W drugim etapie nerka musi zregenerować jon HC03~, który został zneutralizowany w tkankach poprzez wymianę kationu (najczęściej Na+) związanego z przefiltrowanym anionem (organicznym lub nieorganicznym) na H+, w wyniku czego powstaje kwasota miareczkowa. Wydalanie H+ przez nerkę, z jednoczesnym utrzymaniem równowagi Na+ (oraz K*), jest możliwe dzięki wytwarzaniu w nerce organicznego kationu (NH4+), który jest wydalany razem z przefiltrowanym anionem.