w przewodzie trawiennym nie jest równomierne i nie wykazuje tendencji rosnących w kolejnych odcinkach. W dużej mierze zależy ono od ilości tlenu występującego w określonym miejscu jelita. Na jej liczebność ma wpływ przedłużona głodówka, która prowadzi do zmniejszenia liczby drobnoustrojów, a nie do wyjałowienia przewodu pokarmowego. Na ściankach przewodu pokarmowego znajduje się mikroflora różniąca się od tej wprowadzanej z pokarmem. Badania nad mikroflorą przewodu pokarmowego ryb słodkowodnych wykazały, że mikroflora ta ulega zmianom jakościowym w różnych okresach życia ryby. Badania na Carassius auratus pozwoliły na wyodrębnienie trzech typów bakterii występujących w przewodzie trawiennym:
• typ przemijający - obecny nielicznie, krótko i zanikający, występujący również w diecie, wodzie, osadach i podlegający działaniu fizycznych i chemicznych warunków panujących w przewodzie, interakcjom między bakteriami czy obronnym reakcjom ryby. Należą tu: Plesiomonas shigel-loides, Enterobacteriaceae, Moraxella i Bacteroidaceae;
• typ autochtoniczny - występujący licznie we wszystkich stadiach rozwojowych ryb. Stanowią go bakterie: Aeromonas hydrophila, Aeromonas punctata, Pseudomonas i Clostridium;
• typ dorosły - ustala się po pewnym okresie po wylęgnięciu - Bacteroides typ A.
U ryb żyjących w środowisku słodkowodnym dominującą mikroflorę stanowią bakterie z rodzin Enterobacteriaceae oraz rodzajów Aeromonas, Acinetobacter, Pseudomonas, Bacteroides (typy A i B). Wśród nich są także szczepy patogenne dla ryb. Na skład ilościowy i jakościowy mikroflory bakteryjnej ryb oddziałuje wiele czynników środowiskowych i powiązania między mikroflorą wody, osadów dennych a mikroflorą ryb. O ilości drobnoustrojów patogennych w tkankach ryb decyduje przede wszystkim sprawność fizjologicznych barier obronnych: skóry, nabłonka, skrzel i przewodu pokarmowego.
Zanieczyszczenie środowiska wodnego i związana z tym obecność bakterii wskaźnikowych stanu sanitarnego i chorobotwórczych przewodu pokarmowego ludzi i zwierząt stałocieplnych znajdują swoje odzwierciedlenie w stanie bakteriologicznym żyjących tam ryb. Ryby są tylko nosicielami bakterii z grupy coli i paciorkowców kałowych. Przeżywalność bakterii w dużej mierze zależy od otaczających warunków środowiskowych, jak temperatura i zasobność w substancje odżywcze. Bytując w wodach zanieczyszczonych ściekami miejskimi czy wskutek nieprzestrzegania higieny w rybołówstwie, ryba może być nosicielem bakterii chorobotwórczych dla człowieka. Szczególnie groźne zatrucia pokarmowe (intoksykacje) mogą występować po spożyciu ryb zawierających czynne toksyny bakteryjne nie związane z obecnością żywych drobnoustrojów w produkcie. Do nich należą jady wydzielone przez Clostridium botulinum i gronkowce. Choroby wywołane obecnością żywych bakterii chorobotwórczych, najczęściej w dużych populacjach, kwalifikują się jako zakażenia pokarmowe. Wywołują je najczęściej pałeczki jelitowe z rodzajów: Salmonella i Shigella.
154