84736

Co jest czynnikiem ilości tryptofanu?

Białko TRAP - białko wiążące RNA z operonem tryptofanowego. Tworzy kompleks z tryptofanem i RNA powstającym na operonie tryptofanowym.

Kompleks tworzy regularną kulistą strukturę, która silnie zależy od ilości tryptofanu. Duża struktura powstaje, gdy jest spory zapas tryptofanu.

-    mała ilość trp - brak TRAP. Transkrypt jest prawidłowy, nie następuje terminacja, powstaje duża spinka

-    duża ilość Trp - TRAP aktywne, powstaje mała spinka i terminacja.

Polimeraza czasem się cofa, towarzyszy temu wyparcie DNA od matrycy. 3' koniec jest odrywany od matrycy. Może to mieć fatalne skutki.

Aby zapobiec problemom, fragment musi być odcięty.

Polimeraza RNA ma aktywność polimerazową (hydrolityczną) nie jest ciągle aktywna. Potrzebne są jej 2 czynniki białkowe: GreB i GreA (nie posiadają właściwości nukleazowych, stymulują polimerazę, by jej aktywność była włączana.

Igła, na której znajdują się 2 wzajemnie naładowane aminokwasy i Mg2+ do chodzi do przemieszczenia centrum aktywnego, uaktywnienie nukleazy. Odpowiedź jest indukowana na niedobór warunków wzrostu. Zmniejszany jest poziom transkrypcji.

W odpowiedzi ścisłej pośredniczą związki ppGpp i pppGpp (alarmony)

Są syntezowane w warunkach niedoboru aminokwasu przez białko RelA, które tworzy kompleks z DksA. Wyłącza transkrypcję.

Białko DksA w kompleksie z alarmonem oddziałwyuje podobnie jak polimeraza, co hamuje transkrypcję.

mRNA eukariotyczne- podlega dojrzewaniu mRNA bakteryjne - nie podlega procesowaniu

rRNA.

Rybosomalny RNA u E. coli i bakterii jest transkrybowany jako całość. Pierwotna wersja rRNA to pre-rRNA. Występuje w kilku kopiach.

Należy wydzielić fragmenty odpowiedzialne rRNA. Za cięcie są odpowiedzialne rybonukleazy. Miejsca takie są charakterystyczne - dwuniciowe RNA.

Rybonukleaza III E i F tnie - nie ma właściwości endonukleazy.

tRNA

wszystkie pre-tRNA podlegają dojrzewaniu, nieważne, gdzie się znajdują. Dojrzewanie nie jest trywialne. Pre-tRNA przyjmuje specyficzną strukturę wyższego rzędu - liścia koniczyny z 2 dodatkowymi strukturami spinki do włosów. Dojrzewanie następuje od 3' końca.

Rybonukleazy E i F odcinają struktury od 3' końca.

RNaza D - odbudowuje kolejne reszty idąc od 3' końca (7 reszt)

RNaza P - odcina fragment ze spinką przy 5' końcu.

Powstaje dojrzała cząsteczka

Na końcu 3' znajduje się charakterystyczna sekwencja CCA.

RNaza Z - dobudowuje CCA - niezależna od matrycy RNazy

RNaza P - złożona z wielu podjednostek, jedną z nich jest RNA, skompleksowany z białkami. Białko

hybrydowe - relikt czasu.

tRNA i rRNA są skutkiem procesowania

modyfikacje chemiczne - w większości z nich reszty cukrowe ulegają modyfikacjom, np.: pseudourydyna, dihydrourydyna, dotyczy zasad (poszczególnych atomów). Są także takie modyfikacje, w których wycinane są całe nukleotydy.

Liczba modyfikacji - w tRNA zmieniają ich charakter molekularny. Zwiększa się specyficzność tych cząsteczek. Zmienione tRNA mają zwiększoną zdolność do oddziaływania z większą ilością kodonów.