Sojusz jednak szybko uległ zmianom. Rosja zawarła sojusze ze Szwecją i Danią, z kolei Dania związała się z Polską i Hanzą przeciw Szwecji w 1563 roku. Rosja zdobyła także poparcie cesarza i papieża, którzy chcieli mieć jego przychylność do późniejszej walki z reformacja i Turcją. Na razie przymykali oczy na to, co działo się na Bałtyku. Poza tym wojna inflancką zainteresowane były także Holandia, Anglia i Francja.
W 1563 roku doszło jednak do ponownych starć pomiędzy Szwecją i Danią, znajdujących się zawsze po przeciwnych stronach. Walki rozegrały się na morzu i lądzie. Dania zablokowała nawet żeglugę w cieśninie Sund, aby doprowadzić do blokady Szwecji. Walki były niekorzystne dla strony polskiej ■ car zajął znaczną część Inflant i Połock, a do Estonii wkroczyli Szwedzi. Zygmunt August szukając kolejnych sojuszników, zawarł w 1563 roku układ z Albrechtem Hohenzollernem, na mocy którego prawa dziedziczne do pruskiego lenna zostały przeniesione na brandenburską linię Hohenzollernów.
Nie wiadomo jak zakończyłyby się losy wojny, gdyby nie nastąpiła zmiana na tronie szwedzkim. W wyniku przewrotu na czele państwa stanął Jan, książę finlandzki, szwagier Zygmunta Augusta, który przyjął imię Jana III. Pochodził on także z dynastii Wazów (był ojcem króla Polski i Szwecji, Zygmunta III Wazy). Doprowadziło to do szukania pokojowego rozstrzygnięcia kwestii inflanckiej.
W 1570 roku odbył się kongres w Szczecinie, w trakcie którego Polska z Moskwą podpisały rozejm, a Szwecja z Danią - pokój. W planach Zygmunta zjazd szczeciński miał być początkiem całkowitej separacji Moskwy od kwestii bałtyckiej. Bardzo się jednak przeliczył. Nie rozwiązano zatem do końca kwestii bałtyckiej, natomiast zatwierdzono tymczasowy stan rzeczy; Moskwa otrzymała Narwę, Litwa Rygę i Połock, Polska zaś pozostała przy reszcie Inflant.
Kolejne walki o Inflanty miały miejsce dopiero za Stefana Batorego. Tak więc kongres szczeciński zagwarantował pokój w stosunkach z Rosją na zaledwie dziewięć lat (praktycznie jednak Moskwa zerwała jego postanowienia już w 1577 roku).