Akacjusz popierał nowego biskupa i ma nadzieję, że Cyryl przyłączy się do arian. Okazuje się jednak, że się przeliczył, bowiem od razu obaj biskupi przystępują do walki o wpływy i władzę. Akacjusz, przejęty swym tytułem zwierzchnika palestyńskiej prowincji kościelnej, powołuje się na swe prawo do wglądu i kontroli. Natomiast nowy biskup Jerozolimy sprzeciwia się mu, opierając się na siódmym Kanonie (dekrecie) nicejskim, który określa, że „biskup Jerozolimy będzie miał pierwszeństwo pozorne i honorowe”. Akacjusz wzywa Cyryla przed swój trybunał, a za odmowę stawienia się przed sądem buntownik zostaje zaocznie skazany pod kłamliwym zarzutem „marnotrawienia dóbr kościelnych”. Cyryl odpiera zarzuty, stwierdzając: „Podczas głodu sprzedawałem święte naczynia i ozdoby, aby pomóc głodnym z diecezji”. Nic to jednak nie pomaga. Cyryl został wygnany.
Wygnaniec najpierw przebywa w Antiochii, później w Cylicji, w Tarsie, którego gościnny i pełen ufności biskup jest zwolennikiem formuły homoiousios. W 359 roku Cyryl zostaje przywrócony na swój urząd przez synod w Seleucji. Zaledwie wraca do swej biskupiej siedziby, ponownie zostaje wygnany wraz z innymi zwolennikami homoiousios. Tym razem jest to efekt postanowień synodu ariańskiego w Konstantynopolu w 360 roku, kierowanego przez Akacjusza. Wtygnanie trwa do śmierci cesarza Konstancjusza, czyli do 362 roku. Pod koniec tego roku nowy cesarz, Julian Apostata, stara się odbudować świątynię jerozolimską, aby w ten sposób dowieść nieprawdziwości przepowiadania Chrystusa („Zaprawdę, powiadam wam, nie zostanie tu kamień na kamieniu, który by nie był zwalony” - Mt 24,2). Przyczyny niepowodzenia tego przedsięwzięcia Apostata upatruje w „knowaniach Cyryla”.
W 367 roku, na mocy edyktu cesarza Walensa, Cyryl zostaje na nowo wygnany - tym razem na jedenaście lat. Gdy w 378 roku wraca do swej diecezji, zastaje ją całkowicie zniszczoną, W tej sytuacji, mimo zupełnego wyczerpania, sześćdziesięcioletni biskup przejmuje rolę zręcznego i zdecydowanego reformatora. Bierze udział w 381 r. w Soborze Konstantynopolitańskim I. W 382 roku, podczas sesji uzupełniającej pierwszego Soboru Powszechnego w Konstantynopolu, jednomyślni ojcowie Soboru kierują do papieża Damazego list, który jest prawdziwą i wzruszającą, kolegialną pochwałą oraz wyrazem żywego braterstwa: „Donosimy Wam, że biskupem Kościoła Jerozolimskiego jest czcigodny i wielki przyjaciel Boga, Cyryl, wyświęcony przez biskupów swej prowincji, który w różnych miejscach wspierał walki antyariańskie”. Cztery lata później kończy się ziemskie życie Cyryla. Ten człowiek pokoju, głęboko zasmucony podziałem Kościoła, umiera w wieku siedemdziesięciu jeden lat.
Dwadzieścia cztery katechezy. Bez wątpienia Cyryl dużo mniej znaczyłby w historii, gdyby przez rok (347?) jako zwykły kapłan bądź już jako biskup (350?) nie głosił homilii skierowanych do ludu Jerozolimy. Zostały one zebrane w dzieło zatytułowane po prostu: Katechezy. Oto kilka uwag dotyczących tekstów homilii - tak ważnych, pouczających i charakterystycznych.
Plan dzieła. Całe opracowanie jest ułożone według planu: • katecheza wstępna: wprowadzenie dla katechumenów; • osiemnaście katechez chrzcielnych: pięć pierwszych to nauki moralne; trzynaście pozostałych stanowi wyjaśnienie prawd wiary według formuły obowiązującej w Kościele Jerozolimskim.
Katechezy: Wstępna, 18 przedchrzcielnych (wygłoszone i spisane w 348 - prawdopodobnie bezpośrednio), 5 mistagogicznych (spisane chyba już po śmierci Cyryla, bądź przygotowane przez niego w formie pisanej i później wydane):