FRETILIN usunął się, i prowadził wojnę partyzancką z rejonów górzystych (do 1977 r. spora część obszarów znajdowała się pod jego administracją, i istniały tam samodzielne struktury państwowe).
Wszystko zakończyła ofensywa armii indonezyjskiej, która zgładziła niemal całe kierownictwo partii.
W latach '90 XX w. Timorczycy po raz pierwszy zaczęli wspólnie uczestniczyć w politycznych demonstracjach. Symbolem walki o wolność stał się Xanana Gusmao. Studenci organizowali akcje medialne - pikietowali ambasady i siedziby organizacji międzynarodowych. To zmusiło Indonezję do zmiany polityki. Wycofano dużą liczbę wojsk (używając jednakże paramilitarnych bojówek w celu terroryzowania ludności).
Szansą na niepodległość Timoru Wschodniego stały się zmiany ustrojowe w Indonezji. Nowy prezydent tego kraju, Jusuf Habibie uznał, że utrzymywanie takiego porządku jest zbyt kosztowne dla targanego kryzysem kraju.
Doszło do uruchomienia tzw. Dialogu trójstronnego z udziałem Indonezji, Portugali oraz Sekretarza Generalnego ONZ i na początku maja 1999 r. podpisano porozumienie w sprawie zorganizowania referendum w którym Timorczycy mogliby wybierać między pełną niepodległością a szeroką autonomią w ramach Indonezji. W lipcu utworzony został UNAMET - misja odpowiedzialna za przeprowadzenie plebiscytu. Wynik głosowania ( w którym 79% opowiedziało się za pełną niepodległością) uznano za nieważny. Uczynili to lokalni wojskowi (oczywiście Indonezyjczycy). UNAMET ewakuowała swoich pracowników, a kraj pozostawiony został w stanie postępującej anarchii.
20 IX '99 z odsieczą przybyły siły pokojowe INTERFET, których zadaniem było przywrócenie ładu i bezpieczeństwa. Szefem przejściowej administracji UNTAET został SergioVera de Mello. Nastąpił ogromny napływ pracowników zagranicznych, gdyż trzeba było efektywnie odbudować państwo.
Od początku widoczna była segregacja - na owych pracowników i resztę społeczeństwa. Pracownicy mieli ogromną liczbę przywilejów, korzyści, podczas gdy ludzie żyli w warunkach nędzy (brakowało nawet urządzeń sanitarnych). Timorczycy zachowali posady sprzątaczy, dozorców, portierów czy drobnych sprzedawców.
UNTAET został posądzany o swoisty neokolonializm (głównie przez środowiska lewicowe). Władzę pod względem prawnym sprawowało UNTAET, ale to de facto CNRT (skupiający siły niepodległościowe) był swoistą legitymacją społeczną i sprawował władzę w terenie. Między oboma ośrodkami pojawiły się rozdźwięki i tarcia.
14 kwietnia 2002 w pierwszych wyborach prezydenckich Xanan Gusmao został wybrany pierwszym prezydentem Timoru Wschodniego.
20 maja 2002 odzyskał on pełną niepodległość.