Wkrótce do spraw inflanckich wmieszała się pania. kupując w 1560 r. od biskupa ryskiego jeżącą u wejścia do Zatoki Ryskiej wyspę Ozy-|ję i inne jego posiadłości, oraz Szwecja, która w 1561 r. zajęła północną Estonię. Doprowadziło to zresztą wkrótce do wojny szwedzko-duń-skiej, toczącej się głównie na morzu.
W tej sytuacji mistrz inflanckiej gałęzi zakonu krzyżackiego Gotard Kettler zdecydował się w 1561 r. na sekularyzację zakonu i szukanie pomocy w Polsce i na Litwie, przez poddanie im jako lenna południowej części swego państwa. Inicjatywa Kettlera znalazła poparcie u magnatów polskich i litewskich, co w rezultacie wciągnęło Polskę na drogę dalszych podbojów na ziemiach północno-wschodnich.
Udóał polskiej floty wojennej v wojnie północnej v latach 1563-1570
Skomplikowana sytuacja w Inflantach doprowadziła do wybuchu tzw. pierwszej wojny północnej, trwającej od 1563 do 1570 r. Wzięły w niej udział początkowo: Dania przeciw Szwecji i Polska z Litwą przeciw Szwecji i Rosji. W 1568 r. nastąpiło odwrócenie przymierzy, w wyniku którego Polska, połączona na skutek zawarcia w 1569 r. unii lubelskiej z Litwą, występowała wspólnie ze Szwecją przeciw Rosji i pogodzonej z nią Danii. Wojnę zakończył podpisany w 1570 r. w Szczecinie traktat pokojowy pomiędzy Szwecją i Danią oraz trzyletni rozejm polsko-rosyjski, w myśl którego cała północna część lnilant aż po Dźwinę i Połock przypadła Rosji.
Większość działań wojennych podczas wojny północnej toczyła się na morzu i o panowanie na morzu i wybrzeżach, dlatego Polska chcąc w niej odegrać poważniejszą rolę musiała się starać o własną flotę wojenną. W tym też kierunku szły usiłowania Zygmunta Augusta. Polska flota ka-perska, kierowana początkowo przez Mateusza Scharpinga, liczyła w latach 1561—1563 niewiele ponad 10 okrętów. Już jednak podczas obradującego w 1562/63 r. sejmu, który podjął uchwałę o utworzeniu wojsk kwarcianych, król odbył
szereg konferencji w sprawie wzmocnienia floty. W wyniku zapoczątkowanych tymi rozmowami starań flota polska miała w 1567 r. już przeszło 30 okrętów. Nie były to jednostki duże, odgrywały jednak pewną rolę, czatując na statki zmierzające do wrogich portów i odbywając
rejsy od Bomholmu aż po Zatokę Fińską. Ich bazę stanowił przez dłuższy czas port gdański, mimo że mieszczanie Gdańska nie byli z tego zadowoleni, krępowało to bowiem swobodę ich handlu i narażało na duże straty. W wyniku ich starań Zygmunt August w 1567 r. przeniósł bazę swej floty wojennej do Pucka.
Posiadanie stosunkowo licznej floty wojennej, opartej na dość luźnej organizacji kaperskiej, wymagało utworzenia instytucji, która czuwałaby nad jej działalnością. W związku z tym Zygmunt August, po naradach z wybitnymi znawcami zagadnień morskich, kasztelanem gdańskim Janem Kostką i opatem klasztoru cystersów w Oliwie Kasprem Geschkau, ustanowił 24 marca 1568 r. Komisję Morską. Składała się ona z 7 członków pod kierownictwem wymienionych specjalistów i miała podejmować wszelkie decyzje w sprawach dotyczących działalności