ObrazE137

nic użyty jako pierwsza zasada w pierwszym kodonie (rys. 2). Znzwyczij tylko jedną ramka oclczytu (ramka 3 na rys. 21 wytworzy funkcjonał# białko, ponieważ pozostałe dwie ramki odczytu będą zawierać liczni kodony stop. Poprawiła ramka odczytu zostaje i/i vivo wybrana dzięki rozpoznaniu przez rybosbm kodonu inicjującego, AUG, na starcie sekweejj kodującej. Zazwyczaj {jedna sekwencja zasad koduje tylko jedno białko.

jednakże w DNA Niektórych bakteriofagów pewne geny nakładają są na siebie, przy czym każdy gen znajduje się w innej ramce odczytu* Tali organizacja nakładających się genów występuje zazwyczaj wtedy, gdy wielkość genomu jest' mniejsza, niż ta potrzebna do kodowania genów niezbędnych do budowy i złożenia bakteriofaga, z założeniem, że wykorzystywana byłaby tylko jedna ramka odczytu.

5*    3‘

ramka odczytu!    tn^yGĄGCGęUĄĄĄU

Lad Stop Ma Lou Asn

ramka odczytu 2    UUkuOĄGCGęUĄĄAU

itr Oki Arg Stop

ramka odczytu 3    UU WąGCGCUĄĄĄU

Mat Sar Ala Lys

Rys Z. Trzy potencjalne ramki odczytu ds jakląkolwiak określonej sekwencji mflfW ziltZne od togo, jaki nukleotyd będzie .odczytany" jato pierwszy

Otwarta ramki odczytu

Obecnie, w wielu przypadkach, sekwencję białka kodowanego przez odpowiedni gen poznaję się przez klonowanie (patrz Sekcja 1), a następnie zsekwencjonowanie odpowiedniego odcinka DNA.

Uzyskaną sekwencję DNA analizuje się stosując programy komputerowe w celu zidentyfikowania ciągów kodonów rozpoczynających są ATG, a kończących TGA. TAA lub TAG. Takie ciągi kodonów nazywamy otwartymi ramkami odpzytu (ORF — ang. open reading frame) i oznaczają one potencjalne rejony kodujące. Ponieważ produkty genów są odpowiedzialne za przeprowadzanie wielu ważnych procesów komórkowych, to sekwencje kodujące DNA (jak i ważne sekwencje regulatorowe) są bardziej zachowawcze w procesie ewolucji niż sekwencje nieko dującego DNA. Wynika stąd, że będzie istnieć silna negatywna selekcji w kierunku pojawiających się mutacji, które wprowadzałyby kodony stopo obrębie rejonów kodujących (a tym samym powodowałyby przedwczesną terminację translacji). Dlatego też rejony kodujące genów często uwierają stosunkowo długie ORF, natomiast w niekodującym DNA, kodony odpowiadające tenninacji translacji występują częściej (nie tm' J negatywne) selekcji w ich kierunku) i ORF są krótkie. Kiedy analizuje są-otwarte ramka odczytu dla konkretnego zsekwencjonowanego odcinkii £ DNA, to zazwyczaj trafnym wnioskiem okazuje się, że długie ORF reprer if zentują rejony kodujące DNA. a krótkie ORF-nie. Należy jednak zdawaf? ii sobie sprawę a tego, że niektóre eksony mogą być krótkie, tak więc i niei

które krótkie ORF mogą reprezentować kodujący DNA. Krótkie , mogą być wykryte w trakcie analizy komputerowej tak poprzez poezuy; wanie konserwatywnych sekwencji nukleotydowych na granicacł ekson/intron, jak i sekwencji rozgałęzienia, niezbędnej w procesie «... cingu (patrz temat G8). Ostatecznie, bazując na kodzie genetycznym, analiza komputerowa pozwala na przedstawienie sekwencji aminokwasów,-badanych ORF. Jest to tzw. przypuszczalna sekwencja białka.