Przeprowadzenie krzyżowania w pełni kontrolowanego jest żmudne i wymaga opanowania techniki i znajomości biologii kwitnienia. Krzyżowanie to składa się z następujących czynności:
1) przygotowania pojedynczych kwiatów lub kwiatostanów do krzyżowania,
2) kastrowania kwiatów matecznych,
3) izolowania wykastrowanych kwiatów lub kwiatostanów,
4) zapylenia kwiatów,
5) pielęgnowania zapylonych kwiatów.
ad 1) Polega na wyborze kwiatów, które powinny najlepiej owocować:
• u zbóż - kwiaty niżej położone w kłosku, natomiast w obrębie kłosa - kioski położone w środkowej jego części,
• u strączkowych - kwiaty położone w dolnej lub środkowej części grona, górne źle zawiązują owoce i nasiona,
• podobnie u ziemniaków i pomidorów,
• u złożonych (np. słonecznik) - kwiaty leżące przy brzegu koszyczka, pozostałe kwiaty usuwa się.
Następnie usuwa się części kwiatu, które mogą utrudniać kastrowanie i zapylenie (płatki korony, ości u zbóż).
Jeżeli pory kwitnienia komponentów są różne, należy je regulować przez przetrzymywanie w niższej lub wyższej temperaturze, przyciemnianie lub doświetlanie itp.
ad 2) Kastrowanie polega na starannym usuwaniu w odpowiednim czasie pręcików z kwiatów obupłciowych. Termin kastrowania zależy od gatunku i jego biologii zapylenia. Na przykład jęczmień jary i owies kastruje się bardzo wcześnie - kłosy w pochwach liściowych. Żyto i pszenicę kastruje się kilka dni po wykłoszeniu. Rzepak, ziemniaki, motylkowate kastruje się kilkakrotnie w fazie pąka w różnym stadium rozwoju.
Niekiedy stosuje się kastrację chemiczną za pomocą preparatów hamujących rozwój pylników lub ziaren pyłku, ad 3) Wykastrowane kwiaty muszą być izolowane. Izolatory są wykonane z papieru pergaminowego, tkaniny lub celofanu. Opatruje się je etykietą z nazwą rośliny i datą kastracji. Izolator może obejmować jeden kwiat, kwiatostan, roślinę lub grupę roślin (burak).
— 11 —