tradycyjnie zbieranych materiałów muzealnych (w niektórych przypadkach z materiałów muzealnych, np. utrwalanych w alkoholu, można izolować DNA). Dla wielu grup roślin oraz dla niektórych grup zwierząt - np. muszek owocowych z rodzaju Drosophila - ważnym źródłem do poznania przeszłości filogenetycznej są badania chromosomów. W przypadku niektórych grup zwierząt wykorzystywane były wyniki porównawczych badań behawioru. Dane dotyczące zachowań godowych były np. używane do analiz filogenetycznych w przypadku traszek (Arntzen i Sparreboom 1989) i cierników (McLennan i in. 1988). Współcześnie jednak niezwykle często przeprowadza się rekonstrukcje filogenetyczne opierając się na badaniach zróżnicowania molekularnego, przede wszystkim białek i kwasów nukleinowych.
7.3.1. Metody badań i analiza danych^
W badaniach filogenetycznych stosuje się kilka podstawowych technik z różną precyzją wychwytujących zróżnicowanie makrocząsteczek; są to: zmienność elektroforetyczna białek, zróżnicowanie immunologiczne białek, określanie sekwencji aminokwasów w białkach, hybrydyzacja niepowtarzalnego (single copy) DNA jądrowego, analiza fragmentów DNA uzyskanych po |: trawieniu enzymami restrykcyjnymi, badania ^sekwencji nukleotydowych ~ w określonych odcinkadrjądrowegojubjnitpph^driainęgo DNA (lub RNA w przypadku niektórych grup wirusów), a także badania sekwencji rybo- | somowego RNA i tRNA. Niektóre z tych metod zostały omówione w podroż- y działach 3.5 i 3.6. Krótko omówimy tu jedynie me^d£jiybrydy^ącXi^IiA. T-Opiera się ona na występowaniu zależności pomiędzy termiczną stabilnością-'. DNA a komplementarnością zasad w obu niciach cząsteczki (Werman i in. i-1990). Jeśli roztwory zdenaturowanych, tj. jednoniciowych fragmentów DNA, j|,J pochodzących od dwóch gatunków, zmiesza się ze sobą, wówczas tworzą si?Sj dwuniciowe cząsteczki DNA, ale część nukleotydów nie może się ze sobą ^ I połączyć, gdyż nie są one w pełni komplementarne ze względu na różnice jjj sekwencji zasad u badanych gatunków. Następnie, podwyższając temperaturę, „dwugatunkowe” kompleksy DNA doprowadza się do dysocjacji na DNA: jednoniciowe. Im więcej nie pasujących par zasad, tym niższa temperatura| wystarcza do przejścia DNA dwuniciowego w jednoniciowy. A więc lffll bardziej różna jest sekwencja zasad w DNA dwóch badanych gatunków, tym niższa temperatura będzie potrzebna do dysocjacji DNA powstałego po hybrydyzacji. Wykazano eksperymentalnie, na odcinkach DNA o znanej sekwencji, że istnieje bardzo silna korelacja pomiędzy stopniem komplemen-tarności zasad w niciach DNA a temperaturą potrzebną do dysocjacji, i # zależność ta jest liniowa. Do badań hybrydyzacyjnych bierze się tylko niepo-wtarzalne sekwencje DNA, ponieważ fragmenty powtarzające się wielokrotnieJj w całym DNA jądrowym utrudniłyby znacznie wnioskowanie o stopn zróżnicowania. Metoda hybrydyzacji najszerzej zastosowana została do badafl||
nad pokr 1990). D: ki badań filogenet; ptakami ni ach na< Techr tego sto; sekwencj: nych w oddzieler
wypadku tycznych z grupą 2 nych. Na uzyskany stopień z wa na pc
7.3.2. P
Bada naniu z strukturj twych be białek, 2 iw białka filogenet [W przyp czynienie lieniać znacznie' zróżni jfenolowe •jLpNA ■nych mi JlategoJ aorfolo; Bada
Stycznych
pziesięcii