Ogromną zaletą tej metody jest możliwość dokładnego ustalenia struktury chemicznej związków chemicznych z niemal absolutną pewnością, umożliwiającą zbudowanie ich rzeczywistego modelu przestrzennego. Żadna inna metoda analityczna nie daje takiej pewności i zawsze zostawia możliwość różnej interpretacji wyników. Jest to również jedyna metoda pozwalająca bezpośrednio określić absolutną konfigurację cząstoczok chiralnych.
Wadą rontgonografu jost konieczność uzyskania czystogo monokryształu analizowanego związku chemicznego o wymiarach liniowych rzędu 0,1-1 mm. W przypadku niektórych związków chemicznych wyhodowanie takiego kryształu jest z wielu względów bardzo trudne, a czasem wręcz niemożliwe. Niektóre kryształy mogą być nietrwałe w temperaturze pokojowej, bądź ulegać rozkładowi pod wpływem promieniowania X. co również slwarza pewne ograniczenia.
Inną wadą rontgonografii jost stosunkowo wysoki koszt i czasochłonność wykonywania takiej analizy. Nowoczesny monokrystaliczny dylraktomotr rontgonowski kesztujo w granicach 100-500 tys. €. Pomiar danych dla przeciętnego związku organicznogo lub metaloorganicznego zabiera w zależności cd urządzenia od kilku godzin do ok. dwóch tygodni. Analiza otrzymanych danych (rozwiązanie struktury związku), jeśli jego struktura jest w miarę prosta, jest dość szybka, natomiast w przypadku bardzo złożonych struktur, np. kryształów białek, czas ten może wynosić nawet kilka tygodni.
W początkowym okrosio rozwoju rontgonografii jej najistotniejszą wadą pył sam takt używania silnego promieniowania X. na któro narażono Pyły osoby obsługująco dytraktometry, co mogło u nich wywoływać chorobę popromionną. Aoaraty to wymagały stałoj obecności operatora, co wielu z nich przypłaciło życiem (m.in. Rosalind Franklin). Współcześnie jednak aparaty te umieszcza się w obudowach tak skonstruowanych, aby nie przepuszczały promieniowania rentgenowskiego i mogą być obsługiwane zdalnie z innego pomieszczenia za pomocą komputera. Jednym z podstawowych zabezpieczeń nowoczesnego dyfraktometru rentgenowskiego jest zostaw czujników uniemożliwiających rozpoczęcie pomiaru w przypadku, gdy jogo obudowa jest otwarta.
• P. Lugor: Rontgonograha strukturalna monokryształów. PWN, 1989.