Rys. 1. Przemiany biochemiczne związków organicznych zachodzące w czasie fermentacji metanowej
W procesie fermentacji metanowej ważną rolę odgrywają bakterie syntroficzne. Bakterie te mają zdolność utleniania kwasu pirogronowego z użyciem wody jako donora elektronów, zgodnie z reakcją:
CH3COCOOH + H20 — CHjCOOH + H20 + C02
W wyniku tej reakcji wytwarzany jest wodór i di tlenek węgla. Bakterie syntroficzne syntetyzują substancję komórkową z octanu i dwutlenku węgla. Wykorzystują także jako substrat kwasy organiczne zawierające 4-8 atomów węgla w cząsteczce.