Chromatografia cienkowarstwowa jest jedną z metod analitycznych, szczególnie przydatną do stwierdzenia obecności zanieczyszczeń w związkach organicznych. Wykorzystuje się w niej różnice w powinowactwie substancji z niektórymi ciałami stałymi zwanymi adsorbentami. Do adsorbentów najczęściej stosowanych w chromatografii cienkowarstwowej należą: żel krzemionkowy (SiC>2) i tlenek glinu (AI2O3). Zazwyczaj są one umieszczone na płytce szklanej lub aluminiowej. Są to adsorbenty polarne. Ich powinowactwo z adsorbatem czyli analizowaną substancją organiczną, rośnie wraz z ich polamością.
Zdolność adsorpcyjna związków organicznych jest także zależna od ich polamości, a ponadto od wielkości i polaryzowalności ich cząsteczek. Poszczególne grupy związków organicznych można ułożyć w następujący szereg, w zależności od ich wzrastającego powinowactwa z polarnymi adsorbentami:
węglowodory,
fluorowcopochodne węglowodorów, etery,
aminy III-rzęd., związki nitrowe,
estry,
ketony, aldehydy, aminy I-rzęd., amidy kwasowe, alkohole, kwasy karboksylowe.
Próbkę substancji lub mieszaniny związków, której stopień czystości względnie skład zamierza się określić, rozpuszcza się w rozpuszczalniku organicznym, możliwie najmniej polarnym i nanosi za pomocą mikropipety na linię startu położoną w odległości 5 mm od dolnego brzegu. Utworzona w ten sposób plama powinna być możliwie mała (średnica 2-3 mm). Jeżeli na tej samej płytce chromatograficznej analizuje się kilka substancji lub mieszanin, odstępy między plamami muszą wynosić co najmniej 5 mm.
Po nałożeniu analizowanej substancji lub mieszaniny związków na płytkę chromatograficzną, przystępuje się do rozwijania chromatogramu za pomocą odpowiednio dobranego rozpuszczalnika, częściej mieszaniny rozpuszczalników, zwanej fazą rozwijającą lub ruchomą. Adsorbent określa się jako fazę stacjonarną.
Podczas rozwijania chromatogramu zachodzi kolejno, desorpcja, migracja i ponowna adsorpcja analizowanej substancji względnie składników mieszaniny. W tym miejscu należy wyjaśnić, że substancje zanieczyszczone są w gruncie rzeczy mieszaninami związków. Z uwagi na różne powinowactwo z adsorbentem, poszczególne składniki mieszaniny migrują z różną szybkością i ulegają ponownej adsorpcji w innym miejscu płytki. W ten sposób składniki mieszaniny ulegają rozdzieleniu. Tak dzieje się jednak tylko wówczas, gdy faza