włosów, na biegunach ramion (na zakończeni a cli struktury krzyżowej) zasady są niesparowane- występuje pojedyncza nić DNA.
Odwrócone powtórzenia są częste w komórkach żywych (in vivo) w pobliżu genów regulatorowych
• mogą uczestniczyć w indukcji
• wywierają wpływ na represję w regulacji ekspresji genów Powtórzenie lustrzane:
Jest to określony odcinek powtórzony w sąsiedztwie, tylko, że jest odbiciem lustrzanym. GGAATCGATCTT TTCTAGCTAAGG
Mogą tworzyć strukturę tripleksu (trójniciową), wytwarzając wiązania równoległe: GGAGAGAAGAA- T -AAGAAGAGAGG CCTCTCTT CTT- A -TTG..
Jeśli jedna z nici jest bogata w zasady purynowe, a druga w pirymidynowe i jest lustrzane powtórzenie, to przy dużym superskręceniu na pewnym ode powstaje struktura trójniciową (bo podwójne parowanie zasad, utworzenie par między jednoimiennymi zasadami). Są to wiązania Hoogsteena - utworzone w obrębie tej samej nici. Na pewnym obszarze musi istnieć odcinek jednoniciowy.
Występują też cząsto w żywych komórkach i też wywierają wpływ na regulacje ekspresji genów.
Powtórzenie niby lustrzane:
GGAGGAGAGAA- T -AAGAAGAGAGG CCTCCTCTCTT- A -TTCTTCTCTCC
Pewny ode nie jest odbiciem lustrzanym. Nie ma wiązań Hoogsteena. Termodynamicznie mniej stabilna struktura.
Powtórzenia proste:
GGAATCGATCTT GGAATCGATCTT
Występują zaraz bezpośrednio po sobie, lub są oddzielone pewnym odcinkiem DNA.
Tworzą struktury: slip- mispaired- „poślizgnięte niesmarowane”.
Może jednak dojść do przesunięcia sekwencji parującej — wypchnięcie sekwencji parującej w postaci pojedynczej nici (jednoniciowa pętla).
5’ GGTAAC GGTAAC 3’
3’pętla CCATTG CCATTG...5'