I wtedy spada pierwszy cios. Mimo zabiegów grona przyjaciół Friedrich Maks Muller przepada w wyborach następcy zmarłego profesora H. H. Wilsona. Odmowa została umotywowana obcym pochodzeniem i liberalnymi przekonaniami religijnymi. W istocie była to reakcja na mało naukowy styl pracy kandydata. Reakcja ze strony filologów dosięgnie z czasem takich rozmiarów, że sam wielbiciel Mullera i kontynuator jego Sacred Books oj the East — o czym niżej — indianista Moritz Winternitz nie zawaha się położyć tych słów na nekrologu: „Zwłaszcza w ostatnich czasach, kiedy językoznawstwo przekształciło się niemal całkowicie w in-dogermanistykę. przedstawiciele tej nauki nie chcą nic słyszeć o Mullerze jako językoznawcy. Muller, powiadają, nie odkrył żadnego nowego prawa fonetycznego i nic nie wniósł do naszej znajomości gramatyki indoeuropejskiej. I to jest zupełnie słuszne” 9.
I oto chociaż Muller ma już w korekcie swoje Lectures on the Science oj Language, wydane w dwu tomach w latach 1861— 1863, popularyzujące w języku angielskim, a potem także niemieckim, francuskim, włoskim i polskim (Wykłady o umiejętności języka, przełożył Adolf Dygasiński, Kraków 1874—1875) odkrycia Pricharda z 1831 roku odnośnie genealogii języków celtyckich, podręcznik filologii porównawczej Winninga z 1834 roku, a nadto prace Boppa, Potta, Picteta i Rawlinsona o powinowactwie języków indoeuropejskich, to jednak fala jego temperamentu językoznawczego opada.
Co robi bohater romantyczny, gdy spotyka go wielkie niepowodzenie i zawód? Dramatycznym gestem zrywa z przeszłością i rozpoczyna nowe życie. Podobnie postąpił w pechowym 1860 roku Friedrich Maks Muller.
Chociaż zaszczyty prawem serii i bezwładności sypią się nadal na wziętego indoeuropeistę (Royal Institute w Londynie, Sar-dyńska Akademia Nauk, Bodleian Library ze stanowiskiem wicedyrektora, Uniwersytet Oksfordzki z profesurą ad personam lilologii porównawczej, Akademia Francuska) — zainteresowania uczonego przesuwają się wyraźnie ku tej dyscyplinie, która miała mu pizynieść zupełnie nowy tytuł: ojca religioznawstwa porównawczego.
Na tematy mitoznawcze i religioznawcze wypowiedział się