W preparatach barwionych lepiej można ocenić cechy morfologiczne komórek, takie jak wymiar, kształt, sposób układania się komórek i nieliczne struktury anatomiczne. Barwienie pozwala także na różnicowanie bakterii między sobą i odróżnienie ich od składników otoczenia, w którym się znajdują.
Kształt bakterii może być kulisty, cylindryczny lub spiralny. Bakterie
kuliste, nazywane także ziarenkowcami, mogą być ułożone pojedynczo lub tworzyć charakterystyczne układy komórek. Powstanie układów związane jest z płaszczyzną i liczbą podziałów poprzecznych komórek w trakcie ich rozmnażania oraz brakiem ich rozdziału po podziale. Wśród bakterii kulistych wyróżnić można: dwoinki i paciorkowce (Streptococcus), gronkowce (Staphylococcus). Wśród form cylindrycznych spotykamy: pałeczki (Bacterium), laseczki (.Bacillus), maczugowce (Corynebacterium), prątki (Mycobacterium), wrzecionowce (Fusobacterium). Do bakterii spiralnych zaliczamy: przecinkowce (Vibrio) z sierpowato zagiętą komórką, śrubowce (Spirillum), które tworzą pełną spiralę, krętki (Borrelia, Treponema, Leptospira), różniące się między sobą liczbą skrętów, grubością komórki i wyglądem jej biegunów.
Komórki drożdży mogą mieć kształt: kulisty lub elipsoidalny. Ich kształt nie jest cechą diagnostyczną, bo zależy od wieku komórki i warunków hodowli. Drożdże mogą tworzyć łańcuszki powstałe w wyniku podziału komórek -pączkowania.
Komórki grzybów nitkowatych tworzą strzępki. W mikroskopie widoczne są one jako nitkowate, cylindryczne twory, proste lub rozgałęzione. U niektórych gatunków strzępki są jednokomórkowe, u innych poprzecznie porowate przegrody dzielą je na szereg komórek.
Barwienie komórek bakterii metodą Grama jest metodą powszechnie wykorzystywaną w laboratoriach mikrobiologicznych. Jest to barwienie złożone, ponieważ wykorzystuje kilka barwników, jest też różnicujące, ponieważ pozwala dzielić bakterie na gramdodatnie i gramujemne, które w różny sposób reagują na barwniki wykorzystywane w tej metodzie. Komórki bakterii gramdodatnich barwią się na kolor fioletowy a komórki bakterii gramujemnych na kolor różowy.
Do często używanych różnicujących bakterie metod barwienia należą także: metoda Ziehla-Neelsena pozwalającą barwić prątki (Mycobacterium), które są
7