Syntetyzowany polipeptyd dostaje się do środka tworząc pętlę (bo sekwencja sygnałowa pozostaje w kanale). W pewnym momencie peptydaza sygnałowa (ze światła ER) odcina sekwencję sygnałową (wypada ona wtedy do cytoplazmy i ulega degradacji). Białko zostaje w ten sposób w świetle ER.
Białko może być przeplecione przez błonę raz lub kilka razy: wtedy w pewnym momencie pojawia sie sekwencja stop-transfer. Zostaje ona uwolniona z kanału poprzez jego boczne otwarcie i zakotwiczona w błonie (równocześnia odcinana jest sekwencja sygnałowa). Translokacja zostaje rozpoczęta ponownie przez sekwencję start-transfer itp. Po odcięciu peptydu sygnałowego białko pozostaje w błonie.
Aparat Golgiego jest systemem cystern i pęcherzyków. Jego główną rolą jest "segregacja" białek i ich modyfikacja (dodawanie grup węglowodanowych do przyszłych glikoprotein).
Od strony siateczki endoplazmatycznej znajduje się strona cis (CGN = cis Golgi network), wewnątrz cysterny, a od strony błony komórkowej strona trans (TGN = trans Golgi network) Pęcherzyki dostają się do aparatu Golgiego od strony cis, "przechodzą" przez cały aparat Golgiego i są wydzielane przez TGN. TGN jest fragmentem najbardziej pofałdowanym, tu właśnie następuje "sortowanie"produktów - np. tworzone są lizosomy z zamnkniętymi w nich enzymami proteolitycznymi.
Wszystkie pęcherzyki odpączkowujące od błon (nie tylko aparatu Golgiego) są opłaszczone (otoczone płaszczem białkowym z klatryny) Klatryna należy do triskelionów, tworzy siateczkę o układzie pseudokrystalicznym, układa się w kulę o określonej średnicy - nie pozwala na tworzenie dużych pęcherzyków.
Pęcherzyk powstaje jako dołek opłaszczony klatryną, uwypukla się, odcinany dzięki dynaminie (GTP -> GDP).
Płaszcz z błoną wiążą adaptyny - zawierają one sygnał transportu rozpoznawany przez receptory cargo w przedziale wyjściowym (umożliwia wychwytywanie odpowiedniego "ładunku" do transportu). Znajdują się też na nim białka COP (np. COP II kieruje do aparatu Golgiego).
Na powierzchni pęcherzyka znajdują się znaczniki molekularne V-SNARE (np. białka Rab?) niosące informację o tym, z czym ma się połączyć dany pęcherzyk (np. z lizosomem lub błoną komórkową). Fuzję powoduje połączenie się go z odpowiednim T-SNARE na powierzchni błony docelowej.
Pinocytoza (płyn i małe cząsteczki):
cząsteczki wiążą się z receptorem na powierzchni komórki
wnikają do środka jako kompleks z receptorem (tworzą się dołki i pęcherzyki opłaszczone klatryną)