♦ Główny nurt działalności jest oparty na projektach badawczych dotyczących patomechanizmów zakażeń człowieka powodowanych przez bakterie, wirusy, grzyby i pierwotniaki, a także laboratoryjnych metod wykrywania zakażeń powodowanych przez te drobnoustroje. Tego zakresu dotyczy większość publikacji Katedry zamieszczonych w recenzowanych naukowych czasopismach anglojęzycznych i polskich.
♦ Drugą grupę stanowią projekty finansowane przez MNiSW i Unię Europejską i pochodzące w wyniku ich realizacji publikacje dotyczące epidemiologii szpitalnej: nadzorowi nad zakażeniami i zapobieganiu zakażeniom szpitalnym.
♦ Trzecią też opartą na projektach finansowanych przez MNiSW -prace z zakresu ekologii drobnoustrojów zasiedlających jelito i pochwę w stanach zdrowia i choroby oraz sposobów regulacji składu mikroflory tych narządów przez podawanie probiotyków.