ciała
Przeprowadzić dezynfekcję skóry
Woda + mydło
70% alkohol do odparowania
2% roztwór jodowy 1-2 minuty
Korek butelki do transportu zdezynfekować 70% alkoholem
1-5 ml od chorych poniżej 15 roku życia
5-10 ml od chorych powyżej 15 roku życia
Co najmniej 3 próbki na dobę
Jednak mniej niż 5
Przed włączeniem antybiotykoterapii lub przed podaniem kolejnej dawki
Najlepiej:
0,5-1 godziny przed szczytem gorączki
lub
W okresie jej narastania/spadku
Gdy trudno przewidzieć szczyt gorączki pobrać 2 próbki z różnych wkłuć w odstępie 1 godziny.
W godzinach 7:30-20:00 transportować jak najszybciej w temperaturze 37oC
W godzinach 20:00-7:30 transportować w temperaturze 37oC do zakładu mikrobiologii.
Pobrać do jałowej probówki
Transportować w temperaturze 37oC
W godzinach 19:30-7:30 pobrany do probówki płyn zaaspirować strzykawką i wprowadzić do podłoża pediatrycznego do posiewu krwi i płynów ustrojowych.
Część płynu pozostawić w probówce (około 2 ml)
Umieścić w jałowym pojemniku
Transportować natychmiast
W godzinach 19:30-7:30
Dodać 5-10 ml jałowego roztworu soli fizjologicznej przestrzegając zasad aseptyki
Przekazać do zakładu diagnostyki laboratoryjnej
Można przesłać w zabezpieczonej strzykawce
Wprowadzić do jałowego pojemnika
W godzinach 19:30-7:30:
Wprowadzić do podłoża do posiewu krwi i płynów ustrojowych
Przekazać do zakładu diagnostyki laboratoryjnej
Gdy nie można zaaspirować do strzykawki – pobrać wymaz jałową wymazówką
Transportować natychmiast
W godzinach 19:30-7:30 w przypadku badań w kierunku drobnoustrojów beztlenowych (strzykawka + plaster) na wymazówkę z podłożem transportowym
Temperatura pokojowa
okularu, który służy do powiększenia obrazu tworzonego przez obiektyw mikroskopu,
tubusa, który służy do formowania powiększonego obrazu pośredniego,
śruby makrometrycznej, która służy do wstępnej regulacji ostrości,
śruby mikrometrycznej, która służy do ustalenia ostrości,
rewolweru, który umożliwia prostą zmianę obiektywu,
obiektywów, które zbierają światło wychodzące z przedmiotu i tworzą jego powiększony obraz pośredni,
kondensora, który koncentruje światło formując z niego stożek,
źródła światła (dawniej lusterka, obecnie najczęściej żarówki halogenowej), które służy do naświetlania badanego obiektu;
Olejek impresyjny – zwiększa zdolność rozdzielczą, chroni przed rozpraszaniem i załamywaniem światła.
Kształt:
Kuliste, cylindryczne, spiralne, rozgałęzione nici
Sposób barwienia
Wielkość
Ułożenie względem siebie
Pojedyncze
Ułożone parami
Łańcuszki
Nieregularne skupiska
Palisady
Kształt liter X, Y, V
Typ ułożenia przetrwalników
Terminalnie (biegunowo)
Subterminalnie (podbiegunowo)
Paracentralnie (przyśrodkowo)
Centralnie (środkowo)
Typ urzęsienia
Monotricha
Ditricha
Lofotricha
Amfitricha
Peritricha
Atricha
Nietypowe
Ułatwienie obserwacji komórek
Odróżnienie innych elementów preparatu
Preparat bezpośredni wykonany jest z materiału klinicznego pobranego od pacjenta.
Preparat pośredni wykonany jest z drobnoustrojów
Pozytywne (barwienie komórek)
Proste (1 barwnik)
Złożone (2 barwniki)
Negatywne (barwienie tła)
Zasadowe barwniki anilinowe – mają silne powinowactwo do kwaśnej cytoplazmy bakterii.
Metoda Ziehl-Neelsena
Metoda Neissera – maczugowce, wykrywamy obecność ciałek zapasowych
Metoda mollera (przetrwalniki barwią się na czerwono, komórki na niebiesko)
Metoda Dornera (przetrwalniki barwią się na niebiesko, komórki pozostają niezabarwione)
Metoda negatywno-pozytywna według Burriego-Ginsa
Metoda negatywna
Metoda Leifsona (barwniki z tarniną)
Polega na barwieniu tła a pozostawieniu niezabarwionych komórek. Umożliwia obejrzenie kształtu komórek lub elementów trudnych do wybarwienia np. otoczek. Używamy barwników grubo-dyspersyjnych jak tusz chiński.
Utrwalenie preparatu fiolet krystaliczny płyn Lugola odbarwienie roztworem alkoholu fuksyna zasadowa
Bakterie gram-dodatnie odbarwiają się na granatowo
Bakterie gram-ujemne odbarwiają się na czerwono
Stpahylococcuss spp.
Streptococus spp.
Bacilkus spp.
Clostridium spp.
Enterabacteriaceae,
Pseudomona spp.
Neisseria spp.
Moraxella spp.
Corynebacterium spp.
Chlomydia spp.
Mycoplasma
Legionella
Rickettesia
– jednostka wzrostowa, komórki bakteryjne pochodzące z jednej komórki wyjściowej. Jednostka taka mnożąc się za podłożu stałym utworzy pojedynczą kolonię.
Kolonia bakteryjna – zespół osobników powstałych z 1 komórki macierzystej na podłożu stałym.
Hodowla mieszana – pożywka wraz z wyrosłemu na niej różnymi gatunkami.
Hodowla czysta – pożywka, w której wyrósł tylko jeden gatunek mikroorganizmów.
TYLKO NA AGARZE KRWAWYM
Typ β – całkowita liza erytrocytów wokół kolonii
Typ α – częścioa liza erytrocytów, zazielenienie wokół kolonii (przekształcenie hemoglobiny w metahemoglobine)
Typ ɣ – brak widocznej hemolizy
Jest to posiew, który umożliwia uzyskanie wzrostu drobnoustrojów w postaci pojedynczej kolonii.
Oparte na reakcji antygenów bakteryjnych z przeciwciałami skierowanymi przeciwko tym antygenom.
Przeciwciałami a całymi komórkami
Przeciwciałami a antygenami powierzchniowmyi
Przeciwciałami a toksynami wydzielonymi zewnątrzkomórkowo
Użycie znanych przeciwciał, czyli surowic diagnostycznych za pomocą których można wykryć lub zidentyfikować poszukiwany antygen.
Do identyfikacji mikroorganizmów
W materiale klinicznym
Po izolacji
Do identyfikacji genów
Oporności na antybiotyki
Kodujących czynniki wirulencji
W dochodzeniu epidemiologicznym
PCR
LCR
PFGE
Ziarniaki:
Staphylococcus spp.
Streptococcus spp.
Enterococcus
Pałeczki:
Corynebacetrium
Laseczki:
Bacillus spp.
Clostridium spp.
ZJAWISKO NOSICIELSTWA TYPU NOSOWEGO
Kolonizacja: nosogardło, skórka, okolice odbytu, skór granicząca z włosami głowy, okolice szczęki.
chory lub nosiciel (pacjent lub personel)
Własna flora fizjologiczna
Własna flora fizjologiczna
Nosiciele
Osoby zakażone
Ręce personelu medycznego
Uwaga! Zmiany skórne są częściej źródłem zakażenia niż nosicielstwo w nozdrzach przednich
Zakażone przedmioty: cewniki, Nczynia, elektrody EKG, stetoskop, toczenie pacjenta
Preparaty lecznicze
Zakażona żywność
Kontaktowe (głównie ręce)
Rzadziej droga powietrzna
MRSA – Stephyloccos aureus oporny na meticyliny
MRCNS – Gronkowce koagulazo-ujemne oporne na meticyline
Efekt: izolacja chorych z MRSA
Przestrzeganie zasad higieny
Codzienna zmiana bielizny
Mycie rąk po każdym p
Maski – pacjent z MRSA
Dezynfekcje powierzchni
Monitorowanie mikrobiologiczne odziały w którym jest MRSA
Personel – zmiany skórne – ograniczenie kontaktu z pacjentem, jego otoczeniem i żywnością do zaniku zmian nosicielstwa MRSA – ograniczenia pracy na okres pierwszych dwu dni leczenia mupirocyną
Diagnostyka zakażeń : materiał zależy od lokalizacji infekcji (wymazy pobrane z miejsca infekcji, mocz, plwocina, wydzielina oskrzelowa, krew)
Identyfikacja (wymazy z nosa, wymazy z gardła, pach, pachwin i odbytu)
Wskazaniem do zakończenia izolacji jest 3-krotne badanie ujemne w kierunku MRSA.
W diagnostyce gronkowców używa się testu na koagulaze, który dzieli je na koagulazo dodatnie i koagulazo ujemne.
Oznaczanie koagulazy metodą probówkową:
1. Do oznaczeń stosuje się osocze królicze nierozcieńczone lub rozcieńczone pięciokrotnie jałowym, fizjologicznym roztworem chlorku sodowego.
2. Do 0,5 ml osocza dodać za pomocą ezy szczep z hodowli z podłoża agarowego lub 0,5 ml hodowli bulionowej
3. W taki sam sposób przygotować próbę kontrolną ze szczepami koagulazo-dodatnimi i koagulazo-ujemnymi.
4. Inkubować w temp. 37ºC.
5. Wynik testu odczytać po 1, 3, 6, 24 godzinach.
Odczyt: szczepy koagulazo-dodatnie Staphylococcus aureus powodują powstanie w probówce wyraźnego skrzepu, natomiast koagulazo-ujemne nie powodują krzepnięcia osocza. Wynik testu obserwować we wskazanym powyżej czasie, ponieważ po dłuższej inkubacji, w niektórych przypadkach, może nastąpić rozpuszczenie skrzepu przy udziale wytwarzanego przez gronkowca aktywatora plazmowego.
Wykrywanie katalazy - Próbę wykonuje się przez zawieszenie badanych bakterii, pobranych z hodowli na pożywce stałej, w kropli 3% wody utlenionej na szkiełku podstawowym. Uwalnianie pęcherzyków tlenu świadczy o wyniku dodatnim.
Droga kropelkowa (bardzo łatwo S. pneumoniae)
Kontakt bezpośredni lub pośredni (bardzo rzadko)
Przez przedmioty zakażone wydzielinami z gardła lub nosa
S. pneumoniae – sprzęt do terapii oddechowej
S. pyogenes – termometry, ręce, ubrania personelu medycznego
S. agalactiae – ręce personelu medycznego, możliwość przeniesienia bakterii za pośrednictwem przedmiotów (oddziały noworodkowe)
Identyfikacja nosicielstwa
paciorkowce typu A – wymaz z gardła, pochwy, odbytu
Personel u którego potwierdzono zakażenie S. pyogenes (zmiany skórne, zapalenie gardła) – ograniczenie kontaktu z pacjentem, jego otoczeniem i żywnością do 24h po wdrożeniu właściwego leczenia.
Głównie zakażenia endogenne!!
Przewód pokarmowy
Pochwa (flora fizjologiczna)
Zakażone przedmioty
Jama nosowo-gardłowa
Drogi żółciowe
Rany, u pacjentów z zaburzeniami krążenia i cukrzyków
Czynnik etiologiczny błonicy gardła, krtani, tchawicy, skóry, sromu i pępowiny noworodków.
BEZWZGLĘDNIE CHOROBOTWÓRCZE!
Bacillus anthracis – czynnik etiologiczny wąglika
Zakażenie przez uszkodzoną skórę, bardzo rzadko przez wdychanie lub spożycie bakterii
Zoonoza – (B. anthracis to drobnoustrój glebowy, zwykle zakaża zwierzęta trawożerne – kozy, owce)
Bacillus cereus
Obowiązek 7 dniowej obserwacji
Chorzy nie wymagają izolacji, transport bez szczególnych zaleceń
Do dezynfekcji używamy preparatów o aktywności sporobójczej
U pacjentów ze zmianą skórną wąglika – rękawiczki
C. perfringens
C. tetani
C. botulinum
C. difficile
Clostridium perfringens - jest głównym czynnikiem etiologicznym choroby zwanej zgorzelą gazową. Jest to martwica mięśni lub tkanki łącznej z wytworzeniem gazu. Nieleczona prowadzi do śmierci spowodowanej toksemią i szokiem.
Środowisko (głównie gleba) – przez uszkodzone tkanki i uszkodzone naczynia krwionośne zaopatrujące mięśnie
Sprzęt zanieczyszczony przetrwalnikami
Związanie z niesterylnymi niciami chirurgicznymi
W warunkach szpitalnych infekcje występują u chorych z cukrzycą
U leżących z częstymi infekcjami pośladkowymi
W kikucie kończyny po amputacji
Izolacja pacjentów z zakażeniem ran – przestrzeganie zasad obowiązujących przy izolacji kontaktowej.
Częsta wymiania bielizny i pościeli (umieścić w podwójnym worku i opisać jako skażoną).
Do dezynfekcji stosować preparaty o aktywności sporobójczej.
Ziarniaki
Neisseria spp.
Moraxella catarrhalis
Pałeczki
Wysokie
Haemophilus spp.
Niskie
Enterobacteriaceae
Pałeczki niefermentujące
Neisseria meningitidis
Bezwzględne tlenowce
Flora fizjologiczna jamy nosowo-gardłowej człowieka (bezobjawowe nosicielstwo)
Przenoszone z wydzielinami dróg oddechowych
Stanowią czynnik etiologiczny zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych, sepsy meningokokowej, zespołu Waterhouse'a-Friderichsena.
neisseria gonorrhoeae
Bezwzględne beztlenowce
Bardzo wrażliwe na czynniki zewnętrzne
Nie ma zjawiska nosicielstwa u zdrowych ludzi, jednak może wystąpić zakażenie bezobjawowe (u około 90 % kobiet, 40 % mężczyzn)
Stanowi czynnik etiologiczny rzeżączki:
Rzeżączka narządów płciowych
zapalenie cewki moczowej,
szyjki macicy,
odbytu,
jamy ustnej, gardła (seks oralny)
rzeżączka rozsiana: bakteriemia
niedobory odporności
zapalnie stawów
zapalenie spojówek (u noworodków)
droga zakażenia – stosunek płciowy, zakażenie okołoporodowe.
Haemophilus influenzae – pałeczka grypy
Wyróżniamy 6 serotypów otoczkowych a-f (właściwości antygenowych)
Kolonizuje górne drogi oddechowe
Stanowi czynnik etiologiczny zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych, ostrego zapalenia nagłośni, zapalenia płuc
Monotypowy rząd i rodzina Gram-ujemnych bakterii jelitowych o kształcie pałeczek, niesporulujące, fermentujące glukozę i tworzące kwas.
Escherichia
Shigella
Proteus
Salmonella
Klabsiella
Yersinia
Względne beztlenowce
Nie wytwarzają przetrwalników
Rosną na podłożach zwykłych
Posiadają lipopolisacharyd
Fermentują glukozę
Przewód pokarmowy człowieka (E. coli, Klabsiella)
Kolonizacja błon śluzowych, skóry (E. coli)
Kolonizacja środowiska (E. coli)
Gleby
Wody
Środowiska wilgotnego
GŁÓWNIE ZAKAŻENIA ENDOGENNE
Antybiotykoterapia (zwłaszcza użycie cefalosporyn)
Zwiekszona podatność na zakażenie (noworodek)
Wcześniejsza kolonizacja
Rozważne stosowanie antybiotyków
Wczesne wykrywanie nosicielstwa
Stosowanie zasad izolacji barierowej, zwłaszcza odpowiedniej higieny rąk
Ogniska epidemicznych zakażeń wywołane przez szczepy ESBL (+) (beta-laktamazy o rozszerzonym spektrum działania) występują głównie na oddziałach:
Noworodkowym
Hematologicznym
Onkologicznym
Salmonella
S. typhi – wywołuje dur brzuszny
S. parathypi – wywołuje dury rzekome
Shigella
Czerwonka (dysenteria) – ostre zapalenie jelit
Yersinia
Y. pestis (pałeczka dzumy)
Rodzaj: Pseudomonas, Burkholderia, Stenotrophomonas, Acinetobacter
Tlenowce (większość gatunku Pseudomonas) lub bezwzględne beztlenowce
Nie wytwarzają przetrwalników
Rosną na podłożach zwykłych
Wzrastają w temperaturze 35 – 37oC
Posiadają LPS (lipopolisacharyd)
Nie fermentują glukozy i innych cukrów
Wytwarzają oksydazę
Środowisko wilgotne (nawilżacze, sprzęt do odsysania, żywność, antyseptyki, kremy, emulsje do rąk, miednice, mopy, szmatki, zakraplacze, butelki na krople do oczu wielokrotnego użytku)
Ludzie zdrowi: kolonizacje skóry (miejsca wilgotne), górne drogi oddechowe, jelito grube
Chorzy (zwłaszcza z zakażeniem rany)
Izolacja lub kohortacja zakażonych
Pobranie materiałów od osób zakażonych
Pobranie próbek środowiskowych (preparaty używane w leczeniu np. krople do oczu, woda destylowana, roztwory środków dezynfekcyjnych)
JEŻELI W ŚRODOWISKI STWIERDZONO PSEUDOMONAS AERUGINOSA:
Pobrać kał luz wymazy z odbytu pacjenta
Kontrola stosowanych procedur aseptycznych i antyseptycznych
Rozważanie ograniczenia przyjęć do oddziału lub zamknięcia czasowego
Analiza stosowanej antybiotykoterapii.
I. Zasada działania.
Pasek impregnowano odczynnikiem na i kwasem askorbinowym. Bakterie wytwarzające oksydazę, w obecności tlenu atmosferycznego i cytochromu c utleniają fenylodiaminę do indofenolu. Kwas askorbinowy, jako czynnik redukujący, zapobiega jego samoutlenianiu, co poprawia stabilność testu.
II. Procedura.
Nanieść na pasek kilka kolonii badanych bakterii. Pojawienie się w ciągu kilku sekund ciemno fioletowej barwy w miejscu naniesienia bakterii świadczy o obecności oksydazy.
Test wykrywa oksydazę cytochromową u Pseudomonas spp, Neisseria gonorrhoeae, Campylobacter jejuni.