Metabolity wtórne - produkt metabolizmu (przemian chemicznych zachodzących w organizmach) wytwarzane tylko u pojedynczych gatunków lub grup spokrewnionych gatunków, albo tylko w niektórych tkankach lub szczególnych warunkach środowiska
Metabolity wtórne są często środkami oddziaływania ze środowiskiem -
substancjami obronnymi i ochronnymi (zwalczającymi drobnoustroje, utrwalającymi martwe komórki drewna, chroniącymi tkanki przed nadmiernym wysychaniem lub oświetleniem). Często wykazują aktywność biologiczną i wiele poznanych znalazło zastosowanie jako leki, nutraceutyki, kosmetyki lub nawet środki owadobójcze (insektycydy).
Metabolity pierwotne = podstawowe składniki komórek, spotykane niemal u wszystkich organizmów