Badania mikrobiologiczne zbiorników wód powierzchniowych powinny być poprzedzone zebraniem danych dotyczących pionowego i poziomego rozczłonkowania badanego akwenu oraz istnienia na obszarze ich zlewni potencjalnych źródeł zanieczyszczeń (zakładów przemysłowych, osiedli, miejsc wypasu i wodopoju bydła).
W badaniach jezior podstawą wyznaczania stanowisk badawczych powinny być ich przekroje limnologiczne, które określają poszczególne strefy poboru prób wody, jak: epilimnion, metalimnion i hypolimnion. Liczba wyznaczonych stanowisk poboru prób wody na badanym jeziorze zależy od jego wielkości i rozmieszczenia głębokości, a liczba stanowisk badawczych w poszczególnych strefach jeziora jest związana z warunkami środowiskowymi. W zależności od głębokości jeziora w układzie pionowym próby do badań mikrobiologicznych pobiera się z:
• epilimnionu na głębokościach: 20-50 cm (woda powierzchniowa), 1 m, 2 m, 5 m, 10 m;
• metalimnionu i hypolimnionu na głębokościach 15 m, 20 m, 25 m, 100 m oraz w warstwie przydennej (w odległości 20-30 cm od dna).
Przy wyznaczaniu stanowisk badawczych wód rzecznych należy uwzględniać: długość badanego odcinka rzeki, szerokość koryta rzecznego, lokalizację miast, osiedli i zakładów przemysłowych. Próby powierzchniowej wody rzecznej (20-50 cm) do badań mikrobiologicznych powinny być pobierane:
• na całej badanej długości rzeki (czy odcinka) — w kilku punktach umiejscowionych powyżej, w obrębie i poniżej istniejących potencjalnych źródeł zanieczyszczeń;
• w różnych punktach przekroju poprzecznego rzeki - w zależności od szerokości koryta rzecznego i głębokości rzeki.
Próby do badań mikrobiologicznych wód jeziornych (z różnych głębokości) pobiera się aparatem Ruttnera. Pobrane próby wody wprowadza się do jałowych szklanych butelek, napełniając je do 1/3 ich pojemności. Wodę powierzchniową pobiera się bezpośrednio do jałowych butelek, przez ich zanurzenie na głębokości 20-50 cm pod powierzchnią wody. Do poboru prób osadów dennych służą aparaty Kajaka i Ekmana, z których pobrane próbki osadów przenosi się do jałowych pojemników.
Pobrane próby wody i osadów dennych umieszcza się w lodówkach w temp. 4-6°C i przewozi do laboratorium. Ze względu na szybkie zmiany w liczebności drobnoustrojów, czas od poboru prób do wykonania analiz nie powinien przekroczyć 12 h.
122