Holoenzym - cząsteczka enzymu będącego białkiem złożonym. Składa się z części białkowej -apoenzymu i części niebiałkowej- kofaktora.
Kofaktor - związki chemiczne, które są potrzebne enzymom do katalizowania konkretnych reakcji chemicznych. Niektóre kofaktory to związki nieorganiczne, takie jak atomy metali; Zn, Fe, Cu w odpowiednich formach, inne jak np. większość witamin, to związki organiczne, znane jako koenzymy
Grupa prostetyczna - niebiałkowy składnik, który po połączeniu z białkiem tworzy funkcjonalny kompleks, funkcję grupy prostetycznej mogą pełnić różne związki organiczne np. cukry, lipidy i substancje nieorganiczne np. jony metali, hem. Niebiałkowa część enzymu decyduje o charakterze przeprowadzanej reakcji enzymatycznej. Grupa prostetyczna jest trwale związana z białkiem enzymatycznym a jej odłączenie powoduje utratę właściwości katalitycznych enzymu.
Działanie koenzymów - niektóre enzymy nie są zdolne do bezpośredniego przyłączenia substratu, którego reakcję katalizują. Wówczas enzym wprzęga do pomocy dodatkowo koenzym jako łącznik w wiązaniu substratu lub substratów z centrum aktywnym enzymu. Najpierw jeden substrat łączy się z koenzymem, tworząc kompleks koenzym- substrat następnie ten kompleks łączy się z drugim substratem i powstaje kompleks który dostarcza produktów i uwalnia koenzym.
centrum aktywne - stanowi grupa aminokwasów które leżą blisko siebie w trójwymiarowej cząsteczce, część cząsteczki bezpośrednio zaangażowana w reakcję chemiczną, może być odsłonięte lub zakryte, powstaje w określonych miejscach łańcuchów aminokwasu, blisko powierzchni cząsteczki enzymu.
modele tłumaczące proces tworzenia kompleksu enzym-substrat:
a) model zamka i klucza - zarówno enzymy jak i substraty są do siebie geometrycznie dopasowane w taki sposób, że idealnie pasują jeden do drugiego, Moden ten wyjaśnia specyficzność enzymów, ale nie wyjaśnia w jaki sposób stabilizowany jest stan przejściowy podczas reakcje enzymatycznej
b) model indukowanego dopasowania - model opierający się na dopasowaniu kształtu enzymu do substratu, poza tym enzym może zniekształcać substrat wymuszając w nim konformację podobną do stanu przejściowego, przykładem może być związanie glukozy i heksokinaz