@ABZYMY (przeciwciała) (1986) *przeciwciała (seletywnie wiążące rożnorodne struktury molekularne antygenów) stanowią punkt wyjścia do konstrukcji modeli enzymów **wytworzenie przeciwciał zdolnych rozpoznawać stan przejściowy wybranej reakcji powinno doprowadzić do otrzymania jej białkowego katalizatora **cząsteczki przeciwciała skł się z 4łańcuchów polipeptyd o wyraźnej strukt domenowej: 2identiko łań. Cięzkich H i 2lekkie L. Łań L obejmuje domene CL którą cechuje duży konserwatyzm sekwencji, domenę NL o znacznie większej zmienności sekwencji. Łańcuch H tworzy domena zmienna VH, rożna liczba domen stałych CH (w przypadku immunoglobuliny G: CH1, CH2, CH3
*specyficzność antygenowa *pewne fr domen VL i VH wyróżniają się zwiekszonym stopniem zmienności sekwencyjnej * regiony te określane jako nadzmienne lub hiperzmienne decydują o specyficzności antyg. przeciwciala *kształt i rozmiary wnęki wiążącej antygen; są komplementarne w stos do epitopu w cząst antygenu; zależą od własności fizyko-chem reszta aminokwasów wystep. w hipermzmiennych regionach poszczególnych przeciwciał
*epitopyy -determinant antygenowy stanowi małą część antygenu decydującą o jego swoistości -w antygenach białkowych determinantami są grupy kilku aminokwasow -w antygenach wielocukrowych- grupy okreslonych monosach. lub aminocukrów -w kw. Nukelin- sekwencje odpowiednio ułożonych nukleotydów
*hapteny -bardzo małe cząst (wielkosci poj. determinantow antygenowych) nie są zdolne do wywoł odpowiedzi immunolog -dopiero po kowalencyjnym związaniu z większymi cząst (nośnikami) mogą one wywołać produkcję przeciwciał -stabilne cząst o budowie zbliżonej do stanu przejściowego reakcji mogłyby być użyte jako hapteny do wytworzenia przeciwciał obdarzonych wybraną aktywnością katalityczną i selektywnością działania tzw abzymów
Wytwarzanie abzym -stało się możliwe dzięki opracowaniu metody otrzymania przeciwciał monoklonalnych o jednym rodzaju swoistości -najtrudniejsze etapy: określenie budowy chem cząst w stanie przejściowym; wytworzenie stabilnego analogu wysokoenergetycznego stanu reakcji
Abzymy otrzymywanie -w oparciu o analogi wysokoenerg stanu przejściowego reakcja jest ograniczona trudnością przewidywania budowy centrum wiążącego hapten i w tym samym mechanizm katalizy -proces katalizy z udziałem abzymów można usprawnić przez wprowadzenie dodatkowych grup katalit. zapewniających np. katalize kw-zasad????
Abzymy w przemyśle *mają niższą niż klasyczne enzymy zdolność do kataliz. rekacji (przyspieszają r. 10^2-10^4 razy a enzym 10^16-10^17) *mogą być bardzo użyteczne w pewnych procesach biotech lub medycynie *zastos: synteza specyf. zw. org; otrzymanie czystych enancjomerów
Abzymy w medycynie *metoda leczenia tzw ADAPT: podstawą jest transformacja za pomoca abzymu skonjugowanego z przeciwciałem rozpoznającym kom rakowe, farmakologicznie obojętnej subst (proleku) w jej forme aktywną dopiero w miejscu działania. ADAPT jest lepsza od analogicznej ADEPT wykorzystującej klasyczny enzym połączony ze specyficznym przeciwciałem ze wzgl na mniejszą immunogenność skonjugowanego enzymu *nawet mała ilośc aktywnych katalit przeciwciał dzięki ich długotrwałemu utrzymaniu się we krwi pozwala na: zmiejszenie wprow. dawek; uniknięcie efekt ubocznych; skrócenie czasu terapii
@ADEPT - wykorzystuje przeciwcialo i enzym,
które rozpoznają kom nowotw w org.
Metoda leczenia tzw. ADAPT: podstawą jest transformacja za pomoca abzymu skonjugowanego z przeciwciałem rozpoznającym kom rakowe, farmakologicznie obojętnej subst (proleku) w jej forme aktywną dopiero w miejscu działania.
ADAPT jest lepsza od analogicznej ADEPT wykorzystującej klasyczny enzym połączony ze specyficznym przeciwciałem ze wzgl na mniejszą immunogenność skonjugowanego enzymu
nawet mała ilośc aktywnych katalit przeciwciał dzięki ich długotrwałemu utrzymaniu się we krwi pozwala na: zmiejszenie wprow. dawek; uniknięcie efekt ubocznych; skrócenie czasu terapii
@ ANALOGI Stanu Przejściowego - 1. kataliczne przeciwciała otrzymano wykorzystując wiedzą nt. hamowania aktywności enz. przez związki strukt podobne do stanów przejściowych reakcji.
@ Bertrand - odkrył koenzym (IXX-XXw.)
@ Czynnik NF kB i jego inhibitor - funkcja
to kompleks białkowy - czynnik transkrypcyjny
Naturalnie związany z inhibitorem I-kB (w cytozolu). Sygnał pobudzający np. stres , cytokininy, powoduje fosforylację I-kB i jednocześnie jego ubikwitynację - uwolnienie czynnika NF kB i jego transport do jądra kom. Tam łączy się z DNA, do kompleksu tego dochodzi polimeraza RNA i białka i rozpoczyna się synteza m- RNA. Jest to proc. nowotworowy, dlatego używane są inhibitory niedopuszczające do fosforylacji I-kB
@ DNAzy -nie stwierdzone w układach natywnych tylko w warunkach in vitro, to cz. DNA katalizujące reakcje hydrolizy wiązań fosfodiestrowych. Mogą być wykorzystywane restrykcyjne enolonukleazy lub nukleazy hamujące na poziomie m-RNA
@ Efekt bliskości (zbliżenia) (proximity) jedna z metod zmiany entropii(obok e.orientacji). To zmniejszenie ilosc stopni swobody substratu przez bezpośredni kontakt grup chemicznych substr. i enzymu oraz stabilizacja pozycji substratu, którą enzym uważa za najkorzystniejszą.
@ Efekt orientacji (sterowania orbitalami) polega na opytmalnym dla danego przekształcenia chemicznego zorintowaniu przestrzennym orbitali elektronowych reagujacych ze sobą atomów. Jest to rodzaj efektow entropowych.
@ENZYMY W STAROZYTNOSCI:
*zdolności katalityczne enzmów w produkcji: alko, chleba (właściwości enzymatyczne drożdzy) sera, miesa(zmiękczanie sokiem z Papai - tanderyzacja) *Tworzenie sera: *ficyna-proteolityczny enzym roś.wyższych (hydroliza wiązania amidowegoproteinaza) *Rennina (podpuszczka) - rozkłada rozpuszczaly kazeinian wapnia do nierozpuszczalnego parakazeinianu (twaróg) , który jest potem trawiony pepsyną. Hydrolizuje wiązanie Phe105-Met106, odłączając glikomakropeptyd , zaś cała reszta zostaje związana z micelą. Kappa kazeina grająca rolę koloidu ochronnego miceli kazeinowych, przestaje ją pełnić tworząc: Para Kappa Kazeinę. Następuje utrata powłoki hydratacyjnej miceli, modyfikacja potencjału elektrycznego, zmiana struktury przestrzennej, agregacje miceli i utworzenie skrzepu (w obecności wapnia).
@ Enzymy Allosteryczne - typ K Obejmuje enzym, w którym efektor zmienia K0,5 ale nie ma wpływu na Vmax, np. inhibitor wiąże się do m.alloster, co zmniejsza powinowactwo E do S
Typ K Obejmuje enzym, w którym efektor zmienia K0,5 ale nie ma wpływu na Vmax, np. inhibitor wiąże się do m.alloster, co zmniejsza powinowactwo E do S
@ Enzymy specyficzne dla osocza: - w wysokim stezeniu,maja okreslona funkcje w osoczu, np. enzymy krzepniecia krwi-lipaza,trombina,plazmina *niespecyficzne dla osocza - do dializy chorob,w niskim stezeniu np.aminotransferazy, kinaza keratynowa,fosfataza alkaiczna,dehydrogenaza moczanowa
-po zawale serca: Fosfataza keratyninowa (CPk,CK)wzrost akt. gwałtowny i krotki. Dehydrogenaza mleczanowa (LDH) akt rosnie powoli
Warunki ozn akt enzmów w osoczu: *odpowiednie pH i temperatura *wysycenie wszystkimi substratami, kosubstratami, kofaktorami *musimy znać wartości stała Michaelisa dla warunków w których dokonujemy odczytu oznaczania.
@ Enzymy typu V i K K0,5 - w kinetyce sigmoidalnej jest to stężenie substratu przy którym V0= 0,5. Vmax okresla się jako K 0,5 gdyż kinetyka ta nie jest opisywana równaniem Michealisa - Menten.
Typ K: obejmuje enzymy w których efektor zmienia K 0,5 a nie zmienia V max np. inhibitor wiąże się do miejsca allosterycznego co zmienia powinowactwo centrów wiążacego substratu do substratu,
Typ V: obejmuje enzymy w których efektor zmienia Vmax a nie wpływa na K 0,5,; w przypadku enzymów tego typu: odpowiednio zwiększają lub zmiejszają tempo rozpadu kompleksu ES na produkty,
@ FOSFORAN PIRYDOKSALU (PLP) *powst z wit B6. *kowalencyjnie zwiazany z E-aminowa reszta Liz enz tworzac wew zasade schiffa(aldoimina) *ladunek dodatni aldoiminy tworzy elektrofil w r. PLP z aminokwasem.
Kinazy,fosfatazy,oksydazy,aminotransferazy,dehydrogenazy- enzymy biorące udział w przekształcanaich form witaminy B6
*PLP powstaje z wit B6 i funkcjonuje jako grupa prostetyczna w reakcjach transformacji *uczestniczy w tworzeniu : histaminy, serotoniny, kw. Δ-aminolewulinowy, przemiany aminokwasów *koenzym reakcji enzymatycznych *pełni w organizmie rolę koenzymu dla licznych enzymów biorących udział w reakcjach enzymatycznej transaminacji i dekarboksylacji aminokwasów do amin.
@Giętkośc konformacyjna osiągana poprzez : *zmniejszoną hydrofobowość rdzenia cząsteczki, *zmniejszone oddziaływania elektrostatyczne, *prawie całkowity brak S-S, *zwiększony ładunek reszt na powierzchni cząsteczek (zwiększona interakcja z rozpuszczalnikiem) *dodatkowe pętle na powierzchni cząsteczek, *zastąpienie Pro na Gly, *obniżony molowy stosunek reszt aminokwasów zasadowych Arg/Lys *mniejsze procentowe oddziaływanie między domenami a podjednostką.
@ Halofile - uzytecznosc i zastos Uzyteczne, gdyż zmniejszaja udzial wody w rcjach, sa potencjalnie waznymi biokatalizatorami z dodat rozp org oraz w zupelnie bezwodnych rozp org. Są odprne naskrajnie wys zasolenieKCL 4M i NaCl >5M.
@Henri podał pierwszy matematyczny model opisujący kinetykę enzymatyczną (1902/03r.)
@ interakcje heterotropowe - odnoszą się do wpływu wiązania danego liganda na wiązanie cząsteczek liganda innego rodzaju
- wpływ allosteryczny inhibitora na wiązanie substratu
lub allosterycznego aktywatora może być pozytywny lub negatywny.
@ Inżynieria białkowa: - metody inżynierii białkowej pozwalają na otrzymanie w kulturach wodnych enzymów charakteryzujących się zmienioną strukturą,
Metody inżynierii białkowej: *ukierunkowana mutageneza umożliwia wykonywanie in vitro specyficznych mutacji w określonym miejscu; pozwala na zrozumienie katalizy enzymatycznej, stwarza możliwość otrzymania nowych wariantow enzymów, *ukierunkowana ewolucja in vitro - nowsza strategia inżynierii białek;
ETAPY: 1.uzyskanie mutacji genetycznej; 2.Otrzymanie odpowiednio duzej liczby przypadkowych mutantów, 3.Skrining pod kątem syntezy enzymów, 4.wybór najlepszych enzymów rekombinantów 5.wyselekcjonowanie
@ interakcje heterotropowe - odnoszą się do wpływu wiązania danego liganda na wiązanie cząsteczek liganda innego rodzaju
- wpływ allosteryczny inhibitora na wiązanie substratu
lub allosterycznego aktywatora może być pozytywny lub negatywny.
@ Inżynieria enzymowa: *dotyczy mikrośrodowiska enzymu; ma na celu zmodyfikowanie mikrośrodowiska enz. a nie samego enzymu; udoskonala reakcje w środ.NIEwodnym.
@ Inżynieria metaboliczna - pozwala na zmiane przekierowywania całych szlaków metabolicznych; umożliwa zajmowanie się całymi szlakami metabolicznymi.
@ Kataliza KOWALENCYJNA-pod wplywem kw i zasad (wgLewisa) W reakji tworzy się przejsciowe wiazanie kowalencyjne miedzy E i S lub (kofaktorem)
Zasada - donor pary e- (gr. Nukleofilowa)
Kwasy - biorca pary e- (gr. Elektrofilowa)
Kataliza NUKLEOFILOWA-gr nukleo. stanowi łancuch boczny reszty kwasowej w centrum aktywnym (Ser-OH Cys-SH Asp-COO-/ Lys-NH2 / his
Kataliza ELEKTROFILOWA-kowalencyjny prod.podredni tw sie miedzy kationowym elektrofilem enz,a bogatą w e- czescia substratu. Enz wymaga do dzialania jonu metalu lub org kofaktorow,bo gr boczne nie sa aktywnymi elektrofilami
Elektorfileznym
Fosforan prydoksaluaminotransferaza Asp
Pirofosforan tiaminydekarboksylaza pirogronianowa
Zn2+ anhydraza weglanowa
@ Kofaktory jako jony metali - funkcja w cząst enz:
elementy struktury - brak bezposr uczestnictwa w proc; sa niezbedne do utrzym aktywnej konform; kosubstraty - tw kompleks z substr i przekształca go w formę aktyw biorąca udzial w r.enzym.; wyst wolno w r-rze; elementy ukl. Katal - bezposr uczestniczy w proc dzieki zdolnosci do zmiany wartosciowosci;, tw wiąza koordynacyjnych i elektorfilowości. Mocno związane.
@ Kompleks dehydrogenazy pirogronianowej Kompleks 3enz przekszt pirogronian w acetylo-CoA w procesie dekarboksyl pirogronianu. Powstały acetylo-CoA może być włączony do cyklu kw.cytryn, tym samym reakcja katalizowana przez PDC łączy szlak glikolizy z cyklem kw.cytrynowego. E1 - skł. o aktywności deh pirogron TPP=gr prostetyczna E2 - acetylotrasferaza dihydroliponianowa(przeniesienie gr acetylowejna CoA,lipoamid-gr.proste E3 - deh. dihydroliponianowa (przen gr acetylowej na lipoamid - gr. proste)
Kofaktory: Mg*, TPP, lipoamid,, CoA, FAD, NAD+ Pirofosforan tiaminy (Mg*jako jedyna jest nieodwracalna)
Występowanie u drożdzy: E3 - na ścianach ,E1 - na krawędziach, E2 - 3 łanc w 8narozach szecianu
@ Kompleks syntazy kw tłuszczowych u prokriota
Typ syntaz IB i typ II. typ IB (i IA) to kowalencyjnie połącz białka wieloenzymat, typ I to układ enzymow latwo dających rozdzielić się metodami chromatograficznymi. Kompleks typu IB -masa 2,4*10^6Da -skł się z 6zespołów tworzonych przez 2różne podj alfa i beta -6niezależnych centrów syntetyzujących -każde centrum tworzone jest przez sąsiadujące połowy dwóch podj alfa położonych względem siebie głowa-ogon oraz podj beta (alfa ACP KS KR; beta AT MT DH ER
@ Kompleks syntazy TRP
Wyst u E. Coli
Tetramer, 2 typy podjednostek (alfa2, beta2)
Katalizuje obie r-cje czastkowe zncznie szybciej niż poj alfa i dimer b
Indolo-3-fosfoglicerol + Ser -> Trp + ald 3-fosfoglicerynowy
Izolow podjedn moga istniec w roznych konform:
Alfa - 3 konformacje(L.L'.L''), beta2 beta2' , gdy powst kompleks wieloenzym zawsze ma 1 konf alfa2beta2(tw kompleksow organicza konf obu polipep do tych o najwiek wydajn katal co zwieksza aktyw i specyficznosc)
Budowa: hydrofobowy tunel(25-30oA) łaczy centra obu podj (1/3 tunelu wew alfa, 2/3 wew beta), m-sce aktyw w beta zaw PLP, Ser tw z PLP zasade Schiffa a po odszczepieniu wody powst zas Schiffa aminoakrylanu (reaktywny intermediat atakowany przez indol i powst Trp ); intermediat przenoszony tunelowo, ligandy zwiaz z enz powoduja powst wieczek zamykajacych S wewnt, dopóki nie powst w beta aminoakrylan dopoty nie zostanie utw indol w alfa
@ KONFORMACJA R i T
*wystepuje podczas sprzężonej kooperacji,wszytskie podjednostki b.mają ta samą konformację.
Konformacja R -duze powinowactwo do S
Konformacja T -małe powinowactwo do S
*akt i S faworyzują konformację R
*zachowanie symetrii podczas przejscia allosterycznego
-przejscie miefzy R i T zachodzi jednoczesnie we wszytkich podjednostkach
@ Kuchne - wprowadził nazwę „enzym” z grec „w drożdzach” (IXw)
@ LDH - enzym dehydrogenaza mleczanowa, składa się z 5 izoenzymów.
LDH1(H4) LDH2 (H3M) LDH3(HHMM) LDH4 (HM3) LDH5 (MMMM). To tetramer zbudowany z dwóch różnych podj. H i M
@ Mech. Sekw uporzadkowany - zachodzi w ściśle okreslonej kolejności przył/odlacz Np. dehydrogenaza alk /E przyl (NAD+) pozniej CH3CH2OH -> odl CH3OH a potem NADH+H+
@ Metoda ukierunkowanej ewolucji białek
*jest sposobem tworzenia cz. o nowych właściw. fizykochemicznych
*Celem jest uzyskanie biocząsteczki o pożądanych przez eksperymentatora właściwościach. Może to być białko, wirus lub każdy inny typ cząsteczek, dla których jesteśmy w stanie uzyskać strukturalną zmienność i przeprowadzić jej przeszukiwanie, w celu wyboru tej, o najlepszych parametrach,
*Idea ewolucji ukierunkowanej białek to dwa procesy: wytworzenie zmienności oraz selekcja z pośród tej zmienności. Te dwa etapy są powtarzane w cyklach, aż do uzyskania zadowalającego rezultatu.
@ NADH i NADPH - max absorpcji przy 340 nm
Tempo redukcji NAD+/NADP+- wzrost ekstrakcji przy 340 nm
„oznaczenie aktywności enzymów przez wykorzystanie optycznych właściwości NADH i NADPH”
@ OBNIZENIE /\G+ PRZEZ ENZYMY
Obniżenie /\ H+ Obniżenie -T /\ S+
*Efekt destabilizacji S(10^8) efekt zblizenia 10^6
(*odp.usytuowanie reaktywnych gr funkcyjnych w Centr.Akt. *kataliza kowalencyjna 10^10 *kat.kw-zas 10^10)
efekt orientacji 10^2
@ Pauling - wykazal ze enz dzialaja poprzez stabilizacje stanu przejściowego (1948)
@Pirofosforanu tiaminy: jest kofaktorem dla tiaminy B1, niedobór lub brak tiaminy upośledza funkcje enzymów związanych z metabolizmem cukrów, funkcja - transfer grupy aldehydowej,
@Ping-pong Mechanizm odnosi się do Kinetyki reakcji enzymatycznej z dwoma substratami, jeden lub więcej produktów jest uwalnianych przed przyłączeniem wszystkich substratów. Mech.1-1-1-1 ping-pong:
E+A EA FP -(-P)F -(+B)FB EQ E+a
@ Psychrozymy (enzymy adaptowane do zimna) *obniżona optymalna temperatura działania, *zwiększona wydajność katalityczna w niskich temeperaturach, *dostosowanie stałych kinetycznych do zakresu temperatur fizycznych. Giętkość konformacyjna osiągana poprzez : *zmniejszoną hydrofobowość rdzenia cząsteczki, *zmniejszone oddziaływania elektrostatyczne, *prawie całkowity brak S-S, *zwiększony ładunek reszt na powierzchni cząsteczek (zwiększona interakcja z rozpuszczalnikiem) *dodatkowe pętle na powierzchni cząsteczek, *zastąpienie Pro na Gly, *obniżony molowy stosunek reszt aminokwasów zasadowych Arg/Lys *mniejsze procentowe oddziaływanie między domenami a podjednostką.
Zdolność psychrozymów do przeprowadzania reakcji w niskich temperaturach towarzyszy oprócz gietkości: duża termowrażliwość, niestabilność strukturalna.
Potencjał biotechnologiczny: *zwiększona aktywność katalityczna w niskich temperaturach, *niska stabilność w podwyższnych temperaturach, *zapobiegają niepożądanym reakcjom chem.
Zastosowanie: *przemysł spożywczy , chemia gospodarcza, *przemysł chemiczny ( produkcja związków lotnych) *biokataliza w środowisku o nieduzym udziale wody *utylizacja odpadów w klimacie zimnym
@ Psychrozymy czy nadają się w biotechnologii?
TAK! Gdyż, posiadaja wysoką aktyw katal w niskich temperaturach oraz sa termolabilne w wys temp co umozliwia szybką i łatwą inaktywacje. Zapobiegają niepożądanym reakc. chem wystep w wyzszych temp. Są korzystne ekonomicznie.
@ Termolabilność - pozwala na szybką i łatwa inaktywacje gdy proces tego wymaga - zapobiegają niepożądanym reakcjom chem.
* obniżona optymalna temperatura działania, 1) zwiększona wydajność katalityczna w niskich temeperaturach,2) dostosowanie stałych kinetycznych do zakresu temperatur fizycznych 3) obniżają niż jak odp:barierę energetyczną reakcji, entalpię aktywacji. Nie wiąże się to z molekularną mechaniczną przemianą S w P.
@Ukierunkowana mutageneza In vitro modyfikacje w ściśle okreslonym miejscu pozwala na zrozumienie katalizy enzymat. Mozliwosci tw nowych wariantów enz.
@ Wit. B12 (ryboza + fosforan + 5,6-dimetylobenzimidazol)
- Kofaktor: koenzym B12 (pochodna wit B12) połączony z ukł.korynowym wiązaniami kowalencyjnymi i koordyn. z at.-Co. Pozycja koordynowa może być zajęta przez 1 z 7roznych ligandow
(-CH3, -OH).
Zbud z pierścienia w skład, którego wchodzą 4 zredukow pierścienie pirogowe a te mostkami weglowymi łączą się ze sobą.
@ Wydajnośc katalityczna * gdy stezżenie substratu jest wysycające właściwym parametrem kinetycznym dla enzymu jest to tzw efektywnośc - wydajnośc katalityczna wyrażona jako kcat/km równa jednostce M^-1 s^-1
@Znakowanie pseudosubstratami -przykłady
DEP : pseudosubstratami esteraz, proteaz serynowych i niektórych lipaz są organiczne związki fosforu- najczęstszy to DFP (diizopropylofluorofosforan).
Sulfonylofluorki Inna grupa pseudosubstratów proteaz i esteraz serynowych
PMSF (fenylometylosulfonylofluorek)- silny inhibitor chymotrypsyny, sulfonuje resztę Ser w centrum aktywnym-> powst sulfonylowana chymotrypsyna
TPCK *(chlorometyloketon N-toluenosulfo-L-fenyloalanina) * do alkilacji His w centrum aktywnym alfa-chymotrypsyny *reaktywna reszta chlorometylowa TPCK wiąze się w nieodwracal sposób z His wchodząc w skład centrum aktywnego enzymu *swoistość TPCK- nie reaguje z trypsyna (rozszczepiającą wiązanie peptyd w sąsiedztwie aa zasadowych Arg, Lys
TLCK *to chlorometyloketon N-toluenosulfonylo-L-lizyny
*N-podstawiona pochodna Arg i Lys stosow. do modyfikacji trypsyny
-------------------------------------------------------------------------------------
? ATP aktyw ATCaze
? Jaki enzym wzrasta gdy jest zawał fosfokinaza keratynowa
-wzrost aktywności gwałtowaniei krótko; dehydrogenaza
mleczanowa LDH- aktywnośc rośnie powoli
? Deoksyrybozymy to In vitro jednoniciowe
? Do czego używany NEM? Jest to Netyloimid kwasu maleinowego
alkiluje przedewszystkim grupy SH ale reaguje również
z gr NH2 białek
? Gdzie występuje ramię kwasu liponowego?
kompleks dehydrogenazy pirogronianowej; alfaketokwasach
? Na jaki czynnik jadrowy dziala bortezamid?
Unikatowy swoisty inhibitor szlaku proteasomowego
? CTP Cytydynotrifosforan - hamuje karbamoilotransferaze Asp
(inhibitor allosteryczny)
? Obniżanie entalpi: destabilizacja substr, odp usyt reaktywnych
gr funkcyjnych w C.A - katal kowalencyjna i kw- zas
? Kataliza elektrofilowa- kowalencyjny prod.podredni tw sie miedzy
kationowym ellektrofilem enz,a bogaty w e czescia substratu.enz
wymaga do dzialania jonu metalu lub org kofaktorow,bo gr boczne
nie sa aktywnymi elektrofilami
@ KONFORMACJA R i T (ligandy)
*wystepuje podczas sprzężonej kooperacji,wszytskie podjednostki b.mają ta samą konformację.
Konformacja R -duze powinowactwo do S
Konformacja T -małe powinowactwo do S
*akt i S faworyzują konformację R
@Kataliza ELEKTROFILOWA-kowalencyjny prod.podredni tw sie miedzy kationowym elektrofilem enz,a bogatą w e- czescia substratu. Enz wymaga do dzialania jonu metalu lub org kofaktorow,bo gr boczne nie sa aktywnymi elektrofilami
(Elektorfileznym)
Fosforan prydoksaluaminotransferaza Asp
Pirofosforan tiaminydekarboksylaza pirogronianowa
Zn2+ anhydraza weglanowa
@ADEPT - ADAPT jest lepsza od analogicznej ADEPT wykorzystującej klasyczny enzym połączony ze specyficznym przeciwciałem ze wzgl na mniejszą immunogenność skonjugowanego enzymu. Nawet mała ilość aktywnych katalit przeciwciał dzięki ich długotrwałemu utrzymaniu się we krwi pozwala na: zmiejszenie wprow. dawek; uniknięcie efekt ubocznych; skrócenie czasu terapii
@Tworzenie sera: *ficyna-proteolityczny enzym roś.wyższych (hydroliza wiązania amidowegoproteinaza) *Rennina (podpuszczka) - rozkłada rozpuszczaly kazeinian wapnia do nierozpuszczalnego parakazeinianu (twaróg) , który jest potem trawiony pepsyną. Hydrolizuje wiązanie Phe105-Met106, odłączając glikomakropeptyd , zaś cała reszta zostaje związana z micelą. Kappa kazeina grająca rolę koloidu ochronnego miceli kazeinowych, przestaje ją pełnić tworząc: Para Kappa Kazeinę. Następuje utrata powłoki hydratacyjnej miceli, modyfikacja potencjału elektrycznego, zmiana struktury przestrzennej, agregacje miceli i utworzenie skrzepu (w obecności wapnia).
@ Wit. B12 (ryboza + fosforan + 5,6-dimetylobenzimidazol)
- Kofaktor: koenzym B12 (pochodna wit B12) połączony z ukł.korynowym wiązaniami kowalencyjnymi i koordyn. z at.-Co. Pozycja koordynowa może być zajęta przez 1 z 7roznych ligandow
(-CH3, -OH).
Zbud z pierścienia w skład, którego wchodzą 4 zredukow pierścienie pirogowe a te mostkami weglowymi łączą się ze sobą.
@ METATREKSAT - Inhibitor dehydrogenazy tetra-hydro-filia-nowej i metro… blokuje działanie dehydrogenazy tetrahydrofolianowej przez co dihdrofolian NIE przekształca się do tetrahydrofolianu. Gdy do nie ma (tetra…) ani syntezy DNA i RNA, rozwój nowotworu jest zahamowany!
@Dehydrog.alko. - mechanizm sekwencji uporządkowanej (etanol+NAD+ etanAl + NADH + H+)
OBRAZ: Komplex syntazy kw.tł. u prokariota
@PMSF - nieodwracalny inhibitor trypsyny i chymotrypsyny. Łączy się z resztami -OH/NH3/SH w łańcuchach bocznych aminokwasów, które normalnie łączą się z substratem i dzięki temu otrzymujemy NIEowracalne kowalencyjnie komplety.
@ Henri - podał pierwszy matematyczny model opisujący kinetykę enzymatyczną (1902/03).
@ Inżynieria enzymowa: *dotyczy mikrośrodowiska enzymu; ma na celu zmodyfikowanie mikrośrodowiska enz. a nie samego enzymu; udoskonala reakcje w środ.NIEwodnym.
@ Inżynieria białkowa: - metody inżynierii białkowej pozwalają na otrzymanie w kulturach wodnych enzymów charakteryzujących się zmienioną strukturą,
Metody inżynierii białkowej: *ukierunkowana mutageneza umożliwia wykonywanie in vitro specyficznych mutacji w określonym miejscu; pozwala na zrozumienie katalizy enzymatycznej, stwarza możliwość otrzymania nowych wariantow enzymów, *ukierunkowana ewolucja in vitro - nowsza strategia inżynierii białek;
ETAPY: 1.uzyskanie mutacji genetycznej; 2.Otrzymanie odpowiednio duzej liczby przypadkowych mutantów, 3.Skrining pod kątem syntezy enzymów, 4.wybór najlepszych enzymów rekombinantów 5.wyselekcjonowanie
OBRAZ: @Ping-pong Mechanizm odnosi się do Kinetyki reakcji enzymatycznej z dwoma substratami, jeden lub więcej produktów jest uwalnianych przed przyłączeniem wszystkich substratów.
Mech.1-1-1-1 ping-pong:
E+A EA FP -(-P)F -(+B)FB EQ E+a
@CPP - heterotropowym pozytywnym bo musi łączyć się w innym miejscu na enzymie niż centrum aktywne.
@ DNAzy -nie stwierdzone w układach natywnych tylko w warunkach in vitro, to cz. DNA katalizujące reakcje hydrolizy wiązań fosfodiestrowych. Mogą być wykorzystywane restrykcyjne enolonukleazy lub nukleazy hamujące na poziomie m-RNA
@ Efekt orientacji (sterowania orbitalami) polega na opytmalnym dla danego przekształcenia chemicznego zorintowaniu przestrzennym orbitali elektronowych reagujacych ze sobą atomów. Jest to rodzaj efektow entropowych.
@ Enzymy Allosteryczne - typ K Obejmuje enzym, w którym efektor zmienia K0,5 ale nie ma wpływu na Vmax, np. inhibitor wiąże się do m.alloster, co zmniejsza powinowactwo E do S
Typ K Obejmuje enzym, w którym efektor zmienia K0,5 ale nie ma wpływu na Vmax, np. inhibitor wiąże się do m.alloster, co zmniejsza powinowactwo E do S.
@ FOSFORAN PIRYDOKSALU (PLP) *powst z wit B6. *kowalencyjnie zwiazany z E-aminowa reszta Liz enz tworzac wew zasade schiffa(aldoimina) *ladunek dodatni aldoiminy tworzy elektrofil w r. PLP z aminokwasem.
Kinazy,fosfatazy,oksydazy,aminotransferazy,dehydrogenazy- enzymy biorące udział w przekształcanaich form witaminy B6
*PLP powstaje z wit B6 i funkcjonuje jako grupa prostetyczna w reakcjach transformacji *uczestniczy w tworzeniu : histaminy, serotoniny, kw. Δ-aminolewulinowy, przemiany aminokwasów *koenzym reakcji enzymatycznych *pełni w organizmie rolę koenzymu dla licznych enzymów biorących udział w reakcjach enzymatycznej transaminacji i dekarboksylacji aminokwasów do amin.
@ Halofile - uzytecznosc i zastos Uzyteczne, gdyż zmniejszaja udzial wody w rcjach, sa potencjalnie waznymi biokatalizatorami z dodat rozp org oraz w zupelnie bezwodnych rozp org. Są odprne naskrajnie wys zasolenieKCL 4M i NaCl >5M.
@ Kompleks dehydrogenazy pirogronianowej
E1 - skł. o aktywności deh pirogron / Kof: TPP=gr prostetyczna
E2 - acetylotrasferaza dihydroliponianowa (przeniesienie gr acetylowej na CoA, kw.liponowy)
E3 - deh. dihydroliponianowa (przen gr acetylowej na lipoamid)
Kofaktory: Mg*, TPP, lipoamid,, CoA, FAD, NAD+ Pirofosforan tiaminy (Mg*jako jedyna jest nieodwracalna)
Występowanie u drożdzy: E3 - na ścianach ,E1 - na krawędziach, E2 - 3 łanc w 8narozach szecianu
@ LDH - enzym dehydrogenaza mleczanowa, składa się z 5 izoenzymów.
LDH1(H4) LDH2 (H3M) LDH3(HHMM) LDH4 (HM3) LDH5 (MMMM). To tetramer zbudowany z dwóch różnych podj. H i M
@ NADH i NADPH - max absorpcji przy 340 nm
Tempo redukcji NAD+/NADP+ wzrost absorbancji (przy 340 nm)
@ Czynnik NF kB i jego inhibitor - funkcja
to kompleks białkowy - czynnik transkrypcyjny
Naturalnie związany z inhibitorem I-kB (w cytozolu). Sygnał pobudzający np. stres , cytokininy, powoduje fosforylację I-kB i jednocześnie jego ubikwitynację - uwolnienie czynnika NF kB i jego transport do jądra kom. Tam łączy się z DNA, do kompleksu tego dochodzi polimeraza RNA i białka i rozpoczyna się synteza m- RNA. Jest to proc. nowotworowy, dlatego używane są inhibitory niedopuszczające do fosforylacji I-kB
na 9 no to w leczeniu nowotworow
inhibitor dehydrogenazy tetrahydrofolianowej
i ten lek metotrekstat blokuje dzialalnosc dehydrogenazy tetrahydrofolianowej przez co nie przeksztalca sie dihydrofolian do tetrahydrofolianu
a jak nie ma tetrahydrofolianu
nie ma syntezy DNA I RNA
PMSF
to jest zwiazane z identyfikacja grup czynnych enzymow
tylko musze wrocic do teorii z Witwickiego bo spoko cos tam w necie jest wytlumaczone ale nie rozumiem tego kompletnie
w kazdym razie ten PMSF będzie związkiem modyfikacyjnym
bedzie wykazywać powinowactwo do miejsca wiążącego substrat w centrum aktywnym
i to PMSF dziala na trypsyne i chymotrypsyne
wiaze sie kowalencyjnie(nieodwracalnie) z resztami OH NH2 SH w lancuchach bocznych aminokwasow
i suma sumarum daje Ci to informacje
o charakterze reszt aminowkasowych bioracych udzial w wiazaniu enzymu
z substratem