Kontrola finansowa jest przeprowadzana przez inspektorów izb, którzy mają prawo do:
żądania niezbędnych informacji dotyczących działalności
kontrolowanych jednostek, w szczególności ich gospodarki
finansowej z zakresu realizacji budżetu oraz prowadzonej
przez nie gospodarki finansowej;
wstępu na teren i do pomieszczeń jednostek kontrolnych;
wglądu w dokumentację związaną z dysponowaniem środkami
pieniężnymi, łącznie z kontrolą stanu kasy;
wzglądu w dokumentację związaną z gospodarką finansową
kontrolowanej jednostki;
zabezpieczenia dokumentów i innych dowodów.
Ponadto ustawa zapewnia ochronę prawną przysługującą funkcjonariuszom publicznym.
Po zakończeniu kontroli sporządzane są dwa dokumenty:
1. protokół z kontroli stanowiący wynik kontroli, czyli opis stwierdzonego stanu faktycznego,
2. wystąpienie pokontrolne, stanowiące oficjalne stanowisko RIO wobec wyników kontroli; wystąpienie pokontrolne kierowane jest przez RIO do kontrolowanej jednostki i ma zawierać:
wskazanie źródeł i przyczyn stwierdzonych nieprawidłowości i ich rozmiarów,
wskazanie osób odpowiedzialnych za nieprawidłowości, wnioski zmierzające do usunięcia nieprawidłowości i usprawnienia dalsze działalności.
Nadzór nad działalnością regionalnych izb obrachunkowych pod względem zgodności ich działania z prawem, sprawuje Prezes Rady Ministrów. Powołuje on przewodniczącego izby i na jego wniosek -zastępcę. Premier określa także zasięg terytorialny i siedzibą dla każdej izby regionalnej.
Organy izby stanowią: kolegium izby oraz komisja orzekająca w sprawach o naruszenie dyscypliny budżetowej. Kolegium izby składa się z przewodniczącego, którym jest prezes izby oraz członków powołanych w równych częściach przez premiera i właściwe terytorialne sejmiki samorządowe. Każdy sejmik samorządowy powołuje po dwóch członków spoza swego składu. Członkowie Kolegium nie mogą być pracownikami samorządowymi oraz członkami organów gmin. Członkowie Kolegium w zakresie wykonywania funkcji kontrolnych nie podlegają organom, które je powołały.
Zasięg terytorialny, organizację wewnętrzna i tryb postępowania RIO określa rozporządzenie Prezesa Rady Ministrów z dnia 9 grudnia 1992 r. w sprawie siedzib i zasięgu terytorialnego regionalnych izb obrachunkowych oraz szczegółowej organizacji izb i tryb postępowania.