Wymaga określenia szeregu cech charakterystycznych i wymaganych dla danej grupy drobnoustrojów, które pozwolą na zaliczenie wyizolowanego drobnoustroju do już istniejącej lub nowej jednostki systematycznej, którą należy dopiero utworzyć.
Polega na określeniu przynależności badanego (wyizolowanego) organizmu do odpowiedniej jednostki taksonomicznej, najczęściej do gatunku.