W prowadzeniu analiz farmakoekonomicznych dużą rolę odgrywa epidemiologia. Chorobowość czy zachorowalność związana z danym schorzeniem daje podstawę do szukania odpowiedzi na pytanie: ile kosztuje dana choroba?
Kolejną nauką, z której korzystają farmakoekonomiści, jest statystyka - dotyczy to zarówno strony kosztów, jak i oceny klinicznej różnych form terapii.