Jej nauczyciele byli pochodzenia mieszczańskiego, a liczba uczniów przekroczyła niebawem 500. Celem szkoły było przygotowanie młodzieży do cnotliwego życia na ziemi i do zarządzania interesami Rzeczypospolitej. Na dowód tych świeckich i obywatelskich intencji - do programu wprowadzono naukę historii Polski i naukę arytmetyki, natomiast naukę retoryki przepojono śmiałymi ideami postępowych reform społeczno-ustrojowych.
Uniwersytet zakładał tego typu szkoły (kolonie) w innych miastach. Na początku XVII w., sprzeciwiając się przekształceniu kolegium jezuickiego w Poznaniu na akademię (taką rangę w 1611 r. nadawał jej przywilej królewski), utworzył tu własną szkołę. Potem utworzyła swoją kolonię: w Kaliszu, Lwowie, Płocku, Białej, Piotrkowie, Radomiu, Przemyślu, Sieradzu, Tarnow ie, Warszaw ie, Włocław ku i innych miastach.
Akademia opracowywała dla nich programy, dawała własnych nauczycieli i rektorów, administrowała ich finansami i nadzorowała ich działalność drogą wizytacji. Szkoły te nie zawsze miały trwały byt. Często przejmowały je inne zgromadzenia zakonne, często pijarzy.
Walka Akademii Krakowskiej z jezuitami rozgrywała się też na innej płaszczyźnie. Ażeby podnieść swoją pozycję zabiegano o beatyfikację własnego świętego. Taki proces pochłaniał nie mało pieniędzy i absorbował czas.
Jezuici ten cel osiągnęli już w 1726 r., kiedy kanonizowany został Stanisław Kostka (1550-1568), nowicjusz tego zakonu. Uniwersytet - ponad 100 lat zabiegał o kanonizację Jana Kantego, prof. teologii Akademii Krakowskiej (1390-1473). Dopiero w 1767 r. osiągnięto zamierzony cel. Koszt kanonizacji wyniósł ok. 1 min. zł.
Niechęć do szkolnictwa jezuickiego okazywała także postępowa szlachta. Zebrana na sejmie elekcyjnym w 1587 r., po śmierci ostatniego Jagiellona, Zygmunta Augusta (1520-1572), sformułowała w pacta conventa dezyderat, by przyszły monarcha przywiódł Akademię Krakowską do lepszego stanu przez sprowadzenie „tam zewsząd uczonych mężów, profesorów znakomitych we wszelkiej gałęzi i wszelkim wydziale nauk”, która wychowywałyby młodzież szlachecką duchu narodowym i do służby krajowi ucząc prawa polskiego, umiejętności skutecznego występowania na sejmikach i w sądach oraz ćwiczeń wojskowych.
Prawdopodobnie inicjatorem tej uchwały był wielki hetman koronny i kanclerz Jan Zamoyski (1542-1605), który był znany także ze swych wielostronnych zainteresowań humanistycznych, jakie rozwinęły się znakomicie w czasie wieloletnich studiów zagranicznych. Jak wiemy, był uczniem gimnazjum Sturma w Strasburgu, studiował w College Royal i w Sorbonie w Paryżu oraz na uniwersytecie w Padwie.
Kiedy plany reformy Akademii Krakowskiej, jak i utworzenia świeckiej uczelni (Collegim Regium) upadły, wystąpił do papieża Klemensa VIII z prośbą o zatwierdzenie planu powołania do życia w Zamościu Akademii z trzema wydziałami: sztuk wyzwolonych, prawa i medycyny, z upoważnieniem do nadawania stopni naukowych.
Papież w 1594 r. projekt zatwierdził. Na tej podstawie dn. 15 marca 1595 r. zostali wpisani do albumu Akademii Zamojskiej pierwsi studenci; natomiast oficjalny akt fundacyjny ogłoszony został w 1600 r.
Organizacja uczelni była dosyć złożona. Obejmowała dw a stopnie kształcenia. Pierwszy -niższy (klasy elementarne - inferiores)) stanowił wprowadzenie do właściwych studiów wyższych (clcisses supeńores, studia publica).
Pierw szy stopień, dla dzieci od 7 do 12 roku życia, obejmował 3 klasy.
W klasie I, jednorocznej, chłopcy zaczynali od nauki czytania i pisania w języku polskim, wg gramatyki Jana Koclianowskiego, a następnie przechodzili do początków języka łacińskiego i greckiego. W klasie II - pogłębiali swoje umiejętności w łacinie i grece, przechodzili do poznania zasad składni oraz uczyli się analizy gramatycznej krótkich sentencji wyjętych z pism Cycerona i Demostenesa. W klasie III - poznawali początki filozofii i wymowy.
Drugi stopień - studia akademickie, organizowany był przez siedem katedr. Pierwsze cztery katedry prowadziły poszerzony kurs nauki dawnego quadrivium, a więc arytmetyki, geometrii, logiki, metafizyki i filozofii naturalnej, czyli nauk przyrodniczych i medycyny oraz retoryki, czyli „elokwencji i krasomówstwa”, która nastawiona była na przygotowanie młodzieży do publicznej działalności na dworach i w innych instytucjach państwa.
2