Białka składają się ze szkieletu polipeptydowego z przyłączonymi łańcuchami bocznymi Każde białko różni się od innych sekwencją aminokwasów. Dlatego tez sekwencja chemicznie zróżnicowanych łańcuchów bocznych jest czynnikiem decydującym o odmienności każdego białka. Dwa końce każdego łańcucha polipeptydowego są chemicznie niejednakowe: koniec z wolną grupą aminową (NH3\ zapisywaną również jako NH2) nazywany jest końcem aminowym lub końcem N, a koniec z wolną grupą karboksylową (COO", zapisywaną także w postaci COOH) nazywany jest końcem karboksylowym lub końcem C. Sekwencję i aminokwasową białka przedstawia się od końca N do końca C, czytając od lewej strony do prawej