• Metody bezpośrednie - metody mikroskopowe
• Metody pośrednie:
- hodowlane,
- wagowe,
- optyczne
Bezpośrednie liczenie komórek mikroorganizmów pod mikroskopem
• Liczenie drobnoustrojów przy użyciu komór (np. hemocytometru, komory Thoma, komory Burkera).
• Liczenie drobnoustrojów w preparacie przyżyciowym.
• Liczenie drobnoustrojów metodą Breeda w preparacie barwionym.
• Metoda DEFT (Direct Epifluorescent Filter Technique) - bezpośrednia epifluorescencyjna technika filtracyjna.