3784504057

SYLABUS PRZEDMIOTU NA STUDIACH WYŻSZYCH

Lp.	Elementy składowe sylabusu	Opis
1.	Nazwa przedmiotu	Bioinformatyka
2.	Nazwa jednostki prowadzącej przedmiot	Wydział Biotechnologii.
3.	Kod przedmiotu	Bioinfo2
4.	Język wykładowy	polski
5.	Grupa treści kształcenia w ramach której przedmiot jest realizowany	- grupa treści podstawowych
6.	Typ przedmiotu	obowiązkowy do ukończenia całeqo toku studiów
7.	Rok studiów, semestr	I rok studiów II stopnia, II semestr
8.	Imię i nazwisko osoby	Dr hab. Daniel Krowarsch wykład
	(osób) prowadzącej przedmiot	Dr Filip Jeleń ćwiczenia
9.	Metody dydaktyczne	Wykład i ćwiczenia
10.	Wymagania wstępne	Zaliczenie przedmiotów: struktura i funkcja białek i cukrów, struktura i funkcja kwasów nukleinowych, informatyka, ćwiczenia rachunkowe.
11.	Liczba godzin zajęć dydaktycznych	15/15.
12.	Liczba punktów ECTS przypisana przedmiotowi	3 ECTS.
13.	Założenie i cele przedmiotu	Celem przedmiotu jest przedstawienie sposobów gromadzenia oraz przetwarzania danych, analizy sekwencji nukleotydowych i białkowych, omówienie metod obliczeniowych stosowanych do przewidywania struktur polipeptydów oraz projektowania białek i niskocząsteczkowych ligandów. Ćwiczenia: Student powinien nabyć umiejętności: wizualizacji struktur białkowych, analizy aminokwasów zaangażowanych w tworzenie kompleksów białkowych, sporządzania dopasowań sekwencyjnych, analizy podobieństwa homologicznych białek oraz posługiwania się bazami danych literaturowych, sekwencyjnych i strukturalnych
14.	Forma i warunki zaliczenia	Wykład: Dopuszczenie do egzaminu następuje po
	przedmiotu, w tym zasady	zaliczeniu ćwiczeń z bioinformatyki.
	dopuszczenia do egzaminu,	Egzamin pisemny w trakcie sesji egzaminacyjnej.
	zaliczenia z przedmiotu, a	Ćwiczenia: zblokowane w ciągu jednego tygodnia,
	także formę i warunki	forma oceny: aktywność na zajęciach, raport z
	zaliczenia poszczególnych form zajęć wchodzących w zakres danego przedmiotu	wykonania ćwiczeń i kolokwium zaliczeniowe
15.	Treści merytoryczne	Analiza i przetwarzanie informacji. Budowa, typy oraz
	przedmiotu oraz sposób ich	korzystanie z baz danych. Wykorzystanie informacji z
	realizacji	baz danych. Porównywanie sekwencji białkowych i nukleotydowych, typy homologii i podobieństwa, matryce. Tok postępowania przy analizie sekwencji. Algorytmy oraz programy do analiz i uwspólniania sekwecji (alignment). Podstawy dynamiki molekularnej, sieci neuronowych oraz algorytmów genetycznych. Przewidywanie struktur drugo- oraz trzeciorzędowych białek. Modelowanie homologiczne. Zastosowanie metod statystycznych oraz dynamiki molekularnej. Integracja metod przewidywania struktury i funkcji białek. Przewidywanie oddziaływań pomiędzy białkami oraz białkami i ligandami niskocząsteczkowymi. Metody projektowania białek o pożądanych własnościach oraz ligandów oddziałujących z białkami. Ćwiczenia: Zaznajomienie z zawartością baz danych literaturowych, sekwencyjnych i strukturalnych.