Kiedy w państwach zachodnich od połowy XVII rozwój oświaty zaczął się wyraźnie umacniać, a pod wpływem nowożytnej filozofii nastąpił także rozwój teorii nauczania i wychowania, która wywiera znaczny wpływ także na praktykę szkoloną, wówczas Polska wyraźnie zaczyna cofać się z równorzędnego dotąd z Zachodem stanowiska.
Wojny i kozackie i szwedzkie, wojny z Moskwą i Turcją niszczą kraj. Miasta upadają. Młodzież szlachecka, pod wpływem niepokojów wewnętrznych, traci podnietę do wyższego kształcenia się i wyjazdów zagranicę; wystarcza jej edukacja w kolegiach jezuickich.
Rody magnackie, dzięki osobistym stosunkom i zamożności, trzymają się kultury dworskiej Zachodu. Mniej natomiast interesują się szkolnictwem krajowym, które nie odpowiada ich aspiracjom.
Akademia Krakowska, która jeszcze w 1640 r. Chlubiła się kształceniem synów wojewody ruskiego Jakuba Sobieskiego (Marka i Jana), ma teraz coraz mniej mecenasów i ubożeje. Jej muiy zaczyna wypełniać młodzież mieszczańska, a nawet chłopska, co jeszcze bardziej obniżało jej wartość w oczach magnatów i zamożnej szlachty.
Całe wychowanie publiczne spoczywało w rękach kolegiów jezuickich oraz garstki szkół pijarskich i kolonii Uniwersytetu Krakowskiego, które zresztą starały się upodobnić do jezuickich.
Tymczasem jezuici, po zgnębieniu ruchu różnowierczego (udanej kontrreformacji) sami zaniedbali się pod względem naukowym i zakrzepli w rutynie. Nawet nie starali się o przestrzeganie Ratio studiorum. Język grecki zniknął zupełnie z programów szkolnych, obniżył się poziom lektury klasyków, usunięto wszelkie ślady tzw. realiów.
Wbrew wyraźnemu zakazowi przepisów dyscyplinę opierano na cielesnej chłoście i na tajnym donosicielstwie.
Niesforna młodzież ciągłe wywoływała awantury, organizowała pogromy innowierców i Żydów (zwykle w czasie Wielkiego Postu - za ukrzyżowanie Chrystusa), które zwykle uchodziły bezkarnie. Przerwy świąteczne i wakacyjne niepokojąco przedłużały się, co powodowało rozluźnienie organizacji nauki szkolnej i spadek powagi nauczycieli, którzy swoje obowiązki zaczęli uważać za przykry ciężar.
Zamiast zdrowych zasad moralnych, szkoła zadowalała się zaszczepianiem uczniom zewnętrznie okazywanej cnotliwości i dewocji
Pod względem politycznym, szkoła nie umiała wychować dobrych obywateli, wzmacniała jedynie fanatyzm wyznaniowy, wyłączność stanową i przywiązanie do zepsutego porządku publicznego.
Celem kształcenia umysłu była nauka retoryki - pustej, szumnej, nadętej, przesyconej
panegiryzmem. Język polski, dopuszczony do układania mów, listów i komplementów, zanieczyszczony był makaronizmem, tzn. domieszką całych łacińskich zwrotów do polskiego tekstu. Chętnie w szkole i w życiu publicznym popisywano się tanią erudycją, zszywaną z wyuczonych sentencji i cytatów; napuszonej wymowy, która coraz bardziej kwitła w życiu publicznym, na sejmikach, trybunałach i w życiu prywatnym: przy chrztach, weselach i pogrzebach.
Napuszona wymowa łacińska opanowała zwłaszcza całą dziedzinę prawa i sądownictwa. Bez łacińskiego żargonu szlachcic nie mógł szukać sprawiedliwości, ani na równi z innymi uczestniczyć w sejmikowaniu, czy w życiu towarzyskim. Toteż najgłębsze wyrobiło się przekonanie, że łacina jest drugim językiem narodowym i że szkoła łacińska - z tym wszystkimi wadami - jest najużyteczniejszą dla narodu instytucją edukacyjną.
To, co najbardziej teraz interesowało starszyznę polskiej prowincji jezuickiej, to uzyskanie monopolu na edukację młodzieży szlacheckiej.
W 1582 r. król Stefan Batory, pod naciskiem Rzymu, zmusił biskupa Myszkowskiego do oddania jezuitom w Krakowie kościoła św. Barbary, co zdecydowanie zaostrzyło ich spór z Uniwersytetem, który postanowił powołać własną szkołę średnią przy kościele św. Anny. Uchwałę tę w dwa lata później, w 1588 r. zrealizował rektor Stanisław Pik-ZawadzkL Szkole nadano charakter humanistyczny. Umocniła ona swoją pozycję w 1617 r. dzięki fundacji Bartłomieja Nowodworskiego, która zabezpieczyła jej byt materialny.
1