84765

Otóż sam aparat który służy nam do podania masy a właściwie stosunku masy i ładunku białka który jest analizowany w tej technice byłby niczym gdyby nie bazy danych, które pozwalają nam na przypisanie wyniku otrzymanego na skutek spektrografii masowej określonej charakterystyce białka, czyli określonej strukturze pierwszorzędowej.

Tak naprawdę najczęściej po wykonaniu elektroforezy dwuwymiarowej fragment żelu zawierający białko jest izolowany, następnie zlokalizowane w nim białko jest poddawane trawieniu enzymami proteolitycznymi, otrzymujemy krótkie fragmenty które są analizowane w spektrogramie masowym. Każdy fragment o określonej strukturze l-rzędowej powinien mieć też charakterystyczny stosunek ładunku do masy. W ten sposób identyfikowane są krótkie peptydy, które potem złożone w całość mówią nam o tym jakie mieliśmy białko.

Przy pomocy tej techniki profiluje się białka dla wybranych stanów komórki np. stanu nowotworowego, stanu odpowiadającego jakiejś chorobie lub innym stanom metabolicznym powodującym powstanie takiego a nie innego proteomu.

Metody służące analizie proteomu ale pod innym kątem - nie jako całości, tylko jego wybranych elementów. Ich celem jest badanie oddziaływań białko - białko. W pewnych wariantach metody te mogą być użyteczne do badania całych zestawów białek.

• Phage display

prezentacja białek na fagach - istota/wyjście do tej metody jest na schemacie. Mamy faga o budowie filamentowej z osłonką białkową a tam poszczególne białka widoczne na zewnątrz faga - gdybyśmy się zmniejszyli do wielkości faga to byśmy zobaczyli to białko - nie genom w środku tylko osłonkę białkową.

Istota phage display -> kontruuje się specjalne fagi, których osłonka składa się z białek, które w części są właściwymi fagowi naturalnymi białkami, a w części zawierają dodatkowy element białkowy, który jest prezentowany na fagu (stąd nazwa).

skonstruowany genom faga - gen fagowy, który koduje białko

Schemat pokazujący jak jest osłonkowe jest zmieniany metodami    inżynierii

genetycznej tak że możemy doklonować do niego interesujący nas gen naszego białka.

Różne białka fagowe są wykorzystywane, różne geny w zależności od typu