BIOLOGIA MOLEKULARNA
1.Mamy jednoniciowe z 200 nukleotydami o składzie [%], bufor z Mg, polimerazę DNA, [γ-32P]dATP i pozostałe dNTP. Dysponujemy komplementarnym starterem do 20 reszty matrycy od konca 3. Jaka ilość w nowo zsyntetyzowanej nici DNA będzie mieć znakowany fosfor ?
Odp. 20/200= 1%
2. Jak aktywność posiadaja odwrotna transkryptaza retrowirusy ?
Odp. Polimeraza DNA zależna od RNA i polimeraza DNA zależna od DNA. Hybryd DNA-RNA, hydroliza RNA aktywności RNA-zowej
3.Bakteria hodowano ze źródłem azotu 15N nastepnie przeniesiono do środowiska z 14N , a po jednym pokoleniu znowu do 15N. Jakiego DNA można się spodziewac?
Odp. I 100%ciezkie, II 100% srednie, III 50% srednie, a 50% ciezkie
4. Gdzie znajduje się urydyno-5-fosforan ?
Odp. Nie ma go ani w RNA ani w DNA.
5. Przepływ informacji (zaczynamy od DNA)
Odp. a)Białka … powoduja translacje mRNA
b) tRNA powstaje w wyniku transkrypcji DNA (bo jest kodowany w DNA-bezposresnio z pre-mRNA
c)mRNA organizmow Eukariotycznych nie zawiera intrpnow, a pre-mRNA ma je.
6. Dany jest cDNA i trinukleotyd ATg kodujący `start'
AgCCACATAgCgA matryca
TCggTgTATCgCT kodujaca
Która nic jest matrycowa, a która kodujaca ?
Która tworzy przejsciowa hybryde RNA-DNA ? odp. matrycowa-gorna
Jaka sekwencje na powstający transkrypt ? odp. UCgCUAUgUggCU
7. Polimerazy DNA I i DNA III
Usuwaja starter i wypeniala puste miejca - NIE
Wymagaja startera - TAK
Aktywność nukleazowa 5 - 3 NIE
Obie sa w nukleoplazmie - NIE
Uczestnicza w transkrypcji DNA
8. Organizmy z Marsa. Posiadaja tylko 14 aminokwasow kodowanych podobnie jak ziemskie kodon XXXX, gdzie X = A,T. TTTT = stop, TTTA= nie znany kodon
Szukamy nieznanego kodonu.
Odp. Jeśli to kodon stop, to jest to kod uniwersalny NIE
Kod ten może być zdegenerowany jeśli nieznany kodon koduje aminokwas z tabelki
Antykodon komplementarny do `stop' to : TAAA
Gdy nie znamy kodonu to możemy powiedziec czy jest zdegenerowany czy nie NIE
9. Geny u Eukariota
Większość genow jest nieciagla, bo zawiera introny TAK
10. Czy uda nam się przeprowadzic PCR gdy denaturacja w zbyt niskiej temperaturze, hybrydyzacja w zbyt wysokiej?
Odp. NIE
11. Mamy dinukleotyd d(AGCATA) jak go możemy znakowac?
Odp. Trzeba mieć : odpowiedni bufor, kinaze polimerazowa, [γ-32P]dATP
12. Metoda badan Sangera.
Odp. Odcztac od dolu do gory, czyli 5-3. Napisac nic komplementarna=matrycowa i zapisac ja od 5-3.
13. Biochemiczna Kasia chciala zamienic kodon Cys: TGT,TGC na kodon Ala: GCT, GCC, GCA, GCG. Fragment DNA to :
5- CGG CCG GAA TGC GTC GTC CCG -3 kodujaca
3- GCC GGC CTT ACG CAG CAG GGC -5 matrycowa
Odp. wybrac starter hybrydyzujący z matryca zamieniając kodon Cys na Ala
14. Co potrzebujemy do PCR:
Odp. dNTP, startery, polimeraza DNA odporna na temperature, Mg 2+, matryca
15. Ligaza ze zwierzat
Zrodło energii : ATP
Czy bierze udzieal w naprawie DNA: TAK
Czy bierze udzial w syntezie DNA: TAK
Laczenie jednoniciowego DNA w kolo: NIE
Wiazanie fosfodiestrowe 5P 3OH : TAK
Zuzywa 2 wiazanie wysokoenergetyczne : TAK
16. mamy hybryd 19 ° , prawoskretna, waski i gleboki rowek to:
Odp. hybryd DNA-RNA, ssRNA, A-DNA
17. Podjednostka δ
Zdolność inercji transkrypcji w miejscach paromotorowych: TAK
Znajduje się w polimerazie do paromotorowych rejonow RNA: TAK
Oddysocjowuje od enzymu: TAK
Ulatwia terminacja: NIE
18. Ogony poliA
Dolaczone przy udziale ligaz: NIE
Kodowane fragmenty polideoksyadenylanu: NIE
Dodawane przez polimerze poliA: TAK
Zuzywane ATP: TAK
19. Bialka rybosomowe
Powstaja w wyniku translacji rRNA: NIE
rRNA katalityczna i strukturalna funkcja
20. Czy cDNA powstaje w odwrotnej transkryptazie mRNA?
Odp. TAK
21. W mRNA introny sa?
Odp. wycięte
22. Replikaza RNA to
Odp. polimeraza RNA RNA zalezna
23. Czy prymaza syntezuje krotki fragment DNA? NIE
Czy DnaA przylanczaja do „+” superhelikalnego skretu: NIE
24. Naprawa dimeru trinukleotydowego (pirymidynowych?)
25. Rho
Aktywowane przez jednoniciowe RNA
Rozpoznaje sekwencje w matrycy DNA : NIE
Czy dziala helikaza DNA-RNA: TAK
Posiada niekodujace sekwencje
26. Które z następujących zdan okresla podwojna helise DNA typu WC
a) + dwa polinukleotydowe łańcuchy sa zwinieta wokół wspolnej osi
b) - tworzy pary A-C i G-T
c) + helisa ma pelny obrot o 34 st. Bo kazda para obraca się o 36 st. Względem sąsiedniej pary zasady i oddaloneo 3,4 A
d) + puryny i pirymidyny znajduja się w wewnętrznej stronie helisy, a szkielet fosfodiestrowy na zewnatrz
e) + sklad zasad analizowany z DNA wielu organizmow pokazuje ze ilość A i T jest rowne, tak jak ilość G i C
f) - można zmieniac sekwencje w jednej nici niezależnie od drugiej nici
27. a) podwojna nic DNA: sztywny pret, w specyficznej temperaturze pokazuje efekt kiper hroniczny, zawiera rone ilości zasad T i A
b) pojedyncza nic DNA: latwo reaguje z form aldehydem, zawiera rozne ilości G i C
28. polimeraza DNA I wymaga:
Odp. matrycy, dNTP, Mg 2+
29. Transkrypcja to przeply informacji :
Odp. DNA do RNA, RNA do DNA
30. Co jest wymagane do replikacji polimerazy RNA zaleznej od DNA, do produkcji transktyptu RNA:
Odp. ATP, CTP, GTP, UTP, Mg 2+, sekwencja terminalna (koncowa)
31. Jakie funkcje sa charakterystyczne dla tRNA:
Odp. zawiera antykodon,
może być polaczony z aminokwasem wiazaniem estrowym,
oddzialywuje z mRNA na drodze translacji,
może posiadac rozna liczne roznych sekwencji,
sluzy jako polaczenie miedzy mRNA a pojedynczym aminokwasem
32. Które reagenty bedauzyteczne do uwidacznienia fragmentow restrykcyjnych DNA, wyseparowanych i rozdzielonych przez elektroforeze w zelu agarozowym i pozostawione mokre w zelu?
Odp. bromek etydyny
- kiedy such zel to jeszcze: kinaza polinukleotydowa, [α-32P]ATP
33. Chemiczne syntetyzowane oligonukleotydy mogą być użyteczne:
Odp. do syntezy genow,
tworzenia łączników,
wprowadzania mutacji w klon DNA,
jako primer do sekwencjonowania DNA,
jako sonda do hybrydyzacji
34. Wprowadzenie genu w srodek wektora, który zawieraz odporność na antybiotyk to:
a)- prowadzi do przeniesienia odporności lekow
b) + jest nazywane inaktywacja inercyjna
c) + powoduje czułość komorki na antybiotyk
d) + może być uzywany di identyfikacji bakterii zawierających wektor z fragmentem DNA
e) - jest metoda niszczenia patogenicznych bakterii
35. Bardzo dlugi odcinek DNA z genu Eukariota ( > 100 kb)
a) - może być pakowany w fag
b) + może być wydzielana z chromosomow sztucznych drozdzy
c) - musi posiadac konce kohezyjne do klonowanie
d) + może być analizowany przez wędrówkę wzdłuż chromosomu
e) - mogą być wyseparowane przez elektroforeze w zelu polikryloamidowym
36. Technika PCR
a) + wykrywa bardzo male ilości bakterii i wirusow
b)- wprowadzanie normalnych genow do zwierzat posiadających uszkodzony gen
c) + bada DNA w archeologicznych probkach
d)+ monitoruje przebieg chemioterapii pewnych nowotworow
e) + identyfikacja zgodności genetycznych w analizowanych probkach. (test na ojcostwo)
37. A-DNA
Prawoskretna helisa,
Ma strukture podobna do podwojnej helisy RNA
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
38. B-DNA
Ma stosunkowo szeroki i gleboki rowek
Ma prawoskretna helise
Ma 10,4 zasad na skret
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
39. Z-DNA
Fosforany w szkielecie sa zygzakowate
Faworyzuje ujemne superhelisy
Nici w helisie maja przeciwne zwroty
40. Ligaza DNA
a) + katalizuje tworzenie się wiazania 3OH i 5P
b) + wymaga kofaktora NAD+ albo ATP zalezne od zrodła enzymu, dostarcza energii do tworzenia wiązań fosfodiestrowych
c) + mechanizm katalizowanej reakcji wymaga utworzenia związania kowalencyjnie enzym-adenylan
d) + katalizuje reakcje przez mechanizm który wymaga aktywacji fosforanem DNA przez formowanie wiazania fosfobezwodnikowego z AMP
e) + wymagana w replikacji DNA naprawy i rekombinacji
41. Topoizimeraza
a) + zmieniaja liczbe miejsc wiążących topoizimerow
b) + przerywaja i powoduja relaksacje wiązań fosfodiestrowych
c) - wymagaja NAD+ jako kofaktora do dostarczenia energii kolistych czasteczek w formy zrelaksowane
d) + tworzy kowalencyjny intermediat z substratem DNA
e) + mogą w szczególnym przypadku używać ATP do tworzenia ujemnej suprhelikalnego DNA z formy rozluźnionej
42. Polimeraza DNA I
Wymagana w naprawie DNA
Wymagana w replikacji
Potrzebuje primera i matrycy
Usuwa primer i wypełnię szczeliny podczas replikacji
43. Polimeraza DNA II
Potrzebuje primera z 3OH wolna i matrycy
Wymagana w naprawie DNA
Posiada aktywność nukleazowa 3-5
44. Polimeraza DNA III
Wymagana w replikacji
Potrzebuje primera i matrycy
Tworzy najwięcej DNA podczas replikacji
Posiada aktywność nukleazowa 3-5
45. Widelki replikacyjne - miejsce zrelaksowanego DNA
46. oriC - miejsce zrelaksowanego DNA, wiaze bialka dnaA, dnaB, dnaC, jest produktem inicjacji syntezy
47. nic opozniona - jest syntetyzowana nieciagle, kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych
48. nic prowadzaca - jest syntetyzowana ciagle
49. fragmenty Okazaki - sa syntetyzowane ciagle, kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych
50. helikaza DnaB - rozwiązane nici pochodzące z replikacji w powiazaniu z bialkami dnaA i dnaC
51. bialko wiążące pojedyncza nic SSB - stabilizuje rozwiniety DNA
52. gyraza DNA - łagodne dodanie superskretu, hydroliza ATP zmniejsza liczbe oplecen DNA
53. prymasa - polimeraza RNA
54. holoenzym polimerazy DNA III - syntetyzuje większość DNA
55. podjednostka ε polimerazy DNA III - wykonuje `czytani i sprawdzanie' większości syntez DNA
56. polimeraza DNA I - kierunek syntezy jest przeciwny do kierunku widelek replikacyjnych, wypełnię przerwy gdzie RNA wystąpił, zawieraz egzonukleaze 5-3
57. ligaza DNA - laczy konce nici opóźnionej ze soba, wykorzystuje NAD+ do wtorzenia wiązań fosfodiestrowych
58. Mutacje:
5-bromouracyl - tranzycja
2-amonipuryna - tranzycja
Hydroksyamina - jednokierunkowa tranzycja
Akrydyna - inercja lub delecja
Kwas azotowy - tranzycja
Światło ultrafioletowe - blokada replikacji
59. Naprawa DNA uszkodzonego światłem ultrafioletowym
1. uvrABC enzym rozpoznaje uszkodzenia w helisie DNA wywolane dimerem tymidynowym
2. enzym fosforeaktywny absorbuje światło i odcina dimer tymidynowy w celu odtworzenie dwoch sasiednich reszt tyminy
3. uvrABC enzym (egzonulkeaza) hydrolizuje wiazanie fosfodiestrowe
4. polimeraza DNA I wypelnia przerwy wytworzone przez usuniecie oligonukleotydu utrzymuje dimer tymidynowyo 5. ligaza DNA zamyka nowosyttetyzowana nic do nieuszkodzonej DNA utworzyc nienaruszalna molekule.
60. Podjednostki polimerazy RNA :
α wiaze bialko regulatorowe
β wiaze trifosfanow rybonukleotydow
β wiaze matryce DNA
σ odszukuje miejsca promotorowe, pomaga zainicjowac synteze i oddysocjowuje od enzymu
61. Miejsca promotorowe E.coli
a) + mogą wykazywac rozna wydajność transkrypcji
b) + dla wkiekszosci genow zawiera rozne zgodne sekwencje
c) + okresla strone startu dla transkrypcji na matrycy DNA
d) - maja identyczne i określone sekwencje
e) - sa aktywne kiedy G lub C sa zamienione w ich -10 rejon w czasie mutacji (mutacja powoduje utrate aktywności)
f) + te które maja sekwencje prawie zgodne z sekwencjami zgodnymi i sa separowane przez 17 par zasad sa bardzo wydajne
62. Bombel transkrypcyjny
a) + czesc polimeryzacje enzymu
b) - podjednostka σ (utrata tej podjednostki, bo wtedy rdzen silniej się wiaze do matrycy DNA)
c) + w przybliżeniu 17 nukleozydow nici kodującej DNA w formie pojedynczej
d) - w przybliżeniu 12 nukleozydow konce 5 lini wydłużającej się RNA
e) + w przybliżeniu 12 bp helisy DNA-RNA
63. Polimeraza RNA I
Jest zlokalizowana w jąderku
Tworzy prekursory 18s 5,8s 28s rRNA
Syntezuje RNA w kierunku 5-3
Jest zbudowana z kilku podjednostek
64. polimeraza RNA II
Jest zlokalizowana w nukleoplazmie
Tworzy prekursorowi mRNA
Silnie inhibowany przez amanityne
Syntezuje RNA w kierunku 5-3
Jest zbudowana z kilku podjednostek
Ma podjednostke z powtarzalna sekwencja aminokwasow regulowana w fosforylacji
65. Polimeraza RNA III
Jest zlokalizowana w nukleoplazmie
Tworzy prekursorowi tRNA
Tworzy 5s rRNA
Syntezuje RNA w kierunku 5-3
Jest zbudowana z kilku podjednostek
66. I grupa splicingowa
Reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
Wymaga nukleozyd guanozowy albo nukleotyd
67. II grupa splicingowa
Wymagane wiazanie 2-5 fosfodiestrowe
Reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
Spliceosom jest wymagany
Produkt pośredni o kształcie lassa
68. Splicing mRNA
Wymagane wiazanie 2-5 fosfodiestrowe
Reakcje transestryfikacji zrywania i tworzenia wiązań
Spliceosom jest wymagany
Produkt pośredni o kształcie lassa
snRNPs sa wymagane
69. Splicing eukariotyczny tRNA
Aktywności ligazy i nukleazy sa potrzebne
II KOLOKWIUM
1.Miejsce wazne w splicingu spliceosomu
Gr 2OH atakuje: NIE
Gr adenylo-2OH atakuje: TAK
E1 tworzy lasso: NIE, bo intron
3OH E1 atakujeE2: TAK
5OH E1 atakuje E2: NIE
Zajdzie splicing
To nie skroci produktu
Powstanie takie samo bialko
2.Gdzie zachodzi aktywny splicing przez spliceosomy
ATP nie ma nic wspolnego
Tworzy się lasso
3. Nukleosomy (eukariota)
+Element wchodzący w sklad chromosomow
+upakowane DNA
- DNA jest otoczony przez histony (jest odwrotnie)
+ rdzen 140 pz
+ rdzen ma 4 rodzaje histonow (jest ich 8)
+ nulkeosomy scisle upakowane
4. splicing Tethahy..
+ potrzebny kofaktor GTP, GDP
+ kofaktor atakuje miejsce 5i traci PPi z konca 5
+ kieszen (zawiera czasteczki prekursorowego RNA)
+ nie potzrba ATP
- kofaktor atakuje miejsce 3
5. Oczyszczony preparat w 3 probowkach:
1. bufor, preRNA
2. bufor, rybonukleotyd
3. ekstrakt komorkowy,
Wszedzie zajdzie splicing
6. Kompleks cAMP-CAP
+ chroni przez DNAza -87 do -47
- po jego związaniu do atenuatora trp może być transkrypcja genow struktury (nie wiaze się do miejsc atenuatora)
- represor transkrypcji (aktywator)
+ w operonie ora wpływa na geny struktury
- chroni miejsca -48 do -5
+ w obecności ara wpływ na geny struktury
7. Bialko C operonu ara
+ wiaze z araO1 hamujac transkrypcje genu
- wiaze araO2 aktywuje geny struktury
+ w obecności cAMP-CAP geny struktury operonu i związanie arabinozowego do araO1 i araI
+ powoduje wypetlenie gdy zwiaze się z araO2 i araI
- wiaze się specyficznie z DNA w obecności arabinozy
8. Bakteriofag λ
+ syntetyzuje tylko represor λ w bakterii lizogenicznych
+ ssDNA = recA oddzialywuje z nim także represor λ
+ zostaje uwolnione z chromosomu bakteryjnego z kompleksu rexDNA
+ gdy nic nie atakuje zmienia to w fazie lizogenicznej jest on obecny z uwagi na represor który ulega autoregulacji
+ profag (DNA) jest także lizogenicznej gdy nie aktywuje zmiany bo represor λ
+ cro wiaze się do or3 i wtedy hamuje represor (gen c1)
- bialko cro związany z or1 to hamuje synteze represora
9. Operon arabinozowy
+ konstutywna synteza bialka C
+ w obecności cAMP-CAP i arabinozy nie da się zapętlić
- cAMP-CAP i araboni. może przeprowadzac transkrypcje genow struktury, nie znacznie obniżają szybkość (nie da się powiedziec jak jest naprawde)
- może syntezowac ara przy wykorzystaniu bialek powstałych z bialek struktury
10. Odcinek liderowy mRNA
- w obrebie genu trpD
+ transkrypcja operonu trp kontrolowana atenuatorem
+ krotki transkrypt liderowy konczy sekwencja poliU
+ reszty trp obecne obok siebie
+ niedobor trp bo brak tryptofanylo-tRNA rybosom zatrzymuje na kodujących trp
+ rybosom zatrzymuje tak ze transkrypcja ponizej atenuatora
+ koduje krotki peptyd testowy z 2 resztami trp
11. tRNA
+antykodon i miejsce wiazania aminokwasu na przeciwległym koncu
+ zawiera od 70-90 nukleotydow
+ duza czesc jest sparowana
+ CCA na koncu 3
+ wiele zmodyfikowanych nukleotydow
- zawiara ACC gdzie przyłączone aminokwasy (nie bo CCA)
- zudowany z heliakalnych końców tworzących litre U
12. Translacja mRNA u eukariota
- formylometionylo-tRNA rozpoczyna lancuch
?- kodon AUG wybierany przez parowanie rejonu mRNA
- mala podjednostka powyżej miejsca transkrypcji
+ konczy czynnik uwalniający (u prok one hydrolizuje GTP)
+ biora udzial bialka wiążące z 5mRNA i inne czynniki inicjujące
+ może być regulowane przez kinazy białkowe
13. Translacja
+ aminokwasy dodawane do N-konca
+ aminokwasy aktywowane przez przyłączenia do tRNA
+ rozpoczęcie na kodonie przez specyficzne pre tRNA i kodonu
+ wiazanie peptydowe aminoacylo-tRNA miejsce A a reszta peptydylowa miejsca P
+ ….. od Estery
14. Dostępne mutanty: i+ typ dziki
ic konstytutywna mutacja
is niewrażliwy na atak
o+ sekwencja dzikiego typu
oc mutacja konstytutywna
z+ sekwencja dzika
mutacja konstytutywna = nieregulowana, prowadzi do konstytutywnej aktywności
ic o+ z+
sekwencja nietypowa(nieregulowana) nie ma represora, bo substancja nieaktywna, -, niewrazliwa na laktoze = konstytutywna ekspresja zachodzi
is o+ z+
niewrazliwa na laktoze bo ona nie jest zwiazana, -, laktoza jest obecna i tak (jest represja bo nie ma laktozy lub IPTG który …… represor)
i+ oc z+
ic o+ z+
represor nierozrozniany, typ dziki
is o+ z+
typ dziki, bo z dominujący, brak syntezy genu
ic nie jest dominujący względem i+
1,2,3 ich synteza nie zalezy od laktozy
2 nie zalezy od IPTG
4 ma fenotyp typu dzikiego, lambda represor w układzie trans
15. Inicjacja translacji u prokariota
+ aminoacylo-tRNA wiaze się do miejsca P
- IF2 oddzialywuje z podjednostka duza
+ IF2 zdolny do hydrolizy GTP dzieki czemu dostarcza energii do translacji
- IF1 i IF3 dostarczaja aminoacylo-tRNA do rybosomu
- tRNA komplementarny do dużego segmentu
16. Translacja mRNA u prokariota
+ mRNA policistronowe
+ miejscem translacji jest kodom met AUG za sekwencja bogata w puryny komplementarna do 16s tRNA
- czynniki elongacyjne EF-Ts i EF-Tu
- formylimet-tRNA powstaje w reakcji
- EF-Ts wiaze nukleotyd podlegający hydrolizie
+ Tu oddzialuje z tRNA oprocz fmet-tRNA
17. Syntetaza aminoacylo-tRNA
- estry aminokwasow syntetyzowane na koncu 3 tRNA
- reakcja katalizowana I etepowa (nie bo II etepowa)
+ produkt przejściowy którego gr karboksylowa tworzy wiazanie bezwodnikowe z ortofosforanem
+ większość syntetazy ma walsciwosci korekcyjne
- wszystkie syntetazy rozpoznaja tRNA oddzialywuja z petla antykodonu
- potrzebne ATP
18. Rybosomy
Prokariota:
30s: 16s RNA, 21 bialek
50s: 5s i 23s RNA, 34 bialka
Eukariota:
40: 18s RNA
60s: 5s 5,8s 28 s RNA
19. Histony
- 140 par zasad otacza 8 bialek pistonowych
- bialka aktywatorami transkrypcji podjednostek
+ replikacja eukariotycznego chromosomu to kilka widelek
+ bialka kodowane przez pojedyncze kpie genow
+ sekwencje powtórzeniowe to znaczny % Dna eukariotycznego
+ silnie zasadowe bialka, ładunek `+'
+ bialka histonowe H1, H2A, H2B, H3, H4
- H1 rdzen nukleosomu
+ geny kodujące histony wielokrotnie powtorzone
- mRNA histonowe ulega adenylacji
- histony nie maja intronow
+ histony wiaza się z nicia wodzaca
20. bialka zaangażowane w regulacje transkrypcji
- musza aktywowac polimerze DNA (może!)
- musza aktywowac polimerze RNA (może!)
- musza mieć zdolność wchodzenia do jaderka
- mogą się wiazac do DNA w bialkach pecherzyja
- musi wiazac się do histonow (może!)
+ zdolność wchodzenia do jadra (ale tylko u Eukariota)
21. kontrola ekspresji genow
+ alternatywny splicing
+ sekwencje doprowadzające mRNA
+ rozluźnienie struktur upakowanych
+ regulacja tworzy kompleks inicjujacy transkrypcje
- … polipeptydow
22. Kontrola ekspresji genow u Eukariota
+ geny w rozluźnionej chromatydzie nieaktywne, zanim nie zostana zaktywowane
- eukariotyczna polimeraza RNA samodzielnie transkrybuja mRNA
+ aktywator i represor działają przez zmiany tworzenia kompleksu inicjującego
- wiekszosc genow znajduje się pod kontrola jednego aktywatora i represora (nie bo jest ich wiele)
+ pufy aktywuja transkrypcje, luzno struktura
23. Telomerazy
+ nie uzupełnię nici opóźnionej
+ odwrotna transkryptaza 5-3
+ RNA jest matryca (nie starerem)
+ syntezuje nic w kierunku 5-3
+ wymaga matrycy
+ syntezuje nic bogata w G
- ma aktywność polimeraza RNA
24. Represor λ
- wiaze jako monomer
- ma miejsce wiazanie ara
+ wiaze specyficznie do sekwencji DNA rozpoznawanych przez bialko cro
+ rozne powinowactwo do miejsc OR
- rozne powinowactwo przez bialko lex A (nie bo rex A)
25. Splicing alternatywny
+ segregacje selektywna RNA
+ regulacja kompleksu inicjującego translacje
+ przetasowanie ekspresji genow
26. β - galaktozydaza
+ obecny w roznych stężeniach zalezne od źródła wegla uwywanego do wzrostu
+ jest produkowana z jednostki genu zwanej operonem
+ hydrolizuje wiazanie 1,4 β oligosacharydy laktozy i tworzy galaktore i glukoze
+ tworzy wiazanie 1,6 β oligosacharydu allolaktozy
- jest allosterycznie aktywowana przez niemetaboliczny składnik IPTG (izopropylotiogalaktozyd)
+ jej poziom wzrasta w koordynacji z primazy galaktozydowej acetylofransferazy tiogalaktozydowej
27. Operon laktozowy
i - koduje bialka które zakloca aktywność polimerazy RNA
- koduje bialko wiążące allolaktore
- jest genem regulatorowym
- koduje represor lac
p - jest promotorem lac operonu
- zawiera specyficzne sekwencje wiazania dla polimerazy RNA
- zawiara miejsce wiazania dla kompleksu cAMP-CAP
o - jest operonem lac
- zawiera specyficzne sekwencje wiazanie dla represora lac
z - koduje bialko wiążące allolaktore
y i a - koduje premaze galaktozydowa
- koduje represor lac
miejsce wiążące CAP - zawiara miejsce wiazania dla kompleksu cAMP-CAP
28. Bakteriofag λ w fazie litycznej
+ syntetyzuje 3 rozne klasy mRNA które sa wyznaczane poprzez czas po infekcji ich pojawienia
+ niosa programowana synteze bialek potrzebnych do replikacji genow i produkcja ich strukturalnych komponentow
+ tworza produkty genow N i Q które działają jako bialka regulacji pozytywnej, prowadzace sekwencyjna λ- kodującego bialka
- początkowo produkuje dwoe czasteczki jadra, pelni role inhibitora syntezy λ represora, a iina gra role konca transkrypcji
+ N i Q zapobiagaja konca transkrypcji
+ N powoduje produkcje bialka niezbędnego do replikacji DNA faga i rekombinacji
+ Q potrzebne gdy sa transkrybowane geny bialka glowki i ogonka wirusa oraz bialka konieczne do lizy komrki gospodarza
29. Operon Trp
+ kontrola ilości policystronowego mRNA tworzącego na poziomie inicjacji transkrypcji
+ kontrola ilości policystronowego mRNA tworzącego na poziomie terminacji transkrypcji (atenuator sygnal terminacji)
+ sekwencja i skoordynowana produkcja 5 enzymow metabolizmu tryptofanowego z pojedynczej nici RNA
- sekwencja i skoordynowana produkcja 5 enzymow metabolizmu trptofanowego z 5 roznych mRNA produkujących w roznych stężeniach
+ produkcja transkryptow roznych rozmiarow zalezna od poziomu tryptofanu w komorce
30. RNA liderowy operonu trp
+ mutacja delecji w DNA kodującym 3 koniec RNA daje powod do wzrostu poziomu biosyntezy enzymow biosentyzowanych przekształcających trp
+ krotki otwarcie ramki odczytu zawierającego kodon trp , wśród innych istnieje wewnątrz literowego RNA
+ liderowy RNA koduje peptyd którego zdlonosc syntezy monitoruje poziom trp-tRNA w komorce
- liderowe RNA zawiera wiazanie rybosomowe Shinego-Dalgaro ( nie bo sa dwie sekwencje)
+ liderowy RNA może tworzyc dwie alternatywne i wzajemnie wykluczające się drugorzędowe struktury
+ struktura literowego RNA In vivo zalezy od pozycji rybosomy translacyjnego go
31. lac represor - wiaze sekwencje DNA z rejonami o podwojnej symetrii
- przeszkadza w funkcjonowaniu plimerazy RNA przez związanie z DNA
λ represor - wiaze sekwencje DNA z rejonami o podwojnej symetrii
- przeszkadza w funkcjonowaniu plimerazy RNA przez związanie z DNA
- efekty regulatorowe sa antagonizowane bialkiem rho
- inaktywowane przez recA
- reguluje wlasna synteze
- wspodziala z powtarzalna sekwencja wariantow z ich operonami
- stymuluje inicjacje transkrypcji
- bierze udzial jako pozytywny i negatywny regulator
trp represor - wiaze sekwencje DNA z rejonami o podwojnej symetrii
- przeszkadza w funkcjonowaniu plimerazy RNa przez związanie z DNA
kompleks cAMP-CAP - wiaze sekwencje DNA z rejonami o podwojnej symetrii
- stymuluje transkrypcje roznych operonow katabolicznych
- stezenie zalezy od poziomu glukozy
- stymuluje inicjacje transkrypcji
bialko araC - reguluje wlasna synteze
- bierze udzial jako pozytywny i negatywny regulator
- przeszkadza w funkcjonowaniu plimerazy RNA przez związanie z DNA
- stymuluje inicjacje transkrypcji
bialka N i Q λ - stymuluje transkrypcje przez stlumienie terminacji transkrypcji
atenuator operonu trp - wymaga syntezy bialka do funkcjonowania
- zaley od ściśliwości powiazanie transkrypcji i translacji
- oddzalywuje przez poziom aminoacyloacylo-tRNA w komorce
- wymaga rybosomow
bialka rybosomalne - wymaga rybosomow
- kontrolowany przez represje translacyjna
- reguluje wlasna synteze
- oddzalywuje przez poziom aminoacyloacylo-tRNA w komorce
rRNAs i tRNAs - wymaga rybosomow
- oddzalywuje przez poziom aminoacyloacylo-tRNA w komorce
- wymaga PPPP
rekombinowany hin - przeksztalca orientacje promotora w stosunku do represora genu
- lamie i rozdziela wiazania fosfodiestrowe DNA
- wiaze sekwencje DNA z rejonami o podwojnej symetrii