Programy skanujące różnych producentów posiadają odmienne interfejsy obsługi, ale funkcjonalnie niewiele się od siebie różnią. Zawierają one możliwość manipulowania najważniejszymi parametrami skanowanego obrazu, takimi jak: rozdzielczość i tryb koloru (1-bitowy — line-art, 8-bitowy — gray scalę, 24- lub 32-bitowy true-color). Dostępne są także niekiedy opcje związane ze stosowaniem filtrów (wyostrzanie, wygładzanie, usuwanie mory itp,) oraz korekcji gamma. Skanowaną ilustrację można także kadrować oraz manipulować jej położeniem (obracaniem) i wielkością wynikowego obrazu (powiększaniem lub pomniejszaniem).
Skanery mogą być podłączane do komputera za pomocą jednego z trzech rodzajów interfejsów: SCSI, Centronics lub USB. Każdy z nich spełni dobrze swoją rolę w zależności od posiadanej konfiguracji komputera. Jeśli mamy starszy model płyty głównej bez złącz USB i nie korzystamy z żadnych urządzeń SCSI, to najlepszy będzie skaner z interfejsem równoległym (Centronics). A jeśli mamy już w zestawie kontroler SCSI, najrozsądniej będzie nabyć skaner dysponujący właśnie takim interfejsem. Właściciele najnowszych komputerów, wyposażonych w złącza USB i pracujących pod kontrolą Windows 98 lub wyższym nie powinni wahać się przed wyborem modelu z USB.
Trudniej jest dobrać odpowiedni skaner pod względem jego przewidywanego zastosowania. Dla grafika najważniejszą sprawą będzie jakość odwzorowywanych kolorów. Jakość skanera trudno jednak ocenić jedynie po samych jego parametrach technicznych, zwłaszcza że w wielu przypadkach są one identyczne. Trudno też kierować się jedynie renomą producenta, bo „tajwańskie tygrysy" coraz częściej oferują produkty co najmniej równie dobre, jak znani od lat producenci europejscy czy amerykańscy.
Oprócz jakości samego skanera ważną rolę odgrywa też oprogramowanie graficzne, które często dołączane jest wraz z nim w zestawie. Dzięki niemu oraz swoim umiejętnościom można zrekompensować niedokładności powstałe podczas skanowania. Właśnie te umiejętności decydują, że skanować może w zasadzie każdy, ale uzyskiwać nieprzeciętne rezultaty mogą tylko artyści, bo tak naprawdę skanowanie jest sztuką.