Zainteresowania naukowe prof. Henryka Fontanskiego skupiają się wokol językoznawstwa wschodniosłowiańskiego oraz językoznawstwa konfrontatywnego. Dotyczą przede wszystkim składni języka rosyjskiego w konfrontacji z językiem polskim w ujęciu komunikacyjno-funkcjonalnym oraz opisu gramatycznego współczesnego języka Łemków. Zajmował się również statystyką językową, teoretycznymi podstawami badań konfrontatywnych, jak również zagadnieniami dydaktycznymi.
Jego dorobek naukowy obejmuje m. in. dwie prace monograficzne ("Stosunki współrzędności w Zdaniu pojedynczym n> języka polskim i rosyjskim" Wyd. UŚ. Katowice 1980, "Anaforyczpe przymiotniki wskazujące w języku polskim i rosyjskim. Problem użycia" Wyd. US. Katowice 1986), współautorstwo Gramatyki języka łemkowskiego. Wyd. I: „Śląsk", Katowice 2000; Wyd. II: „Rutenika", Warszawa 2004, autorstwo rozdziału „ŁemkowszęzyzPa” w tomie "Język rusiński" z serii monograficznej „Najnowsze dzieje języków słowiańskich" (Opole 2004), współautorstwo słownika terminologii lingwistycznej, bibliografii slawistyki językoznawczej oraz ponad 70 artykułów i innych opracowań naukowych.
Byl promotorem pięciu rozpraw doktorskich.
Od 2000 r. jest redaktorem serii „Językoznawstwo słowiańskie” Wydawnictwa Uniwersytetu Śląskiego oraz członkiem Komitetu Redakcyjnego czasopisma Mundo Eslaw wydawanego przez Uniwersytet w Grenadzie.
Laureat nagród: Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki w r. 1981, Ministra Edukacji Narodowej w r. 1988 oraz Rektora: WSP w Opolu (1976) i Rektora Uniwersytetu Śląskiego (1980, 1983, 1984, 1989). Odznaczony Brązowym i Złotym Krzyżem Zasługi (2004) oraz Medalem Komisji Edukacji Narodowej (2005).
5-letnie studia magisterskie w zakresie filologii rosyjskiej, Wydział Filologiczno-Historyczny, Wyższa Szkoła Pedagogiczna im. Powstańców Śląskich w Opolu, rok ukończenia: 1971, promotor: doc. dr Stanisław Kochman
„Stosunki współrzędności w zdaniu pojedynczym w języku rosyjskim i polskim; promotor: doc. dr hab. Stanisław Kochman, Wyższa Szkoła Pedagogiczna im. Powstańców Śląskich w Opolu, Wydział Filologiczno- Historyczny, 11.11.1976 r.