-jeśli Parlament zgłosi poprawki do stanowiska Rady UE z pierwszego czytania większością głosów, to zmieniony tekst projektu aktu jest przekazywany Radzie i Komisji, które wydają opinię co do poprawek
Jeśli w ciągu kolejnych trzech miesięcy od przekazania jej sprawy, Rada UE kwalifikowaną większością głosów przyjmie zmiany zaproponowane przez Parlament, akt prawny uważa się za przyjęty. Aby przyjąć poprawki, które otrzymały negatywną opinię Komisji Europejskiej, Rada UE musi działać jednomyślnie. W przypadku gdy Rada UE ustosunkuje się negatywnie do proponowanych przez Parlament poprawek przewodniczący Rady, w porozumieniu z przewodniczącym Parlamentu, zwołuje w ciągu sześciu tygodni posiedzenie Komitetu Pojednawczego. W jego skład wchodzą członkowie Rady UE lub ich przedstawiciele oraz, w tej samej liczbie, pizedstawidele Parlamentu Europejskiego. Zadaniem Komitetu Pojednawczego jest osiągnięcie porozumienia między Radą UE i Parlamentem Europejskim co do wspólnego tekstu przygotowywanego aktu prawnego. W pracach Komitetu Pojednawczego uczestniczy także Komisja Europejska. Podejmuje ona wszelkie działania na rzecz pogodzenia stanowisk Rady UE i Parlamentu Europejskiego. Jeżeli w ciągu sześciu tygodni od zwołania Komitetu zatwierdzi on wspólny tekst, to Parlament większością oddanych głosów (trzecie czytanie) i Rada UE kwalifikowaną większością głosów przyjmują dany akt, zgodnie z uzgodnionym przez Komitet Pojednawczy tekstem. Jeśli którakolwiek z tych instytucji nie zatwierdzi w terminie sześciu tygodni proponowanego aktu, uznaje się
go za nieprzyjęty. Ustalone teiminy trzech miesięcy i sześciu tygodni mogą zostać przedłużone maksymalnie o miesiąc i dwa tygodnie, z inicjatywy Parlamentu lub Rady UE.